More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1880 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2172  major facilitator superfamily MFS_1  95.09 
 
 
407 aa  756  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00749383  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1880  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
407 aa  809  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0103294  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3406  major facilitator transporter  72.68 
 
 
408 aa  585  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.913918  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2356  major facilitator superfamily MFS_1  66.01 
 
 
405 aa  553  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2442  major facilitator superfamily MFS_1  67.24 
 
 
405 aa  541  1e-152  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.234485  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2680  oxalate:formate antiporter  60.34 
 
 
402 aa  499  1e-140  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2495  oxalate:formate antiporter  60.34 
 
 
402 aa  499  1e-140  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.116022  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2428  oxalate:formate antiporter (permease)  60.1 
 
 
402 aa  487  1e-136  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.739048  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2456  oxalate/formate antiporter (permease)  62.24 
 
 
402 aa  487  1e-136  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.001991  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2695  putative oxalate:formate antiporter  62.24 
 
 
402 aa  488  1e-136  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.83174e-08 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2746  putative oxalate:formate antiporter  62.24 
 
 
402 aa  487  1e-136  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  3.11684e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2459  major facilitator transporter  61.73 
 
 
402 aa  485  1e-136  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0169362  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2703  putative oxalate:formate antiporter  59.61 
 
 
402 aa  482  1e-135  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2607  putative oxalate:formate antiporter  61.48 
 
 
402 aa  481  1e-135  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.21238e-05 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2718  oxalate:formate antiporter, putative  61.73 
 
 
402 aa  484  1e-135  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00584048  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2174  major facilitator transporter  61.79 
 
 
400 aa  481  1e-134  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0165144  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2993  putative oxalate:formate antiporter  61.83 
 
 
400 aa  474  1e-133  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0223405  normal  0.0497096 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2367  oxalate:formate antiporter  61.93 
 
 
400 aa  471  1e-132  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.880003  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2385  putative oxalate:formate antiporter  62.18 
 
 
400 aa  473  1e-132  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2126  oxalate/formate antiporter  62.18 
 
 
400 aa  473  1e-132  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0875766  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2203  oxalate:formate antiporter  61.93 
 
 
400 aa  471  1e-132  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.111639  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2142  oxalate/formate antiporter  62.18 
 
 
400 aa  473  1e-132  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0401795  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2396  oxalate:formate antiporter, putative  62.18 
 
 
400 aa  474  1e-132  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.429266  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2332  putative oxalate:formate antiporter  61.68 
 
 
400 aa  470  1e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0134794  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1858  major facilitator transporter  61.99 
 
 
402 aa  461  1e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.633531  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2467  putative oxalate:formate antiporter  62.61 
 
 
358 aa  402  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.34244e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0177  oxalate/formate antiporter  47.59 
 
 
400 aa  366  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3868  major facilitator family transporter  45.69 
 
 
402 aa  348  1e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0169  oxalate/formate antiporter  45.18 
 
 
402 aa  343  2e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.86802  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0165  Oxalate/Formate Antiporter  45.18 
 
 
402 aa  343  2e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3748  major facilitator family transporter  45.18 
 
 
402 aa  343  2e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3979  major facilitator family transporter  45.18 
 
 
400 aa  343  3e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.705111  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03348  hypothetical protein  44.92 
 
 
402 aa  342  5e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4042  major facilitator family transporter  45.18 
 
 
402 aa  342  5e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03397  predicted transporter  44.92 
 
 
402 aa  342  5e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0058  major facilitator transporter  47.88 
 
 
414 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000719685  decreased coverage  7.8318e-08 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4923  inner membrane protein YhjX  44.67 
 
 
400 aa  340  2e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0056  major facilitator transporter  47.88 
 
 
414 aa  340  4e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00977888  hitchhiker  0.000481777 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0056  major facilitator transporter  48.61 
 
 
414 aa  338  9e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4298  major facilitator transporter  48.61 
 
 
414 aa  338  9e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000777962  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0061  major facilitator transporter  48.61 
 
 
414 aa  338  9e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0161323  hitchhiker  0.000519908 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0060  major facilitator superfamily MFS_1  48.61 
 
 
414 aa  337  2e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0886  major facilitator superfamily permease  33.85 
 
 
461 aa  219  7e-56  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0290248  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3728  major facilitator transporter  29.58 
 
 
411 aa  182  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1416  major facilitator superfamily permease  32.23 
 
 
401 aa  176  5e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00145831  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3733  major facilitator transporter  30.61 
 
 
397 aa  176  6e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3923  major facilitator transporter  29.04 
 
 
418 aa  174  2e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.768461  normal  0.191124 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0515  major facilitator transporter  30.89 
 
