More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2532 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2532  UspA domain protein  100 
 
 		 142 aa  286  6e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2836  UspA domain protein  94.37 
 
 		 142 aa  269  9e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.123614  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1232  UspA domain protein  76.76 
 
 		 143 aa  226  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2676  UspA domain protein  73.94 
 
 		 142 aa  217  6e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1834  UspA domain-containing protein  71.13 
 
 		 142 aa  213  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52305  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00576  universal stress protein UP12  46.53 
 
 		 142 aa  124  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3017  UspA domain protein  46.53 
 
 		 142 aa  124  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1115  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3036  UspA domain-containing protein  46.53 
 
 		 142 aa  124  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00565  hypothetical protein  46.53 
 
 		 142 aa  124  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0693  universal stress protein G  46.53 
 
 		 142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.727878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0628  universal stress protein G  46.53 
 
 		 142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0659  universal stress protein G  46.53 
 
 		 142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0628  universal stress protein G  45.83 
 
 		 142 aa  123  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0521  universal stress protein G  45.83 
 
 		 142 aa  122  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4244  UspA domain-containing protein  46.9 
 
 		 144 aa  122  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1147  UspA domain-containing protein  43.75 
 
 		 142 aa  118  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.280901 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1771  universal stress protein F  42.76 
 
 		 144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0837729 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1834  universal stress protein F  42.76 
 
 		 144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1502  universal stress protein F  42.76 
 
 		 144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432099  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1773  universal stress protein F  42.76 
 
 		 144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.633651  normal  0.0944552 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1685  universal stress protein F  42.76 
 
 		 144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0435547 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01347  stress-induced protein, ATP-binding protein  42.76 
 
 		 144 aa  113  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2270  UspA domain protein  42.76 
 
 		 144 aa  113  7.999999999999999e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397995  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2566  UspA domain-containing protein  41.96 
 
 		 143 aa  113  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.31142  normal  0.160987 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2280  UspA domain-containing protein  42.76 
 
 		 144 aa  113  7.999999999999999e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01359  hypothetical protein  42.76 
 
 		 144 aa  113  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1462  universal stress protein F  42.76 
 
 		 144 aa  113  7.999999999999999e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.694319  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1994  universal stress protein F  42.76 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.845186 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1613  universal stress protein F  42.76 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1937  UspA domain-containing protein  39.86 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1777  universal stress protein F  42.76 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1559  universal stress protein F  42.07 
 
 		 144 aa  112  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5541  putative universal stress protein (Usp)  38.73 
 
 		 141 aa  97.8  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4462  UspA domain protein  39.44 
 
 		 143 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1327  hypothetical protein  39.31 
 
 		 141 aa  94.4  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1445  UspA domain protein  35.21 
 
 		 144 aa  88.6  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.228504  normal  0.253406 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0712  universal stress protein G  42.11 
 
 		 97 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.9695 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0667  universal stress protein G  42.11 
 
 		 97 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.576414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0726  universal stress protein G  42.11 
 
 		 97 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.678292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0653  universal stress protein G  42.11 
 
 		 97 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0772  universal stress protein G  42.11 
 
 		 97 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1477  hypothetical protein  36.62 
 
 		 141 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41182  normal  0.606344 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0179  hypothetical protein  38.62 
 
 		 141 aa  81.3  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3824  hypothetical protein  34.51 
 
 		 143 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2329  hypothetical protein  34.97 
 
 		 143 aa  78.6  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0727438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1660  hypothetical protein  34.51 
 
 		 143 aa  77.8  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113526  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3802  hypothetical protein  36.36 
 
 		 141 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.356211  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3481  UspA domain-containing protein  36.36 
 
 		 141 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0609  hypothetical protein  34.97 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0479495  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0031  UspA domain protein  34.01 
 
 		 163 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.781417  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2734  universal stress protein  34.78 
 
 		 141 aa  73.6  0.0000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3686  hypothetical protein  33.8 
 
 		 141 aa  71.6  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.460591 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2686  universal stress protein  36.36 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0810478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1206  hypothetical protein  37.75 
 
 		 154 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.670905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2040  putative universal stress protein  33.1 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.190459  normal  0.175544 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1265  hypothetical protein  33.33 
 
 		 136 aa  63.5  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2306  UspA domain-containing protein  34 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2171  UspA domain-containing protein  29.25 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.198814  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1497  hypothetical protein  28.87 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1486  hypothetical protein  28.87 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  28.97 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001681  universal stress protein family 3  30.46 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1578  UspA domain-containing protein  33.57 
 
 		 149 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492793  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0603  UspA domain-containing protein  30.14 
 
 		 164 aa  60.8  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.784504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1272  UspA domain-containing protein  35.37 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  32.88 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5095  UspA domain protein  29.38 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2829  UspA domain protein  32.43 
 
 		 169 aa  58.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0510043  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0254  UspA domain protein  28.47 
 
 		 288 aa  58.2  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.422805 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  29.8 
 
 		 150 aa  58.5  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2381  UspA domain protein  30.07 
 
 		 157 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.726392 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0169  hypothetical protein  31.93 
 
 		 151 aa  58.2  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2846  hypothetical protein  32.19 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0982  UspA domain protein  34.03 
 
 		 140 aa  57.8  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00474456  normal  0.0330842 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6366  UspA domain protein  29.86 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0890005  normal  0.312841 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00791  hypothetical protein  30.2 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2330  UspA domain protein  29.41 
 
 		 157 aa  57.4  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2298  UspA domain-containing protein  33.11 
 
 		 164 aa  57.4  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0916  hypothetical protein  33.76 
 
 		 173 aa  57.4  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0289  UspA domain protein  30.41 
 
 		 289 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.503473 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1650  UspA domain-containing protein  30.99 
 
 		 146 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.779795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3070  hypothetical protein  35.2 
 
 		 300 aa  56.6  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0309  hypothetical protein  27.52 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0997  hypothetical protein  30.99 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0966  hypothetical protein  30.99 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6187  UspA domain protein  39.08 
 
 		 155 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.751089  normal  0.351957 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0487  universal stress protein  30 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1459  UspA domain protein  31.29 
 
 		 147 aa  55.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0354  universal stress protein F  31.03 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0906  UspA domain protein  26.39 
 
 		 147 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00116915 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3147  universal stress protein  30.56 
 
 		 150 aa  54.7  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00251172  normal  0.0145111 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1467  UspA domain protein  30.82 
 
 		 180 aa  54.3  0.0000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2111  UspA domain-containing protein  29.37 
 
 		 146 aa  54.3  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000930123 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3218  universal stress protein  31.15 
 
 		 120 aa  53.9  0.0000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0127245 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3137  universal stress protein  28.77 
 
 		 155 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0866  UspA domain protein  36.59 
 
 		 139 aa  53.9  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0647651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0848  hypothetical protein  31.79 
 
 		 142 aa  53.9  0.0000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.957853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4745  hypothetical protein  28.39 
 
 		 151 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.829975  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3085  hypothetical protein  31.67 
 
 		 303 aa  53.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1780  universal stress protein  30.99 
 
 		 149 aa  52.4  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.134073  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>