More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3110 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  70.38 
 
 		 841 aa  1158    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  70.01 
 
 		 844 aa  1151    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  80.27 
 
 		 824 aa  1349    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  70.13 
 
 		 844 aa  1150    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  68.94 
 
 		 840 aa  1173    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  68.82 
 
 		 840 aa  1172    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  68.82 
 
 		 840 aa  1170    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  70.13 
 
 		 844 aa  1151    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  70.7 
 
 		 840 aa  1155    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  70.38 
 
 		 841 aa  1158    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  97.94 
 
 		 826 aa  1590    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  46.13 
 
 		 779 aa  644    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  83.95 
 
 		 833 aa  1370    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  82.93 
 
 		 827 aa  1367    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  49.81 
 
 		 790 aa  753    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  51.1 
 
 		 796 aa  764    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  68.82 
 
 		 840 aa  1171    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  79.83 
 
 		 826 aa  1332    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  68.64 
 
 		 841 aa  1140    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  79.59 
 
 		 826 aa  1331    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  50.89 
 
 		 777 aa  759    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  70.01 
 
 		 844 aa  1159    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  68.94 
 
 		 840 aa  1173    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  70.13 
 
 		 844 aa  1151    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  70.13 
 
 		 844 aa  1151    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  78.83 
 
 		 836 aa  1300    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  51.08 
 
 		 754 aa  749    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  100 
 
 		 826 aa  1681    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  48.66 
 
 		 791 aa  735    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  46.15 
 
 		 790 aa  635  1e-180  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  43.96 
 
 		 781 aa  630  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  45.61 
 
 		 787 aa  618  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  43.82 
 
 		 766 aa  617  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  44.1 
 
 		 768 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  43.57 
 
 		 768 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  43.18 
 
 		 789 aa  611  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000774308 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  43.05 
 
 		 779 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  45.45 
 
 		 790 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  0.000000907679 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  43.91 
 
 		 764 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  43.53 
 
 		 764 aa  602  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  43.53 
 
 		 764 aa  599  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  44.3 
 
 		 791 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  43.87 
 
 		 774 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  44.16 
 
 		 774 aa  588  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  44.16 
 
 		 774 aa  588  1e-166  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  42.7 
 
 		 742 aa  588  1e-166  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  42.65 
 
 		 774 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  42.56 
 
 		 772 aa  579  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000067337 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  43.5 
 
 		 780 aa  582  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  43.7 
 
 		 775 aa  579  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  43.31 
 
 		 774 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  41.98 
 
 		 773 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  41.85 
 
 		 773 aa  572  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  0.00000222687 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  44.08 
 
 		 730 aa  568  1e-160  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  41.41 
 
 		 773 aa  568  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  0.0000000000686308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  41.41 
 
 		 773 aa  568  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  0.00000000000605496 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  40.71 
 
 		 773 aa  561  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  41.32 
 
 		 773 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  38.47 
 
 		 769 aa  551  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  42.4 
 
 		 830 aa  549  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  40.24 
 
 		 778 aa  535  1e-150  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  43.24 
 
 		 776 aa  535  1e-150  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  42.09 
 
 		 748 aa  527  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  40.77 
 
 		 759 aa  524  1e-147  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  40.19 
 
 		 780 aa  521  1e-146  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  43.33 
 
 		 772 aa  519  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  42.61 
 
 		 732 aa  516  1.0000000000000001e-145  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  40.11 
 
 		 777 aa  518  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  40.19 
 
 		 827 aa  508  9.999999999999999e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  39.78 
 
 		 827 aa  505  1e-141  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  40 
 
 		 881 aa  498  1e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  38.37 
 
 		 766 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  36.68 
 
 		 813 aa  424  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  36.12 
 
 		 814 aa  420  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  36.31 
 
 		 757 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  34.78 
 
 		 792 aa  405  1e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  34.92 
 
 		 792 aa  398  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  33.01 
 
 		 766 aa  353  5.9999999999999994e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  29.94 
 
 		 890 aa  317  5e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  37.25 
 
 		 625 aa  285  2.0000000000000002e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  37.15 
 
 		 734 aa  284  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  35.54 
 
 		 751 aa  280  6e-74  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3571  penicillin-binding protein, 1A family  31.59 
 
 		 744 aa  279  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3502  penicillin-binding protein, 1A family  31.42 
 
 		 701 aa  279  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.114695  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  35.06 
 
 		 643 aa  279  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  34.72 
 
 		 643 aa  278  4e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  34.72 
 
 		 643 aa  278  4e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0921  penicillin-binding protein  30.88 
 
 		 649 aa  277  5e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0135  1A family penicillin-binding protein  34.75 
 
 		 646 aa  276  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000146416  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  37.17 
 
 		 714 aa  274  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  37.68 
 
 		 714 aa  275  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  35.07 
 
 		 654 aa  274  5.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  33.62 
 
 		 761 aa  274  6e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4831  1A family penicillin-binding protein  32.61 
 
 		 709 aa  272  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.982435 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1892  penicillin-binding protein 1A  32.38 
 
 		 655 aa  272  2e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477214  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  35.44 
 
 		 741 aa  272  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.244077 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  35.82 
 
 		 732 aa  271  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  35.83 
 
 		 691 aa  271  4e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5424  penicillin-binding protein 1A  32.98 
 
 		 709 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.122893  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5438  1A family penicillin-binding protein  32.98 
 
 		 709 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.899041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>