40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2961 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1318  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  96.53 
 
 		 405 aa  794    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00527191  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2961  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  100 
 
 		 405 aa  835    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00892323  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0972  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  70.66 
 
 		 400 aa  588  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.396202  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3886  glycosy hydrolase family protein  70.66 
 
 		 400 aa  588  1e-167  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.371175 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0917  glycosy hydrolase family protein  70.66 
 
 		 400 aa  588  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1279  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  67.74 
 
 		 399 aa  571  1e-161  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000518384  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1617  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  50.13 
 
 		 606 aa  391  1e-107  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0588913  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1555  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  50.13 
 
 		 612 aa  390  1e-107  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.428291  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0857  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  47.5 
 
 		 619 aa  365  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04100  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  48.07 
 
 		 557 aa  362  5.0000000000000005e-99  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04110  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  41.98 
 
 		 399 aa  306  6e-82  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6329  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  39.07 
 
 		 386 aa  296  5e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6029  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  39.12 
 
 		 390 aa  296  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0780998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3290  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  41.11 
 
 		 387 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4875  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  41.11 
 
 		 387 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.417928  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1066  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.53 
 
 		 412 aa  273  3e-72  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.980933  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0385  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  35.81 
 
 		 732 aa  269  7e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.677811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1003  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.48 
 
 		 897 aa  257  3e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.629221  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03980  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.23 
 
 		 566 aa  251  2e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3080  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.08 
 
 		 777 aa  246  4.9999999999999997e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.211646 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14870  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.13 
 
 		 916 aa  242  1e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.44593  normal  0.0967933 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1159  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  38.55 
 
 		 373 aa  241  2e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0601771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6169  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.22 
 
 		 342 aa  228  1e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2256  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  35.81 
 
 		 391 aa  228  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.020335 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2047  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.95 
 
 		 377 aa  224  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074716  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3586  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.72 
 
 		 514 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6460  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  36.79 
 
 		 347 aa  208  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2123  glycosyl hydrolase 53 domain protein  35.49 
 
 		 425 aa  201  3e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.052262  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1400  glycosyl hydrolase 53  33.8 
 
 		 415 aa  200  3e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.195161  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0740  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  37.35 
 
 		 507 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0683  sigma-70 factor  32.81 
 
 		 397 aa  199  7.999999999999999e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481968  hitchhiker  0.000000266294 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0976  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  36.11 
 
 		 507 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3710  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.24 
 
 		 476 aa  181  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000857688  normal  0.462081 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1334  glycosyl hydrolase 53 protein  31.34 
 
 		 480 aa  177  2e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05727  Endo-beta-1,4-galactanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFS6]  34.06 
 
 		 369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0903691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1480  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.97 
 
 		 492 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2125  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.33 
 
 		 364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.825854 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2827  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  31.15 
 
 		 650 aa  152  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000305574  hitchhiker  0.00171331 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03928  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  38.65 
 
 		 181 aa  116  6.9999999999999995e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4081  glycosyl hydrolase 53 protein  38.6 
 
 		 272 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>