113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1616 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1715  Radical SAM domain protein  98.11 
 
 		 370 aa  761    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.707887  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1616  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 370 aa  771    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.230625  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2893  radical SAM domain-containing protein  71.35 
 
 		 370 aa  575  1.0000000000000001e-163  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00746158  normal  0.722126 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2250  radical SAM domain-containing protein  50 
 
 		 367 aa  380  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.621052 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3365  radical SAM domain-containing protein  35.96 
 
 		 393 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.803151  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0740  radical SAM domain-containing protein  35.29 
 
 		 400 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2723  Radical SAM domain protein  36.33 
 
 		 384 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  29.95 
 
 		 378 aa  72.8  0.000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  24.43 
 
 		 380 aa  72.8  0.000000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 		 501 aa  67  0.0000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1002  Radical SAM domain protein  27.71 
 
 		 365 aa  67  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.808631  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1915  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.12 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  25.52 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1669  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  23.66 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.195157 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  25.23 
 
 		 380 aa  64.3  0.000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1814  radical SAM domain-containing protein  27.39 
 
 		 369 aa  62.8  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  26.2 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1154  radical SAM domain-containing protein  25.56 
 
 		 377 aa  60.8  0.00000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.812273  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0597  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  23.26 
 
 		 348 aa  60.8  0.00000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 		 429 aa  60.1  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  23.66 
 
 		 377 aa  59.7  0.00000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2664  radical SAM family protein  28.81 
 
 		 383 aa  59.3  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.293501 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0157  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.57 
 
 		 320 aa  57  0.0000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  28.02 
 
 		 418 aa  57  0.0000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0176  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.57 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0197  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.57 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  26.54 
 
 		 496 aa  55.8  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0393  metallo cofactor biosynthesis protein  23.47 
 
 		 393 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2660  Fe-S oxidoreductase, putative coenzyme synthesis protein  25.3 
 
 		 344 aa  55.1  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0350  radical SAM domain-containing protein  23.61 
 
 		 359 aa  53.5  0.000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.156548  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1985  Methyltransferase type 11  30.25 
 
 		 1000 aa  53.1  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1198  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 306 aa  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00512944  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  22.93 
 
 		 399 aa  51.2  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 		 428 aa  51.2  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1426  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.91 
 
 		 322 aa  50.8  0.00003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0938  radical SAM family Fe-S protein  22.09 
 
 		 381 aa  50.8  0.00004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000426541  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1690  radical SAM family protein  24.26 
 
 		 330 aa  50.4  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000452598  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  26.83 
 
 		 398 aa  50.4  0.00005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1156  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.48 
 
 		 322 aa  50.4  0.00005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  25.6 
 
 		 397 aa  49.7  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1375  Fe-S oxidoreductase-like  23.81 
 
 		 377 aa  49.7  0.00009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.771753  normal  0.531566 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2101  radical SAM family protein  27.27 
 
 		 417 aa  49.7  0.00009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  23.95 
 
 		 468 aa  49.7  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  25.88 
 
 		 399 aa  48.9  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0923  Methyltransferase type 11  30.91 
 
 		 1039 aa  49.3  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.804895  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0259  Radical SAM domain protein  23.48 
 
 		 1005 aa  49.3  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1335  hypothetical protein  26.38 
 
 		 363 aa  48.5  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.861062 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  31.87 
 
 		 373 aa  48.5  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2369  Radical SAM domain protein  24.45 
 
 		 435 aa  48.1  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0697954  normal  0.318858 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0058  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  19.91 
 
 		 310 aa  48.5  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0822  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  23.46 
 
 		 322 aa  48.5  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0225831  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1387  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.62 
 
 		 351 aa  48.9  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  26.23 
 
 		 393 aa  48.5  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 		 342 aa  47.8  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  26.63 
 
 		 366 aa  48.1  0.0003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  27.88 
 
 		 330 aa  47.8  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  29.3 
 
 		 394 aa  47.8  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1734  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.74 
 
 		 329 aa  47.8  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1290  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.25 
 
 		 336 aa  47.4  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0333256  normal  0.347849 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.69 
 
 		 389 aa  47  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  28.24 
 
 		 373 aa  47  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0433  radical SAM domain-containing protein  23.24 
 
 		 365 aa  47  0.0005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.293902  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1837  Radical SAM domain protein  22.22 
 
 		 518 aa  47  0.0005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.654863  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0024  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  22.99 
 
 		 309 aa  47  0.0006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3389  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.5 
 
 		 345 aa  46.2  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  20.69 
 
 		 327 aa  46.2  0.0009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  26.34 
 
 		 359 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1280  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.91 
 
 		 332 aa  46.2  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.412863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44970  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.36 
 
 		 331 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  23.81 
 
 		 370 aa  46.2  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2766  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.63 
 
 		 331 aa  46.2  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.237766  normal  0.576064 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  26.54 
 
 		 394 aa  45.4  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0159  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.58 
 
 		 322 aa  45.8  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000610838  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  25.28 
 
 		 415 aa  45.8  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  28.47 
 
 		 401 aa  46.2  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 		 397 aa  45.8  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  25.6 
 
 		 344 aa  45.1  0.002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1091  MoaA/NifB/PqqE family protein  21.82 
 
 		 379 aa  45.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  26.19 
 
 		 399 aa  45.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1477  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25 
 
 		 343 aa  45.1  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  26.36 
 
 		 413 aa  45.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2557  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  22.82 
 
 		 330 aa  45.1  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0326  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.56 
 
 		 318 aa  45.4  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  20.83 
 
 		 368 aa  45.4  0.002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7629  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.11 
 
 		 342 aa  45.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1688  radical SAM family protein  23.98 
 
 		 326 aa  44.7  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.52361  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3826  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.22 
 
 		 331 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.488803  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0882  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.26 
 
 		 323 aa  44.3  0.003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1392  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.26 
 
 		 317 aa  44.3  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1970  Radical SAM domain protein  21.85 
 
 		 346 aa  44.3  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  27.38 
 
 		 390 aa  43.9  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  23.94 
 
 		 491 aa  43.9  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  25.77 
 
 		 349 aa  43.9  0.004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0614  radical SAM domain-containing protein  20.38 
 
 		 308 aa  43.9  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1785  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.24 
 
 		 351 aa  43.9  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5373  Radical SAM domain protein  26.09 
 
 		 327 aa  43.9  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.08 
 
 		 394 aa  43.9  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2268  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.59 
 
 		 325 aa  43.9  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0119  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.55 
 
 		 328 aa  43.9  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0460197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  25.45 
 
 		 422 aa  43.9  0.005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>