More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1690 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  100 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  96.37 
 
 		 303 aa  594  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  86.51 
 
 		 300 aa  522  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  87.2 
 
 		 300 aa  520  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  83.33 
 
 		 300 aa  511  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  78.98 
 
 		 300 aa  481  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  78.98 
 
 		 300 aa  481  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  78.98 
 
 		 300 aa  481  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  81.02 
 
 		 300 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  78.22 
 
 		 300 aa  482  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  81.02 
 
 		 300 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  78.98 
 
 		 300 aa  481  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  78.98 
 
 		 300 aa  481  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  81.02 
 
 		 300 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  81.36 
 
 		 300 aa  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  78.98 
 
 		 300 aa  481  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  78.98 
 
 		 300 aa  481  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  81.02 
 
 		 300 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  78.64 
 
 		 300 aa  479  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  80.62 
 
 		 300 aa  478  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  68.86 
 
 		 302 aa  434  1e-121  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  69.76 
 
 		 301 aa  430  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  67.47 
 
 		 301 aa  421  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0363  SSU ribosomal protein S6P modification protein  67.35 
 
 		 301 aa  421  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1212  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  68.38 
 
 		 301 aa  423  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0387338  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05140  ribosomal protein S6 modification enzyme RimK  68.04 
 
 		 301 aa  421  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  69.2 
 
 		 301 aa  423  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2640  S6 modification enzyme RimK  67.01 
 
 		 301 aa  418  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.363149  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1766  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  66.32 
 
 		 301 aa  419  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.918853 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  67.01 
 
 		 301 aa  414  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  66.09 
 
 		 301 aa  416  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0386  ribosomal protein S6 modification protein  65.64 
 
 		 301 aa  412  1e-114  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.786331  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  65.05 
 
 		 302 aa  411  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1791  ribosomal protein S6 modification protein  65.64 
 
 		 301 aa  412  1e-114  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0248  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  67.13 
 
 		 301 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0180089 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  67.13 
 
 		 299 aa  408  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  65.75 
 
 		 301 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0263  alpha-L-glutamate ligase  67.13 
 
 		 301 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.553998 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  66.44 
 
 		 301 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  66.1 
 
 		 307 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0686  SSU ribosomal protein S6P modification protein  66.09 
 
 		 301 aa  410  1e-113  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000259145  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  64.31 
 
 		 298 aa  408  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  66.44 
 
 		 301 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4964  alpha-L-glutamate ligase  67.13 
 
 		 301 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000940925 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  67.24 
 
 		 301 aa  410  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0273  alpha-L-glutamate ligase  67.13 
 
 		 301 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0234  ribosomal protein S6 modification protein  65.86 
 
 		 301 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0262  SSU ribosomal protein S6P modification protein  66.44 
 
 		 301 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345619 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  66.09 
 
 		 301 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  66.09 
 
 		 301 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  66.09 
 
 		 301 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  66.44 
 
 		 299 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  66.44 
 
 		 299 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  66.09 
 
 		 301 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  66.44 
 
 		 299 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0173  S6 modification enzyme RimK  65.52 
 
 		 301 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  64.86 
 
 		 302 aa  402  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  65.29 
 
 		 301 aa  402  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  63.36 
 
 		 305 aa  401  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  65.64 
 
 		 301 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  64.26 
 
 		 301 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  63.57 
 
 		 301 aa  395  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  62.63 
 
 		 301 aa  392  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  63.57 
 
 		 301 aa  394  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2353  alpha-L-glutamate ligase  63.57 
 
 		 301 aa  394  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000863949  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  62.89 
 
 		 302 aa  388  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  65.45 
 
 		 286 aa  385  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  63.92 
 
 		 301 aa  385  1e-106  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  62.63 
 
 		 302 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  62.98 
 
 		 299 aa  387  1e-106  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  62.63 
 
 		 302 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  61.51 
 
 		 301 aa  381  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  60.96 
 
 		 302 aa  379  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  60.96 
 
 		 302 aa  379  1e-104  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  59.14 
 
 		 301 aa  378  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  59.38 
 
 		 301 aa  374  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0505  alpha-L-glutamate ligase  59.73 
 
 		 301 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3763  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  59.73 
 
 		 301 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.86581 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  57.81 
 
 		 301 aa  376  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  57.81 
 
 		 301 aa  376  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  58.14 
 
 		 301 aa  375  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  59.73 
 
 		 301 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  59.73 
 
 		 301 aa  374  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  59.73 
 
 		 301 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  59.52 
 
 		 301 aa  366  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  57.44 
 
 		 456 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  58.13 
 
 		 459 aa  354  8.999999999999999e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0769  SSU ribosomal protein S6P modification protein  59.79 
 
 		 471 aa  354  1e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.974202  normal  0.327706 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  56.4 
 
 		 290 aa  349  3e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5981  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  57.05 
 
 		 301 aa  349  3e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2101  alpha-L-glutamate ligase  58.13 
 
 		 458 aa  348  6e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00703256  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02302  ribosomal protein S6 modification protein  55.14 
 
 		 305 aa  339  2.9999999999999998e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2582  alpha-L-glutamate ligase  57.93 
 
 		 455 aa  337  9.999999999999999e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3341  ribosomal protein S6 modification protein  59.58 
 
 		 471 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3184  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  54.51 
 
 		 292 aa  331  1e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2103  ribosomal protein S6 modification protein  53.47 
 
 		 301 aa  325  5e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2024  alpha-L-glutamate ligase  53.12 
 
 		 301 aa  323  1e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.095015  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  55.52 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  50.52 
 
 		 310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  50.87 
 
 		 300 aa  308  5.9999999999999995e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>