More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3218 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  88.91 
 
 		 532 aa  959    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  100 
 
 		 532 aa  1087    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  48.02 
 
 		 536 aa  501  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 526 aa  463  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  48.58 
 
 		 547 aa  460  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  45.21 
 
 		 526 aa  459  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 523 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  42.38 
 
 		 544 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  42.38 
 
 		 523 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 527 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 545 aa  375  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 532 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  38.54 
 
 		 533 aa  365  1e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 524 aa  360  2e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  37.83 
 
 		 517 aa  357  1.9999999999999998e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  36.91 
 
 		 520 aa  357  1.9999999999999998e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  39.1 
 
 		 529 aa  356  6.999999999999999e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  38.25 
 
 		 489 aa  353  5e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  39.96 
 
 		 448 aa  334  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 317 aa  154  4e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 583 aa  151  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 351 aa  149  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 464 aa  147  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 591 aa  147  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 517 aa  146  9e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 220 aa  145  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 403 aa  145  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 552 aa  143  7e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 237 aa  142  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 372 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 310 aa  141  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 373 aa  141  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 574 aa  141  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.2 
 
 		 415 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 480 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 405 aa  140  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  48.72 
 
 		 418 aa  140  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 642 aa  139  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 349 aa  138  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  47.5 
 
 		 437 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 634 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 571 aa  138  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  46.79 
 
 		 425 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 564 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 519 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 438 aa  137  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  44.51 
 
 		 525 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  46.3 
 
 		 457 aa  137  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 452 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 452 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 476 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 476 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  29.5 
 
 		 452 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 452 aa  137  7.000000000000001e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 1037 aa  136  8e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  33.61 
 
 		 476 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 632 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  45.06 
 
 		 455 aa  136  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 492 aa  136  9.999999999999999e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.95 
 
 		 730 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 661 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 485 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  48.47 
 
 		 487 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  44.17 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.57 
 
 		 461 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 530 aa  135  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.37 
 
 		 686 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.45 
 
 		 1000 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 409 aa  134  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 659 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 611 aa  134  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 489 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 632 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 381 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  43.11 
 
 		 443 aa  134  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.68 
 
 		 791 aa  134  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 385 aa  134  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 472 aa  134  6e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  44.79 
 
 		 457 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 		 800 aa  133  6.999999999999999e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  44.85 
 
 		 600 aa  133  6.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 354 aa  133  7.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 753 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 249 aa  133  7.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.99 
 
 		 1078 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  43.9 
 
 		 525 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  43.29 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  37.12 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 350 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 495 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  40.57 
 
 		 577 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 227 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  43.41 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  43.56 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  37.56 
 
 		 568 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  37.12 
 
 		 359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 359 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 393 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.56 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>