114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2580 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2580  flagellar hook-length control protein  100 
 
 
431 aa  855  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.549964  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1886  flagellar hook-length control protein  78.34 
 
 
430 aa  608  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1571  flagellar hook-length control protein  42.05 
 
 
443 aa  245  1e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.112044  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2952  flagellar hook-length control protein  37.28 
 
 
407 aa  184  4e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1545  flagellar hook-length control protein  57.59 
 
 
523 aa  164  2e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2396  flagellar hook-length control protein  35.19 
 
 
450 aa  161  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2295  flagellar hook-length control protein  58.44 
 
 
452 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2190  flagellar hook-length control protein  58.33 
 
 
405 aa  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.543478 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1268  flagellar hook-length control protein  58.33 
 
 
405 aa  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1145  flagellar hook-length control protein  59.05 
 
 
407 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.475671  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2132  flagellar hook-length control protein  59.05 
 
 
407 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.151481 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2137  flagellar hook-length control protein  59.05 
 
 
407 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000644258 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2719  flagellar hook-length control protein  48.45 
 
 
375 aa  133  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.243255  normal  0.82206 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1705  flagellar hook-length control protein  48.45 
 
 
375 aa  133  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.195068  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2043  flagellar hook-length control protein  48.45 
 
 
375 aa  133  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.436184  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1699  flagellar hook-length control protein  48.45 
 
 
375 aa  133  7e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0151155 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2176  flagellar hook-length control protein  48.45 
 
 
375 aa  133  7e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  7.64801e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1241  flagellar hook-length control protein  48.45 
 
 
375 aa  133  7e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.896281  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2534  flagellar hook-length control protein  49.7 
 
 
407 aa  120  5e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.658569 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5266  flagellar hook-length control protein  57.3 
 
 
495 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.265097 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4173  flagellar hook-length control protein  39.87 
 
 
452 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24180  Flagellar hook-length control protein  32.18 
 
 
461 aa  101  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0290673  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5102  flagellar hook-length control protein  52.33 
 
 
487 aa  98.2  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290575  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1960  flagellar hook-length control protein  39.1 
 
 
456 aa  93.6  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1350  flagellar hook-length control protein  36.42 
 
 
480 aa  90.9  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.457332  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6418  flagellar hook-length control protein  47.87 
 
 
447 aa  90.9  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.865119 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3114  flagellar hook-length control protein  42.86 
 
 
455 aa  90.9  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0217  flagellar hook-length control protein FliK  50.59 
 
 
455 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.478387  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3276  flagellar hook-length control protein  50.59 
 
 
466 aa  90.1  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3405  flagellar hook-length control protein  50.59 
 
 
466 aa  90.1  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1973  flagellar hook-length control protein  40 
 
 
373 aa  90.1  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0229  flagellar hook-length control protein FliK  50.59 
 
 
458 aa  90.1  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.541873  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2147  flagellar hook-length control protein  50.59 
 
 
458 aa  90.1  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3066  flagellar hook-length control protein  47.78 
 
 
449 aa  90.1  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2936  flagellar hook-length control protein  48.94 
 
 
503 aa  89.7  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0412  flagellar hook-length control protein, putative  50 
 
 
677 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.711006  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0195  flagellar hook-length control protein, putative  47.67 
 
 
465 aa  88.2  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0161  putative flagellar hook-length control protein  44.44 
 
 
487 aa  87.4  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2980  flagellar hook-length control protein  47.67 
 
 
455 aa  86.7  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.672643 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3088  flagellar hook-length control protein  47.67 
 
 
456 aa  86.3  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.140483  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2455  flagellar hook-length control protein  47.67 
 
 
452 aa  86.7  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0513152  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3069  flagellar hook-length control protein  47.67 
 
 
452 aa  86.7  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127947  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3775  flagellar hook-length control protein  46.67 
 
 
497 aa  86.3  1e-15  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1605  putative flagellar hook-length control protein FliK  38.26 
 
 
360 aa  83.6  7e-15  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.107418 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2177  flagellar hook-length control protein-like  32.88 
 
 
485 aa  76.3  1e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.025521  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0768  flagellar hook-length control protein  34.44 
 
 
335 aa  76.3  1e-12  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.383944  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1964  Flagellar hook-length control protein-like protein  39.58 
 
 
324 aa  75.1  2e-12  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.727762  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3439  flagellar hook-length control protein  31.01 
 
 
567 aa  74.3  4e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1657  hypothetical protein  30.77 
 
 
414 aa  72  2e-11  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1651  hypothetical protein  27.54 
 
 
420 aa  72.4  2e-11  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1437  flagellar hook-length control protein  29.93 
 
 
650 aa  71.6  3e-11  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2354  flagellar hook-length control protein  35.71 
 
 
487 aa  68.2  3e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1187  flagellar hook-length control protein  39.74 
 
