287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2017 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B1722  putative tripeptide transporter permease  76.89 
 
 		 501 aa  801    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00217506  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01604  putative tripeptide transporter permease  76.48 
 
 		 500 aa  778    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00542523  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1890  putative tripeptide transporter permease  76.49 
 
 		 501 aa  800    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2006  amino acid/peptide transporter  76.48 
 
 		 500 aa  778    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0749107  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1824  putative tripeptide transporter permease  76.69 
 
 		 500 aa  779    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1710  putative tripeptide transporter permease  76.28 
 
 		 500 aa  777    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0064967  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01594  hypothetical protein  76.48 
 
 		 500 aa  778    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00471162  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1814  putative tripeptide transporter permease  77.76 
 
 		 502 aa  796    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000684589  decreased coverage  0.000347242 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1549  putative tripeptide transporter permease  76.24 
 
 		 501 aa  799    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.507438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1844  putative tripeptide transporter permease  76.69 
 
 		 500 aa  779    Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345542  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1886  putative tripeptide transporter permease  79.92 
 
 		 511 aa  791    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.348979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1778  putative tripeptide transporter permease  79.96 
 
 		 501 aa  793    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2346  putative tripeptide transporter permease  76.28 
 
 		 500 aa  778    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0609489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2233  putative tripeptide transporter permease  80.16 
 
 		 506 aa  800    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000348133 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1562  putative tripeptide transporter permease  76.89 
 
 		 501 aa  801    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0485322  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2017  putative tripeptide transporter permease  100 
 
 		 506 aa  1021    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.617443  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1995  putative tripeptide transporter permease  76.48 
 
 		 500 aa  778    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46141  normal  0.0309863 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1565  putative tripeptide transporter permease  76.48 
 
 		 500 aa  778    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2318  putative tripeptide transporter permease  94.66 
 
 		 506 aa  976    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1622  putative tripeptide transporter permease  76.69 
 
 		 501 aa  801    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.185719  normal  0.452221 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2548  putative tripeptide transporter permease  80.38 
 
 		 488 aa  776    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0509  putative tripeptide transporter permease  57.4 
 
 		 514 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0623  amino acid/peptide transporter  56.34 
 
 		 495 aa  559  1e-158  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000100169  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3826  inner membrane transporter YhiP  51.57 
 
 		 489 aa  503  1e-141  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03345  predicted transporter  51.57 
 
 		 489 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.199197  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0219  amino acid/peptide transporter  51.57 
 
 		 489 aa  504  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0220  inner membrane transporter YhiP  51.57 
 
 		 489 aa  504  1e-141  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4843  inner membrane transporter YhiP  51.36 
 
 		 489 aa  502  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3978  inner membrane transporter YhiP  51.57 
 
 		 489 aa  504  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3696  inner membrane transporter YhiP  51.57 
 
 		 489 aa  504  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3785  inner membrane transporter YhiP  51.57 
 
 		 489 aa  502  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03298  hypothetical protein  51.57 
 
 		 489 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.240113  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3785  inner membrane transporter YhiP  51.15 
 
 		 490 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0323752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3795  inner membrane transporter YhiP  51.15 
 
 		 490 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3862  inner membrane transporter YhiP  51.15 
 
 		 490 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.31175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3905  inner membrane transporter YhiP  51.15 
 
 		 490 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3966  inner membrane transporter YhiP  51.15 
 
 		 490 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.826151  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2851  hypothetical protein  45.34 
 
 		 500 aa  431  1e-119  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2720  hypothetical protein  45.34 
 
 		 500 aa  430  1e-119  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1525  di-/tripeptide transporter  46.23 
 
 		 528 aa  420  1e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0251804  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0652  tripeptide permease TppB  46.03 
 
 		 504 aa  417  9.999999999999999e-116  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.068993  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4508  amino acid/peptide transporter  39.96 
 
 		 507 aa  371  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0182547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3261  amino acid/peptide transporter  39.92 
 
 		 506 aa  349  5e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0234728 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3089  amino acid/peptide transporter  38.87 
 
 		 516 aa  347  2e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000368989  normal  0.0911268 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2910  amino acid/peptide transporter  38.87 
 
 		 516 aa  346  5e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.380758  normal  0.476442 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2992  amino acid/peptide transporter  38.87 
 
 		 516 aa  346  5e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0360187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3183  amino acid/peptide transporter  38.45 
 
 		 517 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0376329 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1117  amino acid/peptide transporter  38.65 
 
 		 523 aa  343  4e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1102  amino acid/peptide transporter  37.92 
 
 		 546 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0759  major facilitator superfamily peptide/H(+)symporter  38.03 
 
