More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3058 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  56.31 
 
 
648 aa  698    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.72 
 
 
648 aa  698    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  100 
 
 
650 aa  1329    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  94.62 
 
 
650 aa  1260    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  57.65 
 
 
650 aa  708    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.81 
 
 
648 aa  754    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.88 
 
 
648 aa  702    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.19 
 
 
648 aa  704    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.33 
 
 
650 aa  688    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  57.5 
 
 
650 aa  693    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.51 
 
 
637 aa  361  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
637 aa  323  5e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.13 
 
 
637 aa  306  8.000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.39 
 
 
642 aa  300  7e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  31.61 
 
 
639 aa  297  4e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  31.87 
 
 
639 aa  294  4e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.94 
 
 
645 aa  274  4.0000000000000004e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.87 
 
 
663 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.17 
 
 
638 aa  251  4e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26 
 
 
649 aa  250  6e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.11 
 
 
645 aa  246  9e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  29.49 
 
 
635 aa  244  3e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.34 
 
 
663 aa  239  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  25.64 
 
 
654 aa  226  1e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.84 
 
 
703 aa  223  9.999999999999999e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  24.85 
 
 
649 aa  212  2e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  25.54 
 
 
641 aa  206  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.01 
 
 
632 aa  205  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  25.61 
 
 
649 aa  197  7e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.63 
 
 
696 aa  183  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 
640 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  23.99 
 
 
640 aa  178  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  23.03 
 
 
636 aa  178  3e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  24.85 
 
 
639 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.58 
 
 
639 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  23.71 
 
 
627 aa  176  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.58 
 
 
639 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
639 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  26.17 
 
 
639 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.28 
 
 
640 aa  167  8e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.65 
 
 
639 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.65 
 
 
639 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.65 
 
 
639 aa  165  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.65 
 
 
639 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  23.62 
 
 
640 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.22 
 
 
639 aa  158  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.65 
 
 
639 aa  158  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.39 
 
 
640 aa  158  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.39 
 
 
640 aa  157  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 
642 aa  152  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.34 
 
 
634 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.7 
 
 
640 aa  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25.34 
 
 
634 aa  151  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.34 
 
 
634 aa  151  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.12 
 
 
634 aa  151  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.67 
 
 
632 aa  150  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 
634 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 
632 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.87 
 
 
634 aa  148  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.81 
 
 
634 aa  148  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.52 
 
 
634 aa  148  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.58 
 
 
634 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.28 
 
 
634 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  23.35 
 
 
640 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  24.6 
 
 
634 aa  140  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  25 
 
 
631 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  25.81 
 
 
661 aa  134  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.34 
 
 
673 aa  134  5e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.04 
 
 
769 aa  130  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.42 
 
 
644 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  24.95 
 
 
643 aa  129  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  23.11 
 
 
635 aa  128  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1162  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 
587 aa  128  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000913114 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.23 
 
 
942 aa  128  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  24.94 
 
 
646 aa  127  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  25.45 
 
 
638 aa  127  8.000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  25.45 
 
 
638 aa  127  9e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  25.45 
 
 
637 aa  127  9e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.42 
 
 
738 aa  126  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.83 
 
 
583 aa  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.35 
 
 
799 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.816618  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.9 
 
 
817 aa  124  4e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  23.01 
 
 
634 aa  123  8e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  26.39 
 
 
1076 aa  123  8e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22 
 
 
638 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  22.22 
 
 
676 aa  122  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.88 
 
 
715 aa  122  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.88 
 
 
715 aa  122  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  24.83 
 
 
635 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  23.15 
 
 
669 aa  120  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.36 
 
 
979 aa  120  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.82 
 
 
994 aa  120  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.31 
 
 
752 aa  120  9e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061806  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.58 
 
 
469 aa  120  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  21.93 
 
 
636 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.75 
 
 
752 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.245361  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  22.97 
 
 
646 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  23.66 
 
 
811 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  22.97 
 
 
646 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  22.97 
 
 
646 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>