270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2569 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_1582  Methyltransferase type 12  41.14 
 
 
1144 aa  903    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2569  Methyltransferase type 11  100 
 
 
1143 aa  2373    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2520  methyltransferase type 12  37.37 
 
 
1116 aa  756    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3873  TPR repeat-containing protein  35.51 
 
 
776 aa  359  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.661818  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0094  TPR domain-containing protein  35.51 
 
 
821 aa  358  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.822931  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3099  TPR domain-containing protein  35.51 
 
 
776 aa  357  7.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3451  TPR domain-containing protein  35.51 
 
 
776 aa  357  7.999999999999999e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0799942  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1668  TPR domain-containing protein  35.51 
 
 
776 aa  357  7.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.329119  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2876  TPR domain-containing protein  35.51 
 
 
821 aa  357  8.999999999999999e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3955  TPR repeat-containing protein  35.33 
 
 
776 aa  356  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0100  TPR domain-containing protein  34.08 
 
 
790 aa  352  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3210  TPR domain-containing protein  34.6 
 
 
781 aa  349  1e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3835  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.62 
 
 
790 aa  349  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304839  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2869  tetratricopeptide TPR_2  34.36 
 
 
780 aa  348  4e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0238  TPR repeat-containing protein  34.36 
 
 
780 aa  348  4e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5235  hypothetical protein  33.96 
 
 
797 aa  345  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050699  normal  0.568835 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0220  TPR repeat-containing protein  32.99 
 
 
779 aa  337  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.991207  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0616  TPR repeat-containing protein  34.14 
 
 
974 aa  336  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0461  TPR repeat-containing protein  31.83 
 
 
627 aa  296  1e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.999909  normal  0.380381 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0863  TPR repeat-containing protein  35.22 
 
 
647 aa  295  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.399235 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2601  TPR domain/SecC motif-containing domain protein  33.74 
 
 
585 aa  281  4e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0346889  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3065  TPR repeat-containing protein  34.48 
 
 
734 aa  276  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0065343  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3331  TPR repeat-containing protein  33.26 
 
 
633 aa  274  7e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.332967  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0293  TPR repeat-containing protein  33.54 
 
 
789 aa  273  1e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0785  TPR repeat-containing protein  31.8 
 
 
796 aa  270  8e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.225465  hitchhiker  0.00421983 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2809  TPR repeat-containing protein  30.14 
 
 
717 aa  270  8e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3824  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.23 
 
 
1106 aa  270  1e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.138221 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2093  TPR repeat-containing protein  30.04 
 
 
1714 aa  269  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3037  TPR repeat-containing protein  29.65 
 
 
717 aa  269  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.657903 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3825  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.2 
 
 
589 aa  267  8e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0624707 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1509  TPR domain-containing protein  34.44 
 
 
699 aa  265  3e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000367862  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2996  TPR repeat-containing protein  30.07 
 
 
626 aa  262  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637966  normal  0.0209641 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27710  glycosyl transferase,TPR repeat protein  32.2 
 
 
1221 aa  262  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3369  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.15 
 
 
667 aa  263  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0774784  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1986  sulfotransferase  29.64 
 
 
1415 aa  261  5.0000000000000005e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.634546  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3742  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.54 
 
 
589 aa  261  6e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3339  TPR repeat-containing protein  30.29 
 
 
732 aa  258  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2997  TPR repeat-containing protein  33.77 
 
 
708 aa  255  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0127987 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3741  TPR repeat-containing protein  31.64 
 
 
1106 aa  254  5.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1897  Methyltransferase regulatory domain, predicted  39.78 
 
 
564 aa  252  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  31.77 
 
 
824 aa  251  4e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0153  TPR repeat-containing protein  32.74 
 
 
754 aa  250  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.372833  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2822  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.39 
 
 
529 aa  249  2e-64  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0164  TPR repeat-containing protein  29.93 
 
 
833 aa  248  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.863115  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0151  TPR repeat-containing protein  29.68 
 
 
833 aa  248  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  29.67 
 
 
828 aa  248  4.9999999999999997e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  31.54 
 