 		 513 aa  341  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1177  proton-dependent oligopeptide transporter (POT) family protein  38.15 
 
 		 506 aa  341  2e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.980946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2221  amino acid/peptide transporter  39.35 
 
 		 551 aa  340  5e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1207  amino acid/peptide transporter  38.84 
 
 		 517 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0390922  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1277  proton-dependent oligopeptide transporter (POT) family protein  38.46 
 
 		 516 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4868  amino acid/peptide transporter  39.39 
 
 		 507 aa  339  7e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1174  amino acid/peptide transporter  39.71 
 
 		 521 aa  339  7e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.211879  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5415  amino acid/peptide transporter  40.96 
 
 		 506 aa  338  9e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1255  amino acid/peptide transporter  38.74 
 
 		 551 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4728  amino acid/peptide transporter  40.52 
 
 		 506 aa  336  5e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0113  amino acid/peptide transporter  39.52 
 
 		 506 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3023  amino acid/peptide transporter  39 
 
 		 500 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2907  amino acid/peptide transporter  39 
 
 		 500 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464233  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4440  amino acid/peptide transporter  38.1 
 
 		 513 aa  334  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0348  amino acid/peptide transporter  38.8 
 
 		 500 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.781642  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5316  amino acid/peptide transporter  40.96 
 
 		 506 aa  332  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.179594  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5544  amino acid/peptide transporter  40.96 
 
 		 506 aa  332  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0382  amino acid/peptide transporter  38.8 
 
 		 500 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1531  amino acid/peptide transporter  38.8 
 
 		 500 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1721  amino acid/peptide transporter  38.8 
 
 		 500 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97984  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1189  amino acid/peptide transporter  35.59 
 
 		 501 aa  239  9e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.500547 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1572  di-/tripeptide transporter  29.46 
 
 		 492 aa  234  2.0000000000000002e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.827276  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  29.59 
 
 		 499 aa  234  3e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000422142 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0615  proton/peptide symporter family protein  29.05 
 
 		 492 aa  233  8.000000000000001e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  29.61 
 
 		 527 aa  225  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4484  amino acid/peptide transporter  30.8 
 
 		 516 aa  225  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0470977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  30.06 
 
 		 516 aa  224  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1421  amino acid/peptide transporter  27.13 
 
 		 494 aa  224  3e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3369  proton/peptide symporter family protein  29.84 
 
 		 544 aa  219  7e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31641  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5954  hypothetical protein  29.24 
 
 		 509 aa  216  5e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0911535  normal  0.0715474 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0945  amino acid/peptide transporter  28.25 
 
 		 534 aa  216  7e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.985856  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3647  peptide/proton symporter family protein  26.87 
 
 		 479 aa  212  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0955  amino acid/peptide transporter  30.35 
 
 		 510 aa  211  3e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.334898  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0734  di-/tripeptide transporter  29.23 
 
 		 497 aa  210  5e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0279102  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2266  amino acid/peptide transporter  29.53 
 
 		 490 aa  208  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000291592  hitchhiker  0.00874925 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2904  amino acid/peptide transporter  28.72 
 
 		 497 aa  206  6e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1357  amino acid/peptide transporter  29.55 
 
 		 489 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000317071  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1074  di-tripeptide ABC transporter membrane protein  30.14 
 
 		 510 aa  204  2e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01330  hypothetical protein  30.31 
 
 		 462 aa  205  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004134  di-/tripeptide transporter  30.1 
 
 		 462 aa  205  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1393  amino acid/peptide transporter  29.92 
 
 		 501 aa  203  6e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.825614  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1649  amino acid/peptide transporter  30.34 
 
 		 490 aa  203  7e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000051541  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0783  di/tripeptide transporter homolog IraB  29.9 
 
 		 502 aa  202  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3034  alkaline phosphatase  29.77 
 
 		 491 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.513893  hitchhiker  0.00921345 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1313  amino acid/peptide transporter  29.65 
 
 		 489 aa  201  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000607679  normal  0.565693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1380  amino acid/peptide transporter  29.65 
 
 		 489 aa  201  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00016017  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3942  amino acid/peptide transporter  28.09 
 
 		 496 aa  200  3.9999999999999996e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0547773  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0812  di/tripeptide transporter homolog IraB  29.7 
 
 		 502 aa  200  3.9999999999999996e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1373  amino acid/peptide transporter  29.65 
 
 		 489 aa  200  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000302128  hitchhiker  0.00000791426 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0093  di-tripeptide ABC transporter  28.17 
 
 		 497 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.569603  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1397  amino acid/peptide transporter  31.35 
 
 		 489 aa  197  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128075  normal  0.33376 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>