98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3237 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  77.14 
 
 		 456 aa  720    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  100 
 
 		 456 aa  910    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  60.3 
 
 		 461 aa  546  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  74.22 
 
 		 592 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2437  hypothetical protein  32.17 
 
 		 430 aa  113  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3257  phospholipase  56.86 
 
 		 101 aa  97.8  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  52.94 
 
 		 540 aa  97.4  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1157  PAAR repeat-containing protein  55 
 
 		 100 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.811725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  50.53 
 
 		 466 aa  87.4  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  54.84 
 
 		 96 aa  84.7  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4079  hypothetical protein  32.99 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  48.15 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3037  hypothetical protein  28.75 
 
 		 368 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1293  PAAR  45.45 
 
 		 96 aa  75.1  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.455231 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4258  PAAR repeat-containing protein  45.45 
 
 		 169 aa  72.4  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1213  hypothetical protein  28.94 
 
 		 368 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0034  hypothetical protein  51.16 
 
 		 94 aa  70.5  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.543283  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  43.43 
 
 		 174 aa  69.3  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0945  hypothetical protein  45.28 
 
 		 176 aa  69.3  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120455  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2184  PAAR repeat-containing protein  45.88 
 
 		 88 aa  67  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.062242  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3448  PAAR repeat-containing protein  46.91 
 
 		 88 aa  64.3  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.86089  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2373  hypothetical protein  44.58 
 
 		 94 aa  63.9  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  43.59 
 
 		 1446 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1123  lipase family protein  30.91 
 
 		 320 aa  61.6  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.81089  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3597  phospholipase A  30.91 
 
 		 320 aa  61.6  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1175  phospholipase A(1)  30.91 
 
 		 320 aa  61.6  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0532  PAAR repeat-containing protein  47.47 
 
 		 88 aa  60.1  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7559  phospholipase A1  37.21 
 
 		 460 aa  58.9  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.271597  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2758  PAAR repeat-containing protein  44.05 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.011226  normal  0.594441 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  41.67 
 
 		 469 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  38.95 
 
 		 855 aa  56.6  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2303  hypothetical protein  29.2 
 
 		 432 aa  56.2  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.457851  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0059  PAAR repeat-containing protein  38.89 
 
 		 99 aa  56.6  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  43.24 
 
 		 1386 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  33.03 
 
 		 1447 aa  55.5  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3681  phospholipase A(1)  31.6 
 
 		 320 aa  55.1  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0179206  normal  0.113724 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  37.93 
 
 		 1385 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1043  hypothetical protein  43.43 
 
 		 92 aa  54.3  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  37.93 
 
 		 1400 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  39.74 
 
 		 1421 aa  53.9  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  43.04 
 
 		 96 aa  53.9  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  38.14 
 
 		 1229 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3608  PAAR  42.42 
 
 		 92 aa  53.5  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000736395 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  33.64 
 
 		 1428 aa  53.5  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  34.21 
 
 		 1422 aa  53.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  40.91 
 
 		 172 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  31.53 
 
 		 1457 aa  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  31.53 
 
 		 1475 aa  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  36.84 
 
 		 1140 aa  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  41.77 
 
 		 96 aa  51.6  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  41.46 
 
 		 118 aa  51.6  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  40.19 
 
 		 185 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6683  PAAR repeat-containing protein  40.82 
 
 		 88 aa  51.6  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  42.11 
 
 		 174 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1867  hypothetical protein  43.33 
 
 		 107 aa  50.8  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  38.46 
 
 		 386 aa  50.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  36.78 
 
 		 1409 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  37.61 
 
 		 379 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3018  PAAR repeat-containing protein  40.82 
 
 		 88 aa  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.820198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  40.74 
 
 		 1379 aa  49.7  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  33.9 
 
 		 1437 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1081  hypothetical protein  40.54 
 
 		 102 aa  49.3  0.0001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.738335 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  39.8 
 
 		 113 aa  48.5  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1960  hypothetical protein  26.92 
 
 		 204 aa  49.3  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1197  hypothetical protein  32.14 
 
 		 462 aa  48.5  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.101748  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  34.18 
 
 		 1423 aa  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3806  PAAR  39.09 
 
 		 165 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159045 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  34.32 
 
 		 481 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0240  PAAR repeat-containing protein  33.91 
 
 		 113 aa  47.8  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3827  PAAR repeat-containing protein  41.24 
 
 		 87 aa  47.4  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  31.96 
 
 		 1359 aa  47.8  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3017  PAAR repeat-containing protein  36.59 
 
 		 444 aa  47.4  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.501568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0943  hypothetical protein  41.24 
 
 		 87 aa  47.4  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00127142  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1878  hypothetical protein  41.24 
 
 		 87 aa  47.4  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0199793  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01140  hypothetical protein  39.24 
 
 		 439 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.337487  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3756  hypothetical protein  36.7 
 
 		 386 aa  47  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.136459  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  44.12 
 
 		 181 aa  46.6  0.0009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  43.52 
 
 		 179 aa  46.2  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000563624  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3214  lipase class 3  31.54 
 
 		 527 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  32.14 
 
 		 1527 aa  45.8  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0167  PAAR motif-containing protein  37.97 
 
 		 434 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2301  PAAR repeat-containing protein  40.22 
 
 		 87 aa  45.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360683  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  37.84 
 
 		 1411 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  37.33 
 
 		 1583 aa  45.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0281  hypothetical protein  32.22 
 
 		 84 aa  45.4  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05511  paar motif family  35.9 
 
 		 86 aa  44.7  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0211513  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  35.11 
 
 		 1419 aa  44.7  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  37.33 
 
 		 1604 aa  44.7  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2715  VCBS  40.82 
 
 		 3026 aa  44.3  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  36.36 
 
 		 1517 aa  43.9  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_002978  WD0641  hypothetical protein  35.48 
 
 		 84 aa  43.9  0.006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1375  hypothetical protein  36 
 
 		 86 aa  43.5  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1487  hypothetical protein  36 
 
 		 86 aa  43.5  0.007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1933  hypothetical protein  36 
 
 		 86 aa  43.5  0.007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.437676  normal  0.622076 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  39.47 
 
 		 96 aa  43.5  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4114  PAAR repeat-containing protein  38.32 
 
 		 96 aa  43.5  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916002  hitchhiker  0.00152888 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0675  PAAR repeat-containing protein  40.57 
 
 		 99 aa  43.5  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4633  hypothetical protein  40 
 
 		 177 aa  43.1  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.53967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>