More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2447 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  96.21 
 
 		 448 aa  888    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  100 
 
 		 448 aa  922    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1697  FeS assembly protein SufD  67.95 
 
 		 430 aa  585  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294615  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  65.83 
 
 		 430 aa  587  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  63.93 
 
 		 441 aa  544  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  63.7 
 
 		 441 aa  540  9.999999999999999e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1763  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  60.05 
 
 		 423 aa  527  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.182167  hitchhiker  0.0000315224 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1744  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  63.01 
 
 		 441 aa  520  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000189062  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1485  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  59.05 
 
 		 423 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000206713 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1469  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  59.28 
 
 		 423 aa  518  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.866432  normal  0.0690013 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1799  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  58.82 
 
 		 423 aa  515  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.024835  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1970  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  58.82 
 
 		 423 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000806248 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1504  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  58.82 
 
 		 423 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.429921  hitchhiker  0.0000000349756 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  59.55 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1950  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  58.92 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0520002  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1762  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  58.92 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0210181  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01650  component of SufBCD complex  58.69 
 
 		 423 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000917299  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1897  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  59.09 
 
 		 423 aa  504  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00143509  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1515  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  59.32 
 
 		 423 aa  504  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.252227  hitchhiker  0.00000429728 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01640  hypothetical protein  58.69 
 
 		 423 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000779694  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1882  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  58.86 
 
 		 423 aa  498  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.077757  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2395  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  59.09 
 
 		 423 aa  501  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087197  hitchhiker  0.000115041 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0463  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  49.37 
 
 		 432 aa  388  1e-106  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.366005  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  33.88 
 
 		 451 aa  231  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  0.0000000788125 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0581  FeS assembly protein SufD  34.54 
 
 		 434 aa  227  3e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.19168  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  35.58 
 
 		 440 aa  226  8e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  34.94 
 
 		 446 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  35.28 
 
 		 445 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  35.07 
 
 		 447 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0426  FeS assembly protein SufD  34.54 
 
 		 454 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  36.28 
 
 		 454 aa  213  5.999999999999999e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  34.96 
 
 		 442 aa  209  9e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1737  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  34.04 
 
 		 442 aa  208  2e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1416  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  35.48 
 
 		 439 aa  207  3e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4731  FeS assembly protein SufD  31.67 
 
 		 454 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  34 
 
 		 440 aa  206  7e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  32.23 
 
 		 441 aa  206  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  34.18 
 
 		 426 aa  203  6e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  31.9 
 
 		 439 aa  203  6e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4357  FeS assembly protein SufD  31.77 
 
 		 453 aa  202  7e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  34.66 
 
 		 439 aa  202  8e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  33.93 
 
 		 426 aa  202  9e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0990  FeS assembly protein SufD  35 
 
 		 434 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0976  iron-regulated ABC transporter, membrane-spanning permease  32.56 
 
 		 425 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.307053  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0798  FeS assembly protein SufD  32.15 
 
 		 448 aa  199  7e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  36.34 
 
 		 430 aa  198  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  33.76 
 
 		 439 aa  196  6e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  32.76 
 
 		 437 aa  196  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  30.79 
 
 		 438 aa  195  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  32.4 
 
 		 446 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2838  FeS assembly protein SufD  32.48 
 
 		 459 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0998  FeS assembly protein SufD  34.45 
 
 		 420 aa  194  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.364227  normal  0.129171 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  33.25 
 
 		 428 aa  193  5e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  34.26 
 
 		 437 aa  193  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0417  FeS assembly protein SufD  33.5 
 
 		 455 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0727  FeS assembly protein SufD  32.17 
 
 		 441 aa  192  7e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0428  FeS assembly protein SufD  33.5 
 
 		 455 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  29.07 
 
 		 441 aa  192  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000908978 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01977  FeS assembly protein SufD  34.2 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.958218  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  32.84 
 
 		 428 aa  191  2e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  34.01 
 
 		 437 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2270  FeS assembly protein SufD  35.41 
 
 		 399 aa  190  4e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  32.66 
 
 		 445 aa  190  5e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3153  FeS assembly protein SufD  31.55 
 
 		 428 aa  189  8e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3968  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  33.25 
 
 		 440 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  28.72 
 
 		 437 aa  188  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1194  FeS assembly protein SufD  32.15 
 
 		 426 aa  186  5e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0412715  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  31.89 
 
 		 475 aa  186  5e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  31.06 
 
 		 444 aa  186  8e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  33.76 
 
 		 447 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0727  FeS assembly protein SufD  33.09 
 
 		 422 aa  183  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0816  ABC transporter membrane protein  32.67 
 
 		 422 aa  183  7e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  32.84 
 
 		 437 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5929  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  32.82 
 
 		 441 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  30.58 
 
 		 436 aa  180  4e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  30.79 
 
 		 437 aa  180  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1346  FeS assembly protein SufD  30.77 
 
 		 419 aa  177  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.641587  hitchhiker  0.00000000191252 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2359  SufBD protein  33.73 
 
 		 427 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  30.91 
 
 		 437 aa  173  5e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0100  FeS assembly protein SufD  31.73 
 
 		 444 aa  173  5.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.993052 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2091  SufBD protein  33.75 
 
 		 427 aa  170  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.781657 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2744  FeS assembly protein SufD  30.36 
 
 		 437 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  30.7 
 
 		 439 aa  168  2e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01359  Cysteine desulfurase activator SufB  30.61 
 
 		 418 aa  167  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.043139  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2104  FeS assembly protein SufD  31.22 
 
 		 424 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.111297 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1237  FeS assembly protein SufD  29.6 
 
 		 433 aa  165  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0697  SufBD protein  29.09 
 
 		 440 aa  161  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4170  FeS assembly protein SufD  30.31 
 
 		 445 aa  160  5e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0086  FeS assembly protein SufD  30.29 
 
 		 446 aa  159  8e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902249  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1606  FeS assembly protein SufD  33.33 
 
 		 448 aa  158  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0238755 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1897  FeS assembly protein SufD  29.74 
 
 		 424 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00363376 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1466  FeS assembly protein SufD  31.97 
 
 		 425 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.269271  normal  0.0505489 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  29.25 
 
 		 467 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5846  FeS assembly protein SufD  30.23 
 
 		 439 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798373  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4459  FeS assembly protein SufD  28.03 
 
 		 440 aa  152  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.2712 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3979  FeS assembly protein SufD  28.99 
 
 		 440 aa  152  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.557806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4347  FeS assembly protein SufD  28.99 
 
 		 440 aa  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.964279 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2358  SufBD  30.96 
 
 		 430 aa  149  7e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14407 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1697  FeS assembly protein SufD  29.7 
 
 		 434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0259  hypothetical protein  32.54 
 
 		 447 aa  145  1e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>