 
789 aa  248  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_863  predicted protein  29.43 
 
 
708 aa  248  6.999999999999999e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.622244  normal  0.0203568 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0166  TPR repeat-containing protein  32.87 
 
 
754 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268335  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3854  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.08 
 
 
723 aa  243  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  28.82 
 
 
968 aa  242  2.9999999999999997e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3338  TPR repeat-containing protein  33.62 
 
 
595 aa  241  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.257374 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0148  TPR repeat-containing protein  31.59 
 
 
619 aa  238  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  29.48 
 
 
828 aa  238  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  29.86 
 
 
828 aa  237  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0161  TPR repeat-containing protein  31.4 
 
 
598 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2855  hypothetical protein  34.2 
 
 
937 aa  233  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3368  Tetratricopeptide domain protein  32.11 
 
 
596 aa  231  7e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1802  TPR repeat-containing protein  30.64 
 
 
822 aa  229  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.984059  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3269  TPR repeat-containing protein  28.89 
 
 
693 aa  226  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.306934  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3801  TPR repeat-containing protein  28.03 
 
 
713 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386604  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1624  Methyltransferase type 12  36.24 
 
 
542 aa  222  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4439  Tetratricopeptide TPR_4  29.94 
 
 
715 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4399  TPR repeat-containing protein  31.83 
 
 
727 aa  214  5.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.516213 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5619  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  30 
 
 
739 aa  211  6e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.474452 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5618  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  31.53 
 
 
739 aa  211  9e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.645263 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3533  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  30.17 
 
 
742 aa  210  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2639  tetratricopeptide TPR_2  28.87 
 
 
552 aa  206  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0441  TPR repeat-containing protein  27.57 
 
 
1085 aa  206  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.239248 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0051  TPR repeat-containing protein  27.2 
 
 
633 aa  204  6e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0699  FkbM family methyltransferase  29.44 
 
 
921 aa  202  3e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.25199 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5617  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  29.21 
 
 
739 aa  201  9e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.277247 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  27.77 
 
 
3560 aa  201  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  25.97 
 
 
718 aa  199  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6522  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  28.83 
 
 
740 aa  199  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.722582  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0103  TPR repeat-containing protein  29.61 
 
 
733 aa  194  8e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.467133  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  26.79 
 
 
3035 aa  191  5.999999999999999e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0605  tetratricopeptide domain-containing protein  25.87 
 
 
553 aa  190  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.335277  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  25.97 
 
 
750 aa  187  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1008  TPR repeat-containing protein  35.37 
 
 
672 aa  186  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  27.1 
 
 
816 aa  186  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  26.89 
 
 
739 aa  181  8e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  25.04 
 
 
4489 aa  179  4e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0122  TPR repeat-containing protein  25.65 
 
 
660 aa  177  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.142603  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1104  TPR repeat-containing protein  27.76 
 
 
616 aa  176  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1874  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.42 
 
 
793 aa  176  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  26.08 
 
 
909 aa  175  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0772  TPR repeat-containing protein  29 
 
 
611 aa  173  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.447572  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1202  TPR repeat-containing protein  26.97 
 
 
632 aa  168  5.9999999999999996e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2139  TPR repeat-containing protein  26.64 
 
 
654 aa  164  8.000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.43176  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  25.87 
 
 
1094 aa  164  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2288  TPR repeat-containing protein  27.56 
 
 
740 aa  162  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  29.05 
 
 
700 aa  162  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3960  methyltransferase type 12  29.43 
 
 
535 aa  162  5e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.00884367  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1827  TPR repeat-containing protein  32.91 
 
 
761 aa  160  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0460239  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0697  hypothetical protein  33.15 
 
 
509 aa  160  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  29.47 
 
 
808 aa  158  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0732  TPR repeat-containing protein  30.11 
 
 
706 aa  157  1e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1755  TPR repeat-containing protein  25.32 
 
 
647 aa  157  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0455441 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3428  tetratricopeptide TPR_2  26.45 
 
 
560 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0384278  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>