88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1981 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1981  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  100 
 
 		 135 aa  272  9e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.295466  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2282  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  97.04 
 
 		 135 aa  265  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1957  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  92.59 
 
 		 135 aa  258  3e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2199  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  91.11 
 
 		 135 aa  253  4e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.927569  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2706  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  89.63 
 
 		 135 aa  229  8.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000160031  hitchhiker  0.000198201 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2167  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  89.63 
 
 		 135 aa  227  4e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.317545  normal  0.0612895 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2074  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  89.63 
 
 		 135 aa  227  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.944345  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1966  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  89.63 
 
 		 135 aa  227  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.695002  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0306  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  72.79 
 
 		 136 aa  210  5.999999999999999e-54  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.265101  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01213  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  84.44 
 
 		 137 aa  207  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.982069  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1386  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  84.44 
 
 		 137 aa  207  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.44738  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1345  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  84.44 
 
 		 137 aa  207  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000969162  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2390  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  84.44 
 
 		 137 aa  207  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393969  hitchhiker  0.00000150062 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1904  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  84.44 
 
 		 137 aa  207  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.300661  normal  0.199286 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1402  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  84.44 
 
 		 137 aa  207  4e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.844413  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1722  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  84.44 
 
 		 137 aa  207  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.344605  normal  0.876204 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01223  hypothetical protein  84.44 
 
 		 137 aa  207  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2412  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  84.44 
 
 		 137 aa  207  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00877695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1577  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  82.96 
 
 		 137 aa  205  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1394  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  82.96 
 
 		 137 aa  205  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00484483  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1884  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  82.96 
 
 		 137 aa  205  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.400402  normal  0.276243 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1941  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  82.96 
 
 		 137 aa  205  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.118204  normal  0.862978 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1878  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  82.96 
 
 		 137 aa  205  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2306  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  81.48 
 
 		 137 aa  204  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.283331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2329  H-NS histone family protein  65.19 
 
 		 134 aa  168  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.1305  hitchhiker  0.00000000912792 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1152  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  60 
 
 		 133 aa  155  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2575  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  60 
 
 		 133 aa  155  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2842  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  61.65 
 
 		 133 aa  153  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00137778  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1754  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  64.66 
 
 		 133 aa  150  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3053  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  60.15 
 
 		 133 aa  150  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0965485  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2605  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  60.74 
 
 		 132 aa  144  5e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.730726  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2804  DNA binding protein, nucleoid-associated  60.29 
 
 		 134 aa  134  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3911  DNA binding protein, nucleoid-associated  59.56 
 
 		 134 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.268261 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02525  DNA binding protein, nucleoid-associated  59.56 
 
 		 134 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1037  DNA binding protein, nucleoid-associated  59.56 
 
 		 134 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02489  hypothetical protein  59.56 
 
 		 134 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2789  DNA binding protein, nucleoid-associated  59.56 
 
 		 134 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.338985 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3212  DNA binding protein, nucleoid-associated  59.56 
 
 		 134 aa  133  7.000000000000001e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1014  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  59.56 
 
 		 134 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2949  DNA binding protein, nucleoid-associated  59.56 
 
 		 134 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01827  hypothetical protein  53.68 
 
 		 135 aa  132  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2980  DNA binding protein, nucleoid-associated  53.33 
 
 		 133 aa  124  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.681217  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2997  DNA binding protein, nucleoid-associated  53.33 
 
 		 133 aa  124  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.185251  normal  0.0364479 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2945  DNA binding protein, nucleoid-associated  53.33 
 
 		 133 aa  124  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.14201 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2913  DNA binding protein, nucleoid-associated  53.33 
 
 		 133 aa  124  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3102  DNA binding protein, nucleoid-associated  53.33 
 
 		 133 aa  124  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.669725  normal  0.844597 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003852  DNA-binding protein H-NS  53.68 
 
 		 135 aa  120  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0195644  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0700  DNA-binding protein VicH  53.68 
 
 		 137 aa  120  9e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3149  DNA binding protein, nucleoid-associated  50.72 
 
 		 134 aa  118  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000112797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2145  DNA binding protein, global metabolism regulator  48.33 
 
 		 137 aa  116  9e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.110406  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0123  DNA-binding protein H-NS  43.48 
 
 		 141 aa  105  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.577813  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0787  DNA-binding protein H-NS  41.35 
 
 		 134 aa  103  5e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.123185  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3237  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  41.48 
 
 		 131 aa  93.2  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.602482 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1444  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  39.26 
 
 		 130 aa  90.9  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.292783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1351  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  39.26 
 
 		 130 aa  87  7e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0110439  hitchhiker  0.00767889 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2856  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.78 
 
 		 130 aa  85.5  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0019  H-NS histone family  39.23 
 
 		 141 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2585  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.76 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000212728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2749  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  39.71 
 
 		 136 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000604606  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1404  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  39.26 
 
 		 130 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000773951  normal  0.9865 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3146  H-NS family DNA-binding protein  36.76 
 
 		 130 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1416  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.52 
 
 		 130 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00233677  normal  0.422691 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0005  DNA-binding protein H-NS family  41.67 
 
 		 154 aa  79.7  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000922105  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2512  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.29 
 
 		 130 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00123836  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2996  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.76 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.18601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1510  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.76 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000161891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2867  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.76 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00308675  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2848  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.76 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000899352  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2148  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  33.33 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2540  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  39.42 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000233995  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4476  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.33 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00112117  normal  0.570223 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00994  DNA-binding protein, H-NS family  36.3 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000272824  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1168  H-NS family DNA-binding protein  34.81 
 
 		 130 aa  59.7  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.827071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4700  DNA-binding protein  27.91 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4786  H-NS histone family protein  37.31 
 
 		 146 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.428354 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3387  DNA-binding protein H-NS-like protein  27.91 
 
 		 144 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0122  DNA binding protein  32.03 
 
 		 130 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1545  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.51 
 
 		 105 aa  45.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.718681  normal  0.0365604 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4229  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  48.08 
 
 		 108 aa  45.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.289876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  31.58 
 
 		 102 aa  44.3  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3156  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  53.19 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116532  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  30.97 
 
 		 102 aa  43.5  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3349  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  45.76 
 
 		 105 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.340557 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3069  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  28.57 
 
 		 130 aa  41.2  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.39515  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0519  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.31 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000291454  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4886  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.7 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.602991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.73 
 
 		 103 aa  40.8  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2207  H-NS histone family protein  34.31 
 
 		 96 aa  40.8  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000144624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>