More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1485 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  100 
 
 		 490 aa  1015    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  86.53 
 
 		 490 aa  885    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  60.54 
 
 		 490 aa  632  1e-180  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  60.04 
 
 		 491 aa  629  1e-179  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  51.66 
 
 		 486 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  51.87 
 
 		 486 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  51.66 
 
 		 486 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  51.24 
 
 		 485 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  51.88 
 
 		 486 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  50.41 
 
 		 485 aa  511  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  50.21 
 
 		 485 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  50.41 
 
 		 485 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  50 
 
 		 486 aa  502  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  49.48 
 
 		 485 aa  499  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  48.96 
 
 		 485 aa  491  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  49.9 
 
 		 485 aa  475  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  45.15 
 
 		 512 aa  431  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  41.74 
 
 		 498 aa  366  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  42.12 
 
 		 508 aa  360  4e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 487 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  40.04 
 
 		 493 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 495 aa  343  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 493 aa  338  9e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  39.83 
 
 		 493 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  34.18 
 
 		 477 aa  300  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 476 aa  300  4e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 477 aa  296  8e-79  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  35.31 
 
 		 477 aa  284  2.0000000000000002e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  31.9 
 
 		 425 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 570 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  46.06 
 
 		 461 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  44.71 
 
 		 418 aa  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03889  diguanylate cyclase  28.04 
 
 		 461 aa  144  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 373 aa  142  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 459 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 492 aa  140  4.999999999999999e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 738 aa  140  6e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 753 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 476 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 301 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  43.64 
 
 		 457 aa  139  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 487 aa  139  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  25 
 
 		 464 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 523 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 304 aa  137  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  43.98 
 
 		 457 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  43.98 
 
 		 457 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 357 aa  137  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 659 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  44.79 
 
 		 580 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 736 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 457 aa  136  8e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 328 aa  136  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 362 aa  136  9e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  26.07 
 
 		 545 aa  136  9e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 638 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 532 aa  136  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 220 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 361 aa  136  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  44.31 
 
 		 457 aa  136  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  28.8 
 
 		 533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 354 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.89 
 
 		 301 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  43.98 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 554 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.64 
 
 		 668 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 377 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  42.77 
 
 		 455 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 419 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 493 aa  134  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  41.18 
 
 		 400 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 424 aa  133  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 317 aa  133  7.999999999999999e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  42.94 
 
 		 458 aa  133  7.999999999999999e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 559 aa  133  9e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  43.03 
 
 		 457 aa  133  9e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  45.28 
 
 		 609 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  43.03 
 
 		 454 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  45.28 
 
 		 709 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.05 
 
 		 668 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 698 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  45.88 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.97 
 
 		 531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 359 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.54 
 
 		 474 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  43.21 
 
 		 458 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 540 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 566 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 441 aa  131  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 372 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 227 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 532 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  28.09 
 
 		 474 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 768 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.42 
 
 		 1079 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  41.21 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>