More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2255 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2255  hypothetical protein  100 
 
 		 290 aa  548  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.116056  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2560  protein of unknown function DUF6 transmembrane  91.72 
 
 		 290 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.711408  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3106  hypothetical protein  78.93 
 
 		 299 aa  425  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0777432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4185  protein of unknown function DUF6 transmembrane  77.39 
 
 		 291 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4210  protein of unknown function DUF6 transmembrane  75.52 
 
 		 290 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0031  drug/metabolite transporter  49.25 
 
 		 294 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6822  normal  0.556158 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0154  drug/metabolite transporter  49.25 
 
 		 294 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.98831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4940  hypothetical protein  45.07 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.361149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3501  hypothetical protein  48.16 
 
 		 291 aa  217  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0286  hypothetical protein  44.65 
 
 		 293 aa  212  7e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00960763  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4763  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.26 
 
 		 314 aa  211  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4566  hypothetical protein  52.9 
 
 		 395 aa  208  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.912559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1589  hypothetical protein  41.99 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.151328  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7502  regulator protein pecM  43.71 
 
 		 307 aa  205  6e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5289  regulator protein PecM  47.43 
 
 		 318 aa  202  4e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.517421 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4367  hypothetical protein  43.21 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0391  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.58 
 
 		 287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.598398  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25270  predicted permease, DMT superfamily  50.2 
 
 		 291 aa  198  7e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0070  carboxylate/amino acid/amine transporter  42.16 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0088  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.2 
 
 		 290 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.529373  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4286  protein of unknown function DUF6 transmembrane  47.55 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.853408 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0619  hypothetical protein  44.2 
 
 		 346 aa  181  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2279  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.71 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0136903  normal  0.215844 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2455  hypothetical protein  41.77 
 
 		 272 aa  172  5.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.151746 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2764  hypothetical protein  45.67 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.876324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4244  PecM protein  38.49 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0960699 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4094  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.07 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.466006  normal  0.380638 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0151  putative transmembrane protein  47.47 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0551496  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3677  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.98 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0042  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.67 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4245  hypothetical protein  35.38 
 
 		 285 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000122262  hitchhiker  0.00219233 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4124  hypothetical protein  35.38 
 
 		 285 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000621435  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0215  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35 
 
 		 285 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000175088  normal  0.378069 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3499  hypothetical protein  35.38 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.290777  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2455  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.43 
 
 		 362 aa  123  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0213  hypothetical protein  34.62 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000223398  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3933  hypothetical protein  34.65 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000367698  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4527  integral membrane domain-containing protein  35.08 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3735  hypothetical protein  35.08 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.486754 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3806  hypothetical protein  35.08 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.305382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3644  hypothetical protein  28.32 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3337  hypothetical protein  30.94 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.491654 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3565  DMT family permease  27.44 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5105  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.34 
 
 		 349 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.910123  normal  0.400388 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2926  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2673  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.23 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.481619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02200  hypothetical protein  30.74 
 
 		 294 aa  79  0.00000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3034  hypothetical protein  32.58 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2416  hypothetical protein  31.48 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0994864  normal  0.0254261 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3529  hypothetical protein  29.02 
 
 		 356 aa  73.2  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003645  permease  28.62 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.436376  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24730  predicted permease, DMT superfamily  30.47 
 
 		 356 aa  72.4  0.000000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2433  hypothetical protein  28.37 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21912  normal  0.079185 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2495  hypothetical protein  30.21 
 
 		 336 aa  72  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.939833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1584  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.63 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.317048 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2354  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.37 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.165015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0682  hypothetical protein  29.04 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.095942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12661  SMR family transporter PecM  27.99 
 
 		 317 aa  69.7  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571261 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2188  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.71 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.723736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2796  hypothetical protein  27.68 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1240  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.13 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1516  hypothetical protein  27.49 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1839  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.03 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13801  SMR family transporter PecM  26.71 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1780  SMR family transporter-like protein  28.87 
 
 		 322 aa  65.9  0.0000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2545  hypothetical protein  28.96 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2030  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.42 
 
 		 340 aa  65.1  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0337  hypothetical protein  30.42 
 
 		 279 aa  65.5  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.595745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1451  DMT family permease  28.33 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.218216 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0584  SMR family transporter PecM  31.06 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2664  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.16 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1917  permease of the drug/metabolite transporter  27.5 
 
 		 364 aa  63.5  0.000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5748  hypothetical protein  26.5 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4164  hypothetical protein  25.62 
 
 		 298 aa  62.4  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0439  hypothetical protein  26.47 
 
 		 325 aa  62.4  0.000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1376  hypothetical protein  28.12 
 
 		 326 aa  62.4  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1468  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.1 
 
 		 303 aa  62  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2053  integral membrane protein DUF6  21.11 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1470  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.43 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0065  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.04 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0614  hypothetical protein  31.25 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.793044 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1636  hypothetical protein  28.68 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3877  hypothetical protein  26.71 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421169  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2918  hypothetical protein  28.57 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.103188  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2768  EamA family protein  23.86 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000452563  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13721  SMR family transporter  25.43 
 
 		 313 aa  59.7  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.125485  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16531  SMR family transporter  25.94 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.724697 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2505  drug/metabolite exporter family protein  24.04 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000162037  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0643  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.15 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2549  EamA family protein  23.69 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0928721  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3217  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.19 
 
 		 293 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.182093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0798  SMR family transporter PecM  26.87 
 
 		 316 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2736  eama family protein  23.69 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.35 
 
 		 367 aa  58.5  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.307574  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4000  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22.82 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3876  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.81 
 
 		 348 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505992 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1646  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.15 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1280  SMR family transporter PecM  25 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2179  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.24 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2528  hypothetical protein  26.92 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00740472  normal  0.181025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>