 
512 aa  67.4  4e-10  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4726  flagellar hook-length control protein  32.32 
 
 
525 aa  65.5  2e-09  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0477829 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3649  flagellar hook-length control protein  32.32 
 
 
525 aa  65.5  2e-09  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.609424  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2571  flagellar hook-length control protein  29.58 
 
 
491 aa  64.7  3e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1711  putative flagellar hook-length control protein FliK  28.57 
 
 
674 aa  64.7  3e-09  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1021  flagellar hook-length control protein  39.08 
 
 
490 aa  64.7  3e-09  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1623  flagellar hook-length control protein  30.77 
 
 
544 aa  64.7  3e-09  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0395  flagellar hook-length control protein  34.88 
 
 
516 aa  64.3  4e-09  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.475932  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3223  flagellar hook-length control protein FliK  35.37 
 
 
527 aa  62.4  2e-08  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1163  flagellar hook-length control protein  33.93 
 
 
364 aa  61.6  3e-08  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.193048  normal  0.0180974 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1347  flagellar hook-length control protein  34.15 
 
 
579 aa  61.6  3e-08  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.371823 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1366  flagellar hook-length control protein  36.25 
 
 
508 aa  61.2  4e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02883  polar flagellar hook-length control protein FliK  32.54 
 
 
768 aa  60.8  5e-08  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0438685  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1287  flagellar hook-length control protein  32.93 
 
 
586 aa  60.5  6e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1354  flagellar hook-length control protein  32.93 
 
 
585 aa  60.5  6e-08  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2931  flagellar hook-length control protein  31.71 
 
 
717 aa  60.1  7e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1371  flagellar hook-length control protein  34.15 
 
 
568 aa  60.1  7e-08  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.358506  normal  0.685511 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2921  flagellar hook-length control protein  31.71 
 
 
537 aa  60.1  8e-08  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3063  flagellar hook-length control protein  31.71 
 
 
718 aa  60.1  9e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.954903  normal  0.750482 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2292  flagellar hook-length control protein FliK  34.67 
 
 
593 aa  59.3  1e-07  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.755689 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1442  flagellar hook-length control protein  31.71 
 
 
702 aa  59.7  1e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.822312  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1329  flagellar hook-length control protein  36.36 
 
 
495 aa  58.5  2e-07  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.214505  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45830  hypothetical protein  30.56 
 
 
427 aa  58.5  2e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2905  flagellar hook-length control protein  35.71 
 
 
478 aa  58.5  2e-07  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06190  flagellar protein  29.89 
 
 
434 aa  58.5  2e-07  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0480838  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00976  flagellar protein  29.89 
 
 
434 aa  58.5  2e-07  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.113548  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2817  flagellar hook-length control protein  32.22 
 
 
408 aa  58.2  3e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0900744 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1989  flagellar hook-length control protein  26.15 
 
 
394 aa  57  6e-07  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2303  polar flagellar hook-length control protein FliK  29.52 
 
 
407 aa  55.5  2e-06  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3888  hypothetical protein  32 
 
 
428 aa  55.5  2e-06  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.669233  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3042  flagellar hook-length control protein  28.05 
 
 
723 aa  54.7  3e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.835952  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1186  putative flagellar hook-length control protein  30.97 
 
 
580 aa  53.1  8e-06  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0570  flagellar hook-length control protein  38.46 
 
 
499 aa  52  2e-05  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0575  flagellar hook-length control protein  38.46 
 
 
552 aa  52  2e-05  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03156  hypothetical protein  29.73 
 
 
686 aa  51.6  2e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0714  flagellar hook-length control protein  36.14 
 
 
369 aa  51.6  3e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3061  flagellar hook-length control protein  29.7 
 
 
609 aa  50.8  5e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.15551  normal  0.0461289 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0555  flagellar hook-length control protein  28.57 
 
 
394 aa  50.4  6e-05  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1875  flagellar hook-length control protein  27.69 
 
 
389 aa  50.4  6e-05  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.521735  normal  0.436582 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0986  flagellar hook-length control protein  26.81 
 
 
534 aa  49.7  9e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  decreased coverage  1.02639e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1966  flagellar hook-length control protein FliK  30.23 
 
 
474 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.471768  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3449  flagellar hook-length control protein  30.23 
 
 
467 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.715571 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002820  flagellar hook-length control protein FliK  32.84 
 
 
623 aa  48.5  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1544  flagellar hook-length control protein  31.71 
 
 
453 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.213285  normal  0.574566 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3572  flagellar hook-length control protein  32.58 
 
 
367 aa  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.949278 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1880  putative flagellar hook length determination protein  30.77 
 
 
542 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2341  flagellar hook-length control protein  33.85 
 
 
678 aa  47.4  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.559882  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1397  flagellar hook-length control protein  26.51 
 
 
637 aa  46.6  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.761037  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>