238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3082 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3082  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 
228 aa  470  1e-132  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0349858  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1193  uracil-DNA glycosylase  99.12 
 
 
228 aa  466  1e-130  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00106549  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2796  uracil-DNA glycosylase  85.02 
 
 
228 aa  412  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416019  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1057  uracil-DNA glycosylase  83.33 
 
 
228 aa  409  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3683  uracil-DNA glycosylase  83.19 
 
 
227 aa  398  1e-110  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  7.21221e-06  normal  0.0564802 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1173  uracil-DNA glycosylase  82.67 
 
 
228 aa  377  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0255291  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3595  uracil-DNA glycosylase  82.22 
 
 
228 aa  377  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1121  uracil-DNA glycosylase  81.78 
 
 
228 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0977602  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2733  uracil-DNA glycosylase  75.88 
 
 
229 aa  370  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00800854  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2867  uracil-DNA glycosylase  75.88 
 
 
229 aa  370  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0155178  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  75.88 
 
 
229 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2956  uracil-DNA glycosylase  75.88 
 
 
229 aa  370  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0497126  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1097  uracil-DNA glycosylase  75.88 
 
 
229 aa  370  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00580941  normal  0.146724 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1088  uracil-DNA glycosylase  75.88 
 
 
229 aa  370  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0467841  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3817  uracil-DNA glycosylase  75.88 
 
 
229 aa  370  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.01333  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  75.88 
 
 
229 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2757  uracil-DNA glycosylase  76.75 
 
 
229 aa  367  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00257883  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1938  uracil-DNA glycosylase  76.34 
 
 
226 aa  367  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2737  uracil-DNA glycosylase  75.88 
 
 
229 aa  370  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.00069e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2841  uracil-DNA glycosylase  76.32 
 
 
229 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.619436  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3065  uracil-DNA glycosylase  74.12 
 
 
229 aa  365  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.550581  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2975  uracil-DNA glycosylase  76.32 
 
 
229 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2859  uracil-DNA glycosylase  76.32 
 
 
229 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  0.53223 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2863  uracil-DNA glycosylase  76.32 
 
 
229 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal  0.345403 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004450  uracil-DNA glycosylase  75 
 
 
226 aa  357  9e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0252327  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00945  uracil-DNA glycosylase  75.35 
 
 
226 aa  347  7e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0613  uracil-DNA glycosylase  69.68 
 
 
222 aa  335  4e-91  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0481  uracil-DNA glycosylase  68.84 
 
 
223 aa  319  2e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0802006  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1058  uracil-DNA glycosylase  67.87 
 
 
225 aa  315  4e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0951  uracil-DNA glycosylase  67.42 
 
 
225 aa  314  7e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3577  uracil-DNA glycosylase  64.55 
 
 
222 aa  311  5e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  66.97 
 
 
221 aa  308  4e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2551  uracil-DNA glycosylase  62.96 
 
 
224 aa  300  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3221  uracil-DNA glycosylase  61.47 
 
 
221 aa  294  9e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00088309  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3129  uracil-DNA glycosylase  61.86 
 
 
219 aa  292  3e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000726683  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0977  uracil-DNA glycosylase  62.39 
 
 
221 aa  292  4e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00168707  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3654  uracil-DNA glycosylase  62.04 
 
 
218 aa  290  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0893  uracil-DNA glycosylase  61.4 
 
 
219 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00328532  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3073  uracil-DNA glycosylase  60.91 
 
 
222 aa  289  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.906111  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4288  uracil-DNA glycosylase  60.81 
 
 
225 aa  286  1e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1034  uracil-DNA glycosylase  60.55 
 
 
221 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000379797  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1218  uracil-DNA glycosylase  66.05 
 
 
218 aa  285  3e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145482  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0965  uracil-DNA glycosylase  60.55 
 
 
221 aa  285  3e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0201981  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1067  uracil-DNA glycosylase  60.09 
 
 
221 aa  285  4e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000655251  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3325  uracil-DNA glycosylase  60.55 
 
 
221 aa  285  5e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00364236  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1229  putative uracil-DNA glycosylase  61.11 
 
 
218 aa  285  6e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  62.16 
 
 
232 aa  281  5e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3988  uracil-DNA glycosylase  59.09 
 
 
222 aa  280  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.409874 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3688  uracil-DNA glycosylase  60.45 
 
