More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2498 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2498  thymidylate kinase  100 
 
 		 219 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00108643  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2802  thymidylate kinase  93.58 
 
 		 219 aa  408  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.100646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1583  thymidylate kinase  80.66 
 
 		 212 aa  345  3e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000489849  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1691  thymidylate kinase  81.34 
 
 		 212 aa  344  5e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0210927  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3493  thymidylate kinase  80.86 
 
 		 212 aa  343  2e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000071243  normal  0.0320777 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1592  thymidylate kinase  77.36 
 
 		 217 aa  335  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.116501  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1628  thymidylate kinase  77.88 
 
 		 215 aa  334  7.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1911  thymidylate kinase  76.08 
 
 		 212 aa  331  6e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000250893  hitchhiker  0.00000571338 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01094  thymidylate kinase  70.95 
 
 		 213 aa  305  3e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00390554  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2549  dTMP kinase  70.95 
 
 		 213 aa  305  3e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000242114  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01102  hypothetical protein  70.95 
 
 		 213 aa  305  3e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00374424  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2503  thymidylate kinase  70.95 
 
 		 213 aa  305  3e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00403809  unclonable  0.0000000113108 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1220  thymidylate kinase  70.95 
 
 		 213 aa  305  3e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000082141  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2226  thymidylate kinase  70.95 
 
 		 213 aa  305  3e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000221684  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1613  thymidylate kinase  70.62 
 
 		 213 aa  305  3e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000848369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1219  thymidylate kinase  70.95 
 
 		 213 aa  305  3e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000291901  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2029  thymidylate kinase  70.48 
 
 		 213 aa  304  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000357383  hitchhiker  0.00000127305 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1477  thymidylate kinase  70.95 
 
 		 213 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000124035  hitchhiker  0.000000000959374 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1276  thymidylate kinase  69.67 
 
 		 213 aa  301  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.823229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2169  thymidylate kinase  69.67 
 
 		 213 aa  301  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000154462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1314  thymidylate kinase  69.67 
 
 		 213 aa  300  9e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000054513 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1299  thymidylate kinase  69.67 
 
 		 213 aa  300  9e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160764  hitchhiker  0.0000000000000573213 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1986  thymidylate kinase  69.67 
 
 		 213 aa  300  9e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000464686  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2245  thymidylate kinase  67.31 
 
 		 210 aa  290  1e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0597865  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02903  thymidylate kinase  64.11 
 
 		 210 aa  284  7e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003001  thymidylate kinase  62.68 
 
 		 209 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.390558  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1602  thymidylate kinase  65.38 
 
 		 212 aa  282  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.101784  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1487  thymidylate kinase  64.9 
 
 		 210 aa  281  5.000000000000001e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.396843  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0431  thymidylate kinase  60.95 
 
 		 212 aa  263  1e-69  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.19831  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2117  thymidylate kinase  60.1 
 
 		 209 aa  247  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0678723  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2459  thymidylate kinase  58.71 
 
 		 208 aa  241  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0022435  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2051  thymidylate kinase  60.3 
 
 		 215 aa  241  5e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2240  thymidylate kinase  59.11 
 
 		 215 aa  241  7e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2302  thymidylate kinase  55.12 
 
 		 212 aa  240  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.792305  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2572  thymidylate kinase  58.71 
 
 		 208 aa  240  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232881  normal  0.0771597 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1892  thymidylate kinase  58.71 
 
 		 208 aa  240  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.243598  normal  0.0455674 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2452  thymidylate kinase  58.71 
 
 		 208 aa  240  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0414256  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1094  dTMP kinase  55.77 
 
 		 223 aa  237  1e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02330  thymidylate kinase  54.07 
 
 		 222 aa  237  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2214  thymidylate kinase  57.71 
 
 		 208 aa  236  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2613  thymidylate kinase  56.44 
 
 		 209 aa  234  6e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1579  thymidylate kinase  57.14 
 
 		 210 aa  234  6e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.756218 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1661  thymidylate kinase  56.44 
 
 		 209 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.159329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1736  thymidylate kinase  56.44 
 
 		 209 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.603767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2648  thymidylate kinase  56.31 
 
 		 210 aa  232  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.106877 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1982  thymidylate kinase  57.64 
 
 		 210 aa  231  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.102848  hitchhiker  0.00478134 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1923  thymidylate kinase  56.16 
 
