More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3139 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  74.89 
 
 		 472 aa  709    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  97.16 
 
 		 457 aa  900    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  74.89 
 
 		 459 aa  708    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  100 
 
 		 457 aa  938    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  78.42 
 
 		 464 aa  761    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  74.89 
 
 		 475 aa  712    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  78.8 
 
 		 465 aa  764    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  76.52 
 
 		 395 aa  632  1e-180  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  67.38 
 
 		 455 aa  628  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  66.02 
 
 		 455 aa  618  1e-176  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  66.74 
 
 		 452 aa  615  1e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  66.52 
 
 		 452 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  66.52 
 
 		 452 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  66.52 
 
 		 452 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  66.52 
 
 		 452 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  66.52 
 
 		 452 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  68.05 
 
 		 406 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  68.05 
 
 		 406 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  68.05 
 
 		 406 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  68.05 
 
 		 406 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  68.33 
 
 		 406 aa  559  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  68.33 
 
 		 406 aa  559  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  41.28 
 
 		 554 aa  346  4e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  37.14 
 
 		 517 aa  330  3e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  40.43 
 
 		 511 aa  329  8e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.45 
 
 		 532 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  41.52 
 
 		 539 aa  325  1e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  41.36 
 
 		 553 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  37.92 
 
 		 524 aa  316  6e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.74 
 
 		 517 aa  315  9.999999999999999e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  37.86 
 
 		 552 aa  312  6.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  41.99 
 
 		 543 aa  311  1e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.59 
 
 		 528 aa  309  5.9999999999999995e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.67 
 
 		 527 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  39.14 
 
 		 498 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  36.65 
 
 		 517 aa  302  7.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  40.34 
 
 		 473 aa  298  9e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  36.02 
 
 		 518 aa  297  3e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  40.29 
 
 		 519 aa  296  5e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  39.47 
 
 		 476 aa  296  7e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  38.21 
 
 		 556 aa  291  2e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  36.97 
 
 		 519 aa  290  4e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  33.99 
 
 		 514 aa  290  4e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  40.05 
 
 		 476 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.89 
 
 		 534 aa  289  7e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  35.53 
 
 		 515 aa  289  7e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  37.92 
 
 		 580 aa  289  9e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  39.81 
 
 		 476 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  36.24 
 
 		 515 aa  288  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.72 
 
 		 515 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  37.07 
 
 		 492 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  35.89 
 
 		 515 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  38.21 
 
 		 495 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.62 
 
 		 530 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  35.63 
 
 		 527 aa  283  7.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  35.67 
 
 		 515 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  36.62 
 
 		 534 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 474 aa  281  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  34.48 
 
 		 519 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  34.91 
 
 		 515 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  34.91 
 
 		 515 aa  277  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  35.49 
 
 		 474 aa  277  3e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  34.91 
 
 		 515 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  39.51 
 
 		 446 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  35.49 
 
 		 474 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  37.2 
 
 		 548 aa  273  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  33.96 
 
 		 485 aa  273  3e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  35.28 
 
 		 474 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  36.96 
 
 		 550 aa  270  4e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  34.71 
 
 		 471 aa  269  7e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.23 
 
 		 612 aa  263  6.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  36.23 
 
 		 612 aa  263  6.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  34.78 
 
 		 477 aa  262  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  34.72 
 
 		 479 aa  257  3e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  34.72 
 
 		 479 aa  257  3e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  39.45 
 
 		 445 aa  257  3e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  36.45 
 
 		 483 aa  256  5e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  36.45 
 
 		 483 aa  256  5e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  36.45 
 
 		 483 aa  256  7e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  36.45 
 
 		 483 aa  256  7e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  33.18 
 
 		 487 aa  254  3e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.18 
 
 		 499 aa  253  6e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  32.97 
 
 		 539 aa  248  1e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  33.09 
 
 		 442 aa  243  7e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  32.62 
 
 		 442 aa  240  2.9999999999999997e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  34.27 
 
 		 518 aa  238  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  34.62 
 
 		 546 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.84 
 
 		 495 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  34.04 
 
 		 570 aa  233  8.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  34.7 
 
 		 524 aa  232  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  35.55 
 
 		 557 aa  231  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  34.22 
 
 		 528 aa  231  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  32.97 
 
 		 525 aa  230  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  33.98 
 
 		 529 aa  230  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  33.98 
 
 		 529 aa  229  7e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  32.97 
 
 		 525 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  32.97 
 
 		 525 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  32.94 
 
 		 552 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.94 
 
 		 530 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  40.07 
 
 		 507 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.103616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>