More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2215 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2215  type III secretion protein, YscU/HrpY family  100 
 
 		 359 aa  733    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1882  type III secretion protein, YscU/HrpY family  70.64 
 
 		 361 aa  531  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1205  type III secretion protein HrcU  52.89 
 
 		 359 aa  361  9e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.322672  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0049  YscU/HrpY family type III secretion protein  50.69 
 
 		 359 aa  345  7e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1392  type III secretion protein HrcU  51.27 
 
 		 359 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003359  type III secretion inner membrane protein HrpY  32.49 
 
 		 351 aa  205  9e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01723  Type III secretory pathway, component EscU  32.12 
 
 		 349 aa  197  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2412  type III secretion protein, YscU/HrpY family  31.9 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3011  YscD family type III secretion protein  32.29 
 
 		 346 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.859866  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2281  secretion system apparatus protein SsaU  32.76 
 
 		 349 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0436639  normal  0.672371 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3899  secretion system apparatus protein SsaU  31.87 
 
 		 355 aa  190  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1977  secretion system apparatus protein SsaU  31.9 
 
 		 349 aa  189  9e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3811  secretion system apparatus protein SsaU  31.87 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0864  type III secretion system protein HrcU  33.72 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00479024 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0453  type III secretion system protein HrcU  35.13 
 
 		 352 aa  188  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.0822049 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0048  type III secretion appartus protein YscU  30.7 
 
 		 354 aa  186  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000158953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3926  secretion system apparatus protein SsaU  31.59 
 
 		 355 aa  186  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5071  secretion system apparatus protein SsaU  31.11 
 
 		 345 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796147  normal  0.0581283 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1518  secretion system apparatus protein SsaU  30.66 
 
 		 352 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00925486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1752  secretion system apparatus protein SsaU  30.66 
 
 		 352 aa  173  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152464  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1555  secretion system apparatus protein SsaU  30.86 
 
 		 352 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1532  secretion system apparatus protein SsaU  30.86 
 
 		 352 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.371934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1921  secretion system apparatus protein SsaU  30.86 
 
 		 352 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.133432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03402  type III secretion system protein HrcU  33.24 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2393  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.93 
 
 		 354 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1129  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.56 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1904  type III secretion system protein HrcU  32.65 
 
 		 352 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0427  type III secretion system protein HrcU  32.65 
 
 		 352 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0498216  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1996  type III secretion system protein HrcU  32.65 
 
 		 352 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.920837  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1930  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.92 
 
 		 363 aa  164  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.922236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0018  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.88 
 
 		 374 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000395256  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0018  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.88 
 
 		 374 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000937461  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42660  translocation protein in type III secretion  31.14 
 
 		 349 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0426  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.49 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.888697  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3821  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.84 
 
 		 353 aa  160  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0069  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.05 
 
 		 358 aa  159  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0011  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.77 
 
 		 355 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16690  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.07 
 
 		 356 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0750  type III secretion system protein HrcU  31.49 
 
 		 360 aa  157  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0905461  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0380  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.21 
 
 		 362 aa  156  5.0000000000000005e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.441846  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4196  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.5 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0703  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.65 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.635027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0357  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.92 
 
 		 368 aa  154  2.9999999999999998e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1631  type III secretion system protein HrcU  30.68 
 
 		 360 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.882123  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1674  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.97 
 
 		 360 aa  153  5e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2282  type III secretion system protein HrcU  30.68 
 
 		 420 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.58403  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0366  type III secretion system protein  30.17 
 
 		 360 aa  152  8.999999999999999e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0680  type III secretion system protein HrcU  30.68 
 
 		 399 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1379  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.97 
 
 		 377 aa  152  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1669  type III secretion exporter  32.66 
 
 		 360 aa  151  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.058762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2199  type III secretion system protein HrcU  30.68 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.706014  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5857  type III secretion system protein HrcU  30.48 
 
 		 352 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1547  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.81 
 
 		 383 aa  152  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1623  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.03 
 
 		 362 aa  151  2e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3094  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.94 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5640  type III secretion system protein HrcU  29.97 
 
 		 352 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.122414 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1522  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.77 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23127  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0634  type III secretion system protein HrcU  30.38 
 
 		 420 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1245  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.53 
 
 		 390 aa  150  4e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215857  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3905  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.46 
 
 		 353 aa  150  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000447126 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1954  type III secretion system protein HrcU  30.38 
 
 		 420 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0743  flagellar biosynthetic protein FlhB  28.49 
 
 		 381 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2575  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.23 
 
 		 359 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.011127 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1384  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.56 
 
 		 360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.696508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1862  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.22 
 
 		 383 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.90359  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2604  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.58 
 
 		 383 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1409  flagellar biosynthetic protein FlhB  27.73 
 
 		 361 aa  147  4.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1750  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.18 
 
 		 382 aa  145  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0868  flagellar biosynthesis/type III secretory pathway protein  28.57 
 
 		 369 aa  146  7.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1750  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.18 
 
 		 382 aa  145  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4406  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.36 
 
 		 357 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.202983  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2334  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.42 
 
 		 386 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.178036  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1330  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.68 
 
 		 358 aa  144  2e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0342  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.37 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00837822  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2021  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.14 
 
 		 360 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1749  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.59 
 
 		 359 aa  142  8e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1866  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.36 
 
 		 376 aa  142  8e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.965675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2938  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.86 
 
 		 380 aa  142  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0481554  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1944  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.72 
 
 		 381 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5932  type III secretion system protein HrcU  31.22 
 
 		 357 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.897512  normal  0.0426598 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4135  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.6 
 
 		 350 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0846766  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1163  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.15 
 
 		 351 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3431  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.89 
 
 		 378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2432  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.87 
 
 		 386 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1515  flagellar biosynthesis protein FlhB  27.61 
 
 		 376 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.813027  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2154  flagellar biosynthetic protein FlhB  28.25 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1394  flagellar biosynthetic FlhB transmembrane protein  30.11 
 
 		 387 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00896638  normal  0.765457 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3287  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.06 
 
 		 357 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0959  type III secretion exporter  31.34 
 
 		 377 aa  140  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4645  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.4 
 
 		 379 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223751  normal  0.675327 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0242  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.14 
 
 		 377 aa  139  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.33455  normal  0.0187302 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1137  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.94 
 
 		 359 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0484  flagellar biosynthetic protein FlhB  26.1 
 
 		 392 aa  139  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0127914  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3750  type III secretion exporter  30.52 
 
 		 343 aa  139  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5492  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.97 
 
 		 359 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3772  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.06 
 
 		 358 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0655991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0960  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.48 
 
 		 384 aa  138  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2328  type III secretion exporter  29.14 
 
 		 363 aa  138  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.645604  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1412  flagellar biosynthetic protein FlhB  27.9 
 
 		 363 aa  137  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.342211  normal  0.890154 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0623  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.08 
 
 		 377 aa  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>