More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2870 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  96.78 
 
 		 404 aa  811    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  97.28 
 
 		 404 aa  820    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  100 
 
 		 404 aa  841    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  87.15 
 
 		 402 aa  726    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  61.95 
 
 		 395 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  62.47 
 
 		 396 aa  532  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  62.44 
 
 		 410 aa  531  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  62.21 
 
 		 394 aa  529  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  62.21 
 
 		 394 aa  530  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  61.18 
 
 		 394 aa  521  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  61.18 
 
 		 394 aa  521  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  60.2 
 
 		 404 aa  519  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  61.34 
 
 		 402 aa  520  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  60.31 
 
 		 404 aa  518  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  60.67 
 
 		 417 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  61.66 
 
 		 394 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  60.05 
 
 		 404 aa  517  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  60.05 
 
 		 404 aa  517  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  61.72 
 
 		 387 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  60.62 
 
 		 397 aa  511  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  60.36 
 
 		 396 aa  507  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  58.21 
 
 		 396 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  58.55 
 
 		 409 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  57.03 
 
 		 387 aa  495  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  57.88 
 
 		 396 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  56.99 
 
 		 389 aa  490  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  55.44 
 
 		 391 aa  485  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  54.76 
 
 		 401 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  56.74 
 
 		 367 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  48.72 
 
 		 391 aa  391  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  48.6 
 
 		 402 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  47.74 
 
 		 404 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  47.72 
 
 		 401 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  47.24 
 
 		 404 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  47.24 
 
 		 404 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  45.43 
 
 		 404 aa  377  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  47.24 
 
 		 404 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  46.58 
 
 		 406 aa  375  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  45.3 
 
 		 402 aa  363  3e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  47.87 
 
 		 407 aa  363  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  47.16 
 
 		 406 aa  362  7.0000000000000005e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3582  integrase  43.85 
 
 		 397 aa  356  5e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000010448 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1309  integrase family protein  44.04 
 
 		 385 aa  355  1e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894189  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  45.96 
 
 		 401 aa  353  2e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  44.06 
 
 		 421 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  42.82 
 
 		 420 aa  352  8.999999999999999e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  43.24 
 
 		 421 aa  345  1e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  42.65 
 
 		 411 aa  344  1e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  43.07 
 
 		 419 aa  343  2.9999999999999997e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  42.82 
 
 		 411 aa  343  4e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  44.22 
 
 		 407 aa  341  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  42.46 
 
 		 438 aa  341  2e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  43.07 
 
 		 421 aa  340  2e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  43.18 
 
 		 404 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  44.19 
 
 		 405 aa  339  5e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  43.18 
 
 		 404 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  43.28 
 
 		 413 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1586  integrase family protein  42.11 
 
 		 425 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.97396  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  43.5 
 
 		 404 aa  335  9e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  42.82 
 
 		 421 aa  335  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  42.2 
 
 		 404 aa  333  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  42.33 
 
 		 421 aa  333  2e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  41.87 
 
 		 428 aa  333  2e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  42.75 
 
 		 400 aa  333  3e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  44.44 
 
 		 462 aa  331  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1766  integrase family protein  41.63 
 
 		 425 aa  330  2e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0264741  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.83 
 
 		 420 aa  329  4e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  42.08 
 
 		 421 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  41.56 
 
 		 412 aa  328  2.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  41.83 
 
 		 420 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  42.68 
 
 		 410 aa  327  3e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  41.52 
 
 		 403 aa  325  8.000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  42.68 
 
 		 419 aa  325  9e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  40.25 
 
 		 394 aa  325  1e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  40.49 
 
 		 418 aa  323  4e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  43.93 
 
 		 419 aa  322  5e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  42.09 
 
 		 403 aa  322  6e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.1 
 
 		 422 aa  321  9.999999999999999e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  43.29 
 
 		 401 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  40.25 
 
 		 418 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  40.49 
 
 		 420 aa  319  6e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1727  integrase family protein  42.17 
 
 		 425 aa  318  7.999999999999999e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  42.16 
 
 		 389 aa  318  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  43.62 
 
 		 403 aa  318  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  40.05 
 
 		 419 aa  315  8e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  42.89 
 
 		 402 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  40.66 
 
 		 404 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  39.8 
 
 		 419 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  40.21 
 
 		 393 aa  311  9e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2887  phage integrase family protein  42.68 
 
 		 416 aa  311  1e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416458  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  39.51 
 
 		 419 aa  310  2e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  40.65 
 
 		 425 aa  310  2e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3727  integrase family protein  41.8 
 
 		 396 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2305  integrase  40.59 
 
 		 424 aa  310  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000673705  hitchhiker  1.06104e-16 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04136  predicted integrase  41.53 
 
 		 396 aa  308  9e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04100  hypothetical protein  41.53 
 
 		 396 aa  308  9e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2068  integrase  40.24 
 
 		 424 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306631  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  37.59 
 
 		 428 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  39.47 
 
 		 429 aa  307  2.0000000000000002e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  40.05 
 
 		 397 aa  307  3e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>