More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1484 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1484  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 244 aa  499  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.60959  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 251 aa  290  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_011894  Mnod_0756  transcriptional regulator, GntR family  46.28 
 
 		 247 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.612329  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4599  Fis family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 243 aa  204  8e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.279562  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2066  GntR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 254 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118637  normal  0.754365 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1582  GntR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.269882 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1440  GntR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 248 aa  194  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3677  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 254 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1071  GntR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 274 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4416  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.489132  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4186  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 251 aa  165  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.349516  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4083  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 250 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0617  transcriptional regulator, GntR family  37.92 
 
 		 250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0539833 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4147  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 264 aa  160  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3625  GntR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 239 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0484961  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5470  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 242 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4496  GntR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 245 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4790  GntR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 245 aa  149  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4409  GntR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 245 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4965  regulatory protein GntR, HTH  36.13 
 
 		 247 aa  142  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1785  regulatory protein GntR, HTH  36.13 
 
 		 247 aa  138  7.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.711067  normal  0.392955 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0836  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 256 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00839653 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4699  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 270 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1509  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 251 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4179  regulatory protein GntR HTH  31.28 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  31.62 
 
 		 242 aa  85.5  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 239 aa  85.5  7e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04320  transcriptional regulator GntR family  28.74 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  27.39 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  30.04 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1710  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2768  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  28.15 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3004  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 252 aa  79.3  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000311693  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  31.67 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 270 aa  79  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0220  regulatory protein GntR, HTH  29.15 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288237 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0895  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  28.51 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  29.29 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 268 aa  75.9  0.0000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0721  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  27.9 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274282  normal  0.4322 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4030  putative transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000148337  normal  0.107748 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  27.73 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1033  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  26.97 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  27.73 
 
 		 278 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  28.75 
 
 		 243 aa  74.7  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  27.73 
 
 		 278 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1730  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.782156  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  28.1 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2570  transcriptional regulator, GntR family  28.15 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000448817  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67420  histidine utilization genes repressor protein  29.49 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2648  histidine utilization repressor transcription regulator protein  26.27 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.186467  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  26.53 
 
 		 273 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5838  histidine utilization repressor  29.06 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  27.69 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5172  histidine utilization repressor  28.33 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003719  histidine utilization repressor  26.56 
 
 		 235 aa  72.4  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.746481  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 248 aa  71.6  0.000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 244 aa  71.6  0.000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3826  GntR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 271 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.339728 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3310  GntR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 274 aa  72  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.758694 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  27.13 
 
 		 269 aa  71.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3808  GntR family regulatory protein  30.18 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 240 aa  71.2  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  28.1 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  26.92 
 
 		 274 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0853  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.122159  hitchhiker  0.00270002 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0958  transcriptional regulator, GntR family  28.39 
 
 		 246 aa  70.5  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3977  GntR family regulatory protein  28.51 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 269 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5870  GntR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3796  GntR family regulatory protein  28.51 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0366  histidine utilization repressor  27.04 
 
 		 273 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3916  GntR family regulatory protein  30.18 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0447  regulatory protein GntR, HTH  27.17 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  27.47 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  26.27 
 
 		 242 aa  69.7  0.00000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  28.05 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3874  GntR family regulatory protein  28.51 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2153  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3711  GntR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0826  histidine utilization repressor  27.31 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000366249  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  26.14 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0510  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5035  histidine utilization repressor  28.46 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7288  putative transcriptional regulator, GntR family  29.82 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.767574 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4649  GntR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.492673  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>