91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2854 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2854  general secretion pathway protein J  100 
 
 
216 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.400784  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1418  general secretion pathway protein J  92.13 
 
 
216 aa  415  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1476  general secretion pathway protein J  59.47 
 
 
237 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1305  general secretion pathway protein J  60.42 
 
 
246 aa  238  4e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0009  general secretion pathway protein J  53.3 
 
 
199 aa  197  7.999999999999999e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.264866 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001886  general secretion pathway protein J  45.27 
 
 
225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00607  general secretion pathway protein J  41.92 
 
 
250 aa  169  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4585  general secretion pathway protein J  41.45 
 
 
219 aa  165  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.979233  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2300  general secretion pathway protein J  41.75 
 
 
221 aa  159  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0103  general secretion pathway protein J  41 
 
 
211 aa  158  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3613  general secretion pathway protein J  40.39 
 
 
259 aa  151  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0127  general secretion pathway protein J  41.92 
 
 
251 aa  149  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4728  general secretion pathway protein J  39.9 
 
 
264 aa  142  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0111  general secretion pathway protein J  38.42 
 
 
236 aa  142  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2918  general secretion pathway protein J  39.39 
 
 
215 aa  140  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0150  general secretion pathway protein J  38.69 
 
 
241 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0157  general secretion pathway protein J  39.7 
 
 
253 aa  139  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0157  general secretion pathway protein J  38.05 
 
 
255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0175  general secretion pathway protein J  41 
 
 
259 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.729564  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0172  general secretion pathway protein J  38.92 
 
 
255 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4352  general secretion pathway protein J  38.97 
 
 
250 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0162  general secretion pathway protein J  39.2 
 
 
253 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.933728 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4200  general secretion pathway protein J  39.2 
 
 
263 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0159  general secretion pathway protein J  39.2 
 
 
259 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0159  general secretion pathway protein J  39.2 
 
 
259 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0570071 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0155  general secretion pathway protein J  39.2 
 
 
257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3561  general secretion pathway protein J  37.69 
 
 
252 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03962  general secretion pathway protein J  33.82 
 
 
208 aa  127  9.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4245  general secretion pathway protein J  38.81 
 
 
197 aa  125  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0360831 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0237  general secretion pathway protein J  32.68 
 
 
232 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3421  general secretion pathway protein J  35.79 
 
 
199 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3406  general secretion pathway protein GspJ  35.79 
 
 
199 aa  117  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3241  general secretion pathway protein GspJ  35.79 
 
 
201 aa  116  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.575634 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3132  general secretion pathway protein J  34.74 
 
 
201 aa  115  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02782  hypothetical protein  33.15 
 
 
189 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000034032  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02832  hypothetical type II secretion protein GspJ  32.97 
 
 
187 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000053878  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24060  general secretion pathway protein J  32.02 
 
 
237 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2035  general secretion pathway protein J  31.53 
 
 
237 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1010  general secretion pathway protein J  26.56 
 
 
198 aa  94.7  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0958  general secretion pathway protein J  26.04 
 
 
198 aa  92.4  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.83965  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2920  general secretion pathway protein J  31.98 
 
 
239 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.34948  normal  0.107134 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3574  general secretion pathway protein J  28.08 
 
 
212 aa  87.8  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.629666 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1354  general secretion pathway protein J  31.28 
 
 
254 aa  78.6  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1385  general secretion pathway protein J  31.67 
 
 
198 aa  76.6  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.44929  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1313  type II secretory pathway protein LspJ  29.35 
 
 
205 aa  76.3  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1310  type II secretory pathway protein LspJ  29.35 
 
 
205 aa  75.1  0.0000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3525  general secretion pathway protein J  28.27 
 
 
195 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03133  hypothetical protein  28.27 
 
 
195 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03182  predicted general secretory pathway component, cryptic  28.27 
 
 
195 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0382  general secretion pathway protein J  28.27 
 
 
195 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.278127 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0382  general secretion pathway protein J  28.27 
 
 
195 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0256  general secretion pathway protein J  32.84 
 
 
204 aa  67.4  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.745018  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0147  general secretion pathway protein J  29.9 
 
 
253 aa  67.8  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1410  general secretion pathway protein J  27.78 
 
 
199 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0118952  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3264  general secretion pathway protein J  28.32 
 
 
131 aa  63.5  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000089395  hitchhiker  0.00000000000000309054 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3310  Type II secretory pathway component PulJ-like protein  25.89 
 
 
181 aa  61.6  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2388  general secretion pathway protein J  27.4 
 
 
212 aa  59.3  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000292779 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1528  general secretion pathway protein J  43.75 
 
 
291 aa  57.8  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.81636  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2580  hypothetical protein  27.06 
 
 
202 aa  56.2  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.214724  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0234  general secretion pathway protein J  28.85 
 
 
193 aa  55.1  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3524  hypothetical protein  36.36 
 
 
282 aa  54.3  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0132086  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3196  hypothetical protein  27.98 
 
 
202 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114017  hitchhiker  0.00348326 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1895  general secretion pathway protein J  21.13 
 
 
206 aa  51.6  0.000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0387  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  26.01 
 
 
220 aa  51.2  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.618821 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2375  general secretion pathway protein J  31.47 
 
 
223 aa  50.4  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.69272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0672  hypothetical protein  29.85 
 
 
227 aa  49.7  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.142154  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3109  general secretory pathway J transmembrane protein  35.48 
 
 
240 aa  49.3  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.388678  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3047  general secretory pathway J transmembrane protein  31.34 
 
 
240 aa  48.9  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.353213  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0321  general secretion pathway protein J  25.14 
 
 
203 aa  48.1  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3394  putative general secretory pathway J transmembrane protein  35 
 
 
247 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1078  hypothetical protein  31.82 
 
 
227 aa  47.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2614  putative general secretion pathway protein J  23.3 
 
 
237 aa  46.2  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.460481 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0056  putative general secretion pathway protein J  39.13 
 
 
231 aa  45.8  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2972  hypothetical protein  27.81 
 
 
187 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0157774  hitchhiker  0.00584782 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0651  hypothetical protein  29.03 
 
 
225 aa  45.4  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00814892  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3145  hypothetical protein  27.81 
 
 
187 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0305853  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0055  putative general secretion pathway protein J  37.5 
 
 
224 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0954003  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3370  N-terminal methylation  20.73 
 
 
211 aa  44.7  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.306452 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0045  putative general secretion pathway protein J  37.5 
 
 
234 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55530  putative type II secretion system protein  33.87 
 
 
213 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0378882 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02634  hypothetical protein  27.15 
 
 
187 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.282625  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02673  hypothetical protein  27.15 
 
 
187 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.315688  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0866  prepilin peptidase dependent protein B  27.15 
 
 
187 aa  43.1  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0890  hypothetical protein  27.15 
 
 
187 aa  43.1  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3422  general secretion pathway protein J  25.77 
 
 
232 aa  43.1  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000633509 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5692  hypothetical protein  29.69 
 
 
233 aa  43.1  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.434625  normal  0.174572 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2971  hypothetical protein  27.15 
 
 
187 aa  43.1  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1104  prepilin-type cleavage/methylation  29.49 
 
 
176 aa  43.1  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.945124  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3037  hypothetical protein  27.15 
 
 
187 aa  43.1  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1324  methylation  29.69 
 
 
235 aa  42.7  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3237  putative general secretion pathway protein J  39.13 
 
 
229 aa  41.6  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.722967  normal  0.701162 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>