 
222 aa  280  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2831  uracil-DNA glycosylase  59.07 
 
 
221 aa  277  9e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00406873  normal  0.934783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  62.96 
 
 
231 aa  277  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  62.96 
 
 
231 aa  277  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1381  uracil-DNA glycosylase  62.27 
 
 
229 aa  276  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541157  normal  0.225249 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1413  uracil-DNA glycosylase  62.96 
 
 
230 aa  275  5e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3314  uracil-DNA glycosylase  57.27 
 
 
222 aa  275  6e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.518113  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  59.09 
 
 
231 aa  273  1e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1054  uracil-DNA glycosylase  62.79 
 
 
230 aa  273  1e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4308  uracil-DNA glycosylase  62.5 
 
 
230 aa  273  2e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3970  uracil-DNA glycosylase  60.91 
 
 
230 aa  271  7e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.439338  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0808  uracil-DNA glycosylase  59.91 
 
 
231 aa  271  7e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4236  uracil-DNA glycosylase  60.91 
 
 
230 aa  270  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4397  uracil-DNA glycosylase  62.04 
 
 
230 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2929  uracil-DNA glycosylase  60 
 
 
219 aa  266  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000416129  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3091  uracil-DNA glycosylase  65.13 
 
 
220 aa  267  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2096  uracil-DNA glycosylase  60.36 
 
 
229 aa  266  2e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2269  uracil-DNA glycosylase  58.56 
 
 
243 aa  265  5e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  63.27 
 
 
241 aa  263  1e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3454  uracil-DNA glycosylase  59.09 
 
 
229 aa  263  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0594128 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  58.64 
 
 
261 aa  262  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2288  uracil-DNA glycosylase  61.21 
 
 
223 aa  261  9e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4813e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  56.76 
 
 
241 aa  259  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2241  uracil-DNA glycosylase  57.41 
 
 
253 aa  258  4e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3371  uracil-DNA glycosylase  59.35 
 
 
224 aa  258  6e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  3.1363e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2152  uracil-DNA glycosylase  57.41 
 
 
253 aa  257  1e-67  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.957234  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1556  uracil-DNA glycosylase  55.45 
 
 
225 aa  256  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.478183 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  56.28 
 
 
235 aa  254  1e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2726  uracil-DNA glycosylase  53.95 
 
 
223 aa  252  3e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1084  uracil-DNA glycosylase  55.66 
 
 
240 aa  252  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  3.21985e-05  hitchhiker  1.31635e-09 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3919  uracil-DNA glycosylase  57.94 
 
 
225 aa  252  4e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1562  uracil-DNA glycosylase  56.02 
 
 
223 aa  250  1e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.118173  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0458  uracil-DNA glycosylase  56.64 
 
 
304 aa  250  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1283  uracil-DNA glycosylase  53.7 
 
 
216 aa  250  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0138995  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0434  uracil-DNA glycosylase  56.64 
 
 
304 aa  249  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.227613  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3241  uracil-DNA glycosylase  54.88 
 
 
233 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0501  uracil-DNA glycosylase  56.83 
 
 
308 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.699519 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2576  uracil-DNA glycosylase  56.28 
 
 
305 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0529  uracil-DNA glycosylase  56.28 
 
 
305 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2865  uracil-DNA glycosylase  56.83 
 
 
301 aa  248  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.644996  normal  0.824735 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3580  uracil-DNA glycosylase  57.08 
 
 
271 aa  248  6e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0456  uracil-DNA glycosylase  60.29 
 
 
279 aa  248  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0528  uracil-DNA glycosylase  60.66 
 
 
268 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822722  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3588  uracil-DNA glycosylase  57.08 
 
 
262 aa  247  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0649  uracil-DNA glycosylase  60.66 
 
 
259 aa  247  9e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1915  uracil-DNA glycosylase  60.66 
 
 
259 aa  247  9e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3616  uracil-DNA glycosylase  56.28 
 
 
301 aa  247  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0945  uracil-DNA glycosylase  60.66 
 
 
259 aa  247  9e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3561  uracil-DNA glycosylase  57.08 
 
 
262 aa  247  9e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  57.21 
 
 
233 aa  247  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3484  uracil-DNA glycosylase  57.48 
 
 
229 aa  246  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0258  uracil-DNA glycosylase  57.01 
 
 
225 aa  246  2e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>