More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1442 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
245 aa  499  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  93.85 
 
 
245 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  71.84 
 
 
250 aa  369  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  60.82 
 
 
245 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  63.22 
 
 
242 aa  324  6e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  59.75 
 
 
236 aa  300  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  60.5 
 
 
245 aa  292  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  60.5 
 
 
245 aa  292  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  60.5 
 
 
245 aa  292  3e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0066  LuxR family transcriptional regulator  59.09 
 
 
248 aa  291  6e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.961932  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  56.38 
 
 
247 aa  275  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  56.38 
 
 
247 aa  275  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  56.38 
 
 
247 aa  275  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  33.64 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  33.19 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.33 
 
 
238 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.33 
 
 
238 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.51 
 
 
394 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  27.15 
 
 
213 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.33 
 
 
238 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.33 
 
 
238 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.33 
 
 
238 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
248 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.5 
 
 
425 aa  99  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  27.49 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
244 aa  97.8  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
242 aa  95.5  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  27.44 
 
 
242 aa  95.1  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  27.92 
 
 
253 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0116  LuxR family transcriptional regulator  62.86 
 
 
105 aa  93.2  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
246 aa  92.4  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
260 aa  90.9  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  28.17 
 
 
224 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  28.17 
 
 
241 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  26.5 
 
 
243 aa  89.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  29.23 
 
 
239 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  29.23 
 
 
239 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  26.36 
 
 
254 aa  86.7  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
235 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  25.74 
 
 
245 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  25.39 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  25.39 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.91 
 
 
234 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
234 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  23.96 
 
 
242 aa  80.9  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  26.76 
 
 
279 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  27.36 
 
 
247 aa  79.7  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
268 aa  80.1  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  26.78 
 
 
307 aa  80.1  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  28.99 
 
 
240 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.99 
 
 
240 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  27.08 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.99 
 
 
240 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.99 
 
 
240 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  27.08 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.47 
 
 
240 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  27.46 
 
 
250 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  24.9 
 
 
320 aa  77.8  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.38 
 
 
240 aa  78.2  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  23.33 
 
 
229 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  27.23 
 
 
248 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.47 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.47 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  23.21 
 
 
239 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  25.35 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.54 
 
 
240 aa  75.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  25.97 
 
 
237 aa  75.9  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  26.29 
 
 
234 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  25.35 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  25.97 
 
 
237 aa  75.9  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.29 
 
 
234 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.54 
 
 
240 aa  75.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.29 
 
 
236 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  24.74 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.54 
 
 
240 aa  75.5  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.54 
 
 
240 aa  75.5  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.54 
 
 
240 aa  75.5  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  24.65 
 
 
235 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  25.46 
 
 
248 aa  73.6  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  25.64 
 
 
237 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  25.64 
 
 
237 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  25.64 
 
 
237 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
236 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
321 aa  72  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  22.22 
 
 
246 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  22.75 
 
 
236 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  23.44 
 
 
237 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
235 aa  70.5  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0797  transcriptional regulator, LuxR family  29.65 
 
 
240 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  23.76 
 
 
243 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  24.06 
 
 
206 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
235 aa  70.1  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  26.61 
 
 
235 aa  70.1  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  23.85 
 
 
244 aa  69.7  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  22.42 
 
 
237 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  25.48 
 
 
247 aa  69.3  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
230 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.27 
 
 
230 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.27 
 
 
230 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>