More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2556 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  100 
 
 		 195 aa  403  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  79.27 
 
 		 198 aa  325  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  77.08 
 
 		 198 aa  307  8e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  77.14 
 
 		 180 aa  286  2e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  66.49 
 
 		 218 aa  275  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  67.69 
 
 		 196 aa  271  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  66.49 
 
 		 197 aa  270  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5113  transcriptional regulator BetI  65.98 
 
 		 218 aa  269  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0491395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  65.46 
 
 		 218 aa  267  7e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0440  regulatory protein BetI  65.13 
 
 		 197 aa  265  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4734  transcriptional regulator BetI  65.13 
 
 		 197 aa  266  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  69.59 
 
 		 197 aa  257  6e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  69.59 
 
 		 197 aa  257  6e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  64.06 
 
 		 195 aa  245  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  64.06 
 
 		 195 aa  245  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  64.06 
 
 		 195 aa  243  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  64.06 
 
 		 195 aa  243  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  64.06 
 
 		 195 aa  243  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  64.06 
 
 		 195 aa  242  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  64.06 
 
 		 195 aa  242  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  64.06 
 
 		 195 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0868398 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  58.42 
 
 		 197 aa  226  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  55.56 
 
 		 194 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  55.38 
 
 		 196 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  55.03 
 
 		 194 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  55.03 
 
 		 194 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  55.03 
 
 		 194 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  55.03 
 
 		 194 aa  217  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  55.03 
 
 		 194 aa  217  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  54.69 
 
 		 202 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  54.69 
 
 		 202 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  54.69 
 
 		 195 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  54.69 
 
 		 195 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  54.69 
 
 		 195 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  54.69 
 
 		 195 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  55.03 
 
 		 195 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  54.69 
 
 		 202 aa  215  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  55.03 
 
 		 194 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  54.17 
 
 		 196 aa  204  7e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  55.56 
 
 		 195 aa  191  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  55.03 
 
 		 195 aa  191  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  47.67 
 
 		 199 aa  184  8e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  48.72 
 
 		 197 aa  184  9e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  47.34 
 
 		 201 aa  169  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  48.94 
 
 		 196 aa  168  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  45.5 
 
 		 201 aa  167  7e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  45.5 
 
 		 201 aa  167  7e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  45.21 
 
 		 194 aa  167  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  49.71 
 
 		 201 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  45 
 
 		 201 aa  164  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  45.74 
 
 		 201 aa  164  8e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  46.52 
 
 		 196 aa  164  9e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  46.28 
 
 		 198 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  45.74 
 
 		 201 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  46.6 
 
 		 202 aa  161  7e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  45.5 
 
 		 201 aa  154  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 195 aa  150  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  45.45 
 
 		 186 aa  150  8.999999999999999e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  45.74 
 
 		 201 aa  148  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  39.58 
 
 		 194 aa  137  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  37.31 
 
 		 201 aa  133  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  36.79 
 
 		 198 aa  131  6.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1898  transcriptional regulator BetI  38.54 
 
 		 189 aa  127  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  39.26 
 
 		 677 aa  121  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 202 aa  120  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 196 aa  120  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  35.42 
 
 		 202 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2182  transcriptional regulator BetI  38.95 
 
 		 194 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0854  transcriptional regulator BetI  38.95 
 
 		 194 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  38.82 
 
 		 194 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  38.3 
 
 		 211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  36.07 
 
 		 208 aa  111  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1496  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 190 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000100434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 212 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 208 aa  90.1  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1151  transcriptional regulator TetR family  31.61 
 
 		 182 aa  82.8  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.741088  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 214 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  28 
 
 		 215 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 217 aa  71.2  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  26.96 
 
 		 367 aa  64.7  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  27.56 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4596  regulatory protein TetR  36.08 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4915  transcriptional regulator, TetR family  26.6 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259096  normal  0.574827 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1470  transcriptional regulator, TetR family  39.51 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.772741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5896  transcriptional regulator  28.8 
 
 		 199 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371414  normal  0.0197091 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2734  putative transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  0.79417 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0039  transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>