More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1936 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  76.29 
 
 		 561 aa  907    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  75.17 
 
 		 583 aa  907    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  75.04 
 
 		 561 aa  900    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.65 
 
 		 561 aa  910    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1189  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.43 
 
 		 551 aa  734    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  75.04 
 
 		 561 aa  900    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.03 
 
 		 557 aa  766    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2263  AMP-dependent synthetase and ligase  53.9 
 
 		 558 aa  645    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.694237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.11 
 
 		 561 aa  905    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  66.97 
 
 		 558 aa  782    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 572 aa  1175    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.39 
 
 		 557 aa  789    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  58.33 
 
 		 553 aa  677    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.03 
 
 		 557 aa  787    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  75.04 
 
 		 561 aa  900    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  80.88 
 
 		 569 aa  962    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  60.44 
 
 		 550 aa  715    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.41 
 
 		 557 aa  775    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.53 
 
 		 566 aa  842    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  82.45 
 
 		 567 aa  979    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  56.36 
 
 		 584 aa  647    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  55.3 
 
 		 584 aa  639    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  93.59 
 
 		 572 aa  1100    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.55 
 
 		 553 aa  643    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.176827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  66.85 
 
 		 557 aa  783    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.29 
 
 		 561 aa  907    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  58.66 
 
 		 560 aa  669    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  66.85 
 
 		 557 aa  784    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2409  AMP-dependent synthetase and ligase  53.64 
 
 		 554 aa  638    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0704611  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  57.87 
 
 		 558 aa  644    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  75.17 
 
 		 583 aa  907    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.4 
 
 		 563 aa  841    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  66.85 
 
 		 557 aa  784    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.81 
 
 		 557 aa  796    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.29 
 
 		 561 aa  907    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  56.96 
 
 		 599 aa  644    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  76.29 
 
 		 561 aa  907    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.42 
 
 		 562 aa  644    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.56 
 
 		 562 aa  945    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.71 
 
 		 573 aa  957    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.59 
 
 		 555 aa  777    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  66.31 
 
 		 557 aa  786    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  75.04 
 
 		 561 aa  900    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  57.07 
 
 		 584 aa  657    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.32 
 
 		 557 aa  783    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.56 
 
 		 562 aa  945    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  60.04 
 
 		 552 aa  716    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0735  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.87 
 
 		 560 aa  760    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  75.22 
 
 		 561 aa  901    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.21 
 
 		 557 aa  790    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.21 
 
 		 557 aa  791    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  57.07 
 
 		 584 aa  657    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1606  AMP-dependent synthetase and ligase  54.08 
 
 		 558 aa  647    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.016837  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  66.85 
 
 		 557 aa  789    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2062  AMP-dependent synthetase and ligase  58.02 
 
 		 556 aa  682    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.58 
 
 		 563 aa  843    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  55.48 
 
 		 584 aa  642    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  56.97 
 
 		 586 aa  652    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.29 
 
 		 561 aa  907    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  60.98 
 
 		 553 aa  692    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  57.07 
 
 		 584 aa  657    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  75 
 
 		 572 aa  909    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.47 
 
 		 577 aa  947    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.03 
 
 		 557 aa  787    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  54.11 
 
 		 572 aa  634  1e-180  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.24 
 
 		 563 aa  633  1e-180  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.89 
 
 		 565 aa  634  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.52 
 
 		 563 aa  629  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.17 
 
 		 567 aa  630  1e-179  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  54.91 
 
 		 549 aa  630  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  55.11 
 
 		 604 aa  629  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.59 
 
 		 581 aa  625  1e-178  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  53.67 
 
 		 569 aa  626  1e-178  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  53.48 
 
 		 569 aa  627  1e-178  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  54.58 
 
 		 601 aa  627  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.92 
 
 		 560 aa  625  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.86 
 
 		 565 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.21 
 
 		 565 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.98 
 
 		 563 aa  624  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.16 
 
 		 560 aa  622  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  54.43 
 
 		 567 aa  622  1e-177  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.04 
 
 		 565 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  53.26 
 
 		 566 aa  618  1e-176  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.88 
 
 		 562 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.86 
 
 		 565 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.94 
 
 		 557 aa  619  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  53.64 
 
 		 562 aa  619  1e-176  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.88 
 
 		 562 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  54.53 
 
 		 561 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.27 
 
 		 563 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0428  AMP-dependent synthetase and ligase  53.78 
 
 		 579 aa  615  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0627658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.6 
 
 		 562 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0069  AMP-dependent synthetase and ligase  55.05 
 
 		 647 aa  615  1e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.56 
 
 		 557 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1782  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.05 
 
 		 590 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.177104  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  53.76 
 
 		 559 aa  611  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0474  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.58 
 
 		 557 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1764  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.05 
 
 		 590 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0022418  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1035  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.05 
 
 		 590 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.526739  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.83 
 
 		 569 aa  614  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>