 
418 aa  169  9e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C10  major facilitator superfamily permease  30.29 
 
 
413 aa  166  5e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1606  major facilitator transporter  26.7 
 
 
412 aa  166  1e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0486  oxalate/formate antiporter  29 
 
 
410 aa  164  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.65082  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2922  major facilitator superfamily MFS_1  29.1 
 
 
416 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1036  major facilitator superfamily MFS_1  30.48 
 
 
433 aa  161  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3142  major facilitator superfamily MFS_1  29.53 
 
 
434 aa  161  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1344  major facilitator superfamily MFS_1  30.75 
 
 
421 aa  159  7e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2490  oxalate/formate antiporter, putative  29.3 
 
 
455 aa  158  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0466  major facilitator superfamily MFS_1  30.19 
 
 
415 aa  159  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0769  oxalate:formate antiporter  28.73 
 
 
406 aa  158  1e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05082  hypothetical protein  26.15 
 
 
404 aa  157  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2736  major facilitator family transporter  25.45 
 
 
398 aa  156  5e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.601142  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2777  major facilitator family transporter  25.45 
 
 
398 aa  156  5e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2952  major facilitator family transporter  25.45 
 
 
398 aa  156  5e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3364  major facilitator transporter  28.05 
 
 
412 aa  155  9e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2840  major facilitator family transporter  25.66 
 
 
398 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.638107  normal  0.599456 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2817  major facilitator family transporter  25.66 
 
 
398 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0448046  normal  0.764982 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0598  MFS transporter  27.49 
 
 
412 aa  153  5e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1705  major facilitator transporter  30.89 
 
 
442 aa  153  5e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0256  major facilitator transporter  30.03 
 
 
424 aa  153  5e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.146977  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0038  major facilitator transporter  29.67 
 
 
432 aa  153  6e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1720  major facilitator transporter  29.56 
 
 
419 aa  152  1e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.127263  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0467  major facilitator superfamily MFS_1  30.32 
 
 
424 aa  152  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000451235  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000297  oxalate/formate antiporter  28.85 
 
 
412 aa  150  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.77663e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1744  major facilitator superfamily MFS_1  29.13 
 
 
425 aa  150  4e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.799326  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0936  major facilitator superfamily MFS_1  29.37 
 
 
407 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0356  major facilitator superfamily MFS_1  26.88 
 
 
411 aa  145  2e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06098  hypothetical protein  28.57 
 
 
410 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1890  major facilitator superfamily transporter  30.4 
 
 
424 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00250834  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1247  major facilitator transporter  29.64 
 
 
431 aa  143  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.131802 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2465  major facilitator transporter  27.88 
 
 
454 aa  143  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3154  major facilitator superfamily MFS_1  28.84 
 
 
421 aa  140  4e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.328617  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3283  major facilitator transporter  26.83 
 
 
429 aa  140  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21568  normal  0.253377 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2958  major facilitator transporter  28.57 
 
 
421 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.175452  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5265  major facilitator transporter  26.83 
 
 
429 aa  140  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.940755  normal  0.474002 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3046  major facilitator superfamily MFS_1  29.11 
 
 
421 aa  139  9e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.548752  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1951  major facilitator transporter  28.97 
 
 
432 aa  137  3e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0444  major facilitator transporter  27.2 
 
 
422 aa  137  3e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.17352  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2227  major facilitator superfamily MFS_1  28.97 
 
 
432 aa  137  3e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374569  normal  0.368601 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2629  major facilitator superfamily MFS_1  29.81 
 
 
465 aa  137  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2394  major facilitator superfamily MFS_1  29.38 
 
 
414 aa  136  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  2.1703e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1590  major facilitator transporter  26.94 
 
 
431 aa  136  7e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0171149  normal  0.72938 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2414  major facilitator superfamily MFS_1  26.5 
 
 
436 aa  136  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136193 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2137  major facilitator transporter  26.5 
 
 
436 aa  136  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.115705  normal  0.336562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1151  major facilitator superfamily MFS_1  26.42 
 
 
441 aa  135  1e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2097  major facilitator superfamily MFS_1  26.37 
 
 
436 aa  135  2e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.481915  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1906  major facilitator superfamily MFS_1  27.58 
 
 
432 aa  134  4e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.748854 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0858  major facilitator transporter  27.4 
 
 
442 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.326759  normal  0.152741 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4475  major facilitator superfamily MFS_1  26.6 
 
 
441 aa  132  1e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.220885  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1372  major facilitator superfamily MFS_1  26.81 
 
 
436 aa  132  1e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2792  major facilitator transporter  27 
 
 
425 aa  132  1e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.40286  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0872  major facilitator superfamily MFS_1  26.27 
 
 
453 aa  132  1e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0593371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>