 		 214 aa  231  6e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1766  thymidylate kinase  55.94 
 
 		 209 aa  230  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0776889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2043  thymidylate kinase  55.17 
 
 		 208 aa  226  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.745773  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1350  thymidylate kinase  48.33 
 
 		 212 aa  215  5e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1354  thymidylate kinase  47.37 
 
 		 212 aa  211  4.9999999999999996e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1652  thymidylate kinase  50.24 
 
 		 210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.401857  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3827  thymidylate kinase  49.28 
 
 		 210 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.058171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3795  thymidylate kinase  49.76 
 
 		 210 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.398765  normal  0.441646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1495  thymidylate kinase  49.75 
 
 		 210 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1633  thymidylate kinase  48.08 
 
 		 210 aa  175  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1634  thymidylate kinase  45.63 
 
 		 208 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.60217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4152  thymidylate kinase  46.63 
 
 		 210 aa  170  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.898638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1829  dTMP kinase  48.33 
 
 		 218 aa  169  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1530  thymidylate kinase  48.78 
 
 		 207 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2199  thymidylate kinase  46.89 
 
 		 210 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14970  thymidylate kinase  46.86 
 
 		 211 aa  169  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25740  thymidylate kinase  46.41 
 
 		 210 aa  168  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.602436 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1416  thymidylate kinase  46.31 
 
 		 217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845977 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1577  thymidylate kinase  43.54 
 
 		 223 aa  161  7e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0174932  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0608  thymidylate kinase  43.54 
 
 		 223 aa  161  8.000000000000001e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00959948  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2267  dTMP kinase  44.83 
 
 		 212 aa  160  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.799684  normal  0.27429 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1387  thymidylate kinase  45.63 
 
 		 205 aa  158  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0198768  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1253  thymidylate kinase  46.89 
 
 		 219 aa  158  7e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1862  dTMP kinase  44 
 
 		 214 aa  157  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0221751  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1543  thymidylate kinase  46.08 
 
 		 204 aa  154  9e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.145095  normal  0.0739271 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1983  thymidylate kinase  44.44 
 
 		 210 aa  154  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1996  thymidylate kinase  45.85 
 
 		 208 aa  153  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1606  thymidylate kinase  44.88 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0524778  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4191  dTMP kinase  46.12 
 
 		 244 aa  153  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.97771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0059  dTMP kinase  43.08 
 
 		 207 aa  151  8e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.804352  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2703  thymidylate kinase  41.4 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1434  thymidylate kinase  43.78 
 
 		 203 aa  149  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1962  thymidylate kinase  41.59 
 
 		 211 aa  148  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0101939  normal  0.909912 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3024  thymidylate kinase  40.58 
 
 		 209 aa  148  6e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4562  dTMP kinase  46.91 
 
 		 244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0973906 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0877  dTMP kinase  46.48 
 
 		 221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1828  thymidylate kinase  44.39 
 
 		 200 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179808  normal  0.0308742 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1939  thymidylate kinase  45.08 
 
 		 206 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622457  normal  0.256999 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1660  thymidylate kinase  42.44 
 
 		 206 aa  145  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0638751  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0093  thymidylate kinase  43.13 
 
 		 215 aa  146  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2197  thymidylate kinase  43.28 
 
 		 204 aa  145  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.677728 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1564  thymidylate kinase  41.55 
 
 		 225 aa  145  5e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.446858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0696  dTMP kinase  36.63 
 
 		 197 aa  145  5e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2263  thymidylate kinase  43.69 
 
 		 206 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0386042  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1802  thymidylate kinase  43.69 
 
 		 206 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0698629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2010  thymidylate kinase  41.55 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.154294  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1830  thymidylate kinase  43.69 
 
 		 206 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1236  dTMP kinase  45.19 
 
 		 217 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.97692 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1500  thymidylate kinase  39.81 
 
 		 203 aa  143  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.243976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0155  thymidylate kinase  42.03 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5193  thymidylate kinase  43.2 
 
 		 206 aa  142  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.207302 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2380  thymidylate kinase  44.08 
 
 		 209 aa  142  3e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.723503  normal  0.922007 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0551  thymidylate kinase  45.71 
 
 		 217 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2202  dTMP kinase  45.71 
 
 		 217 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>