More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1375 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
401 aa  807    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  41.12 
 
 
390 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.97 
 
 
392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  42.86 
 
 
387 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  45.18 
 
 
410 aa  266  4e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  40.9 
 
 
384 aa  266  4e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  42.24 
 
 
409 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 
407 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  41.79 
 
 
408 aa  262  8.999999999999999e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  41.54 
 
 
408 aa  259  4e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.6 
 
 
438 aa  258  9e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  40.73 
 
 
414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  38.52 
 
 
390 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  39.74 
 
 
415 aa  244  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  43.07 
 
 
569 aa  243  5e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33770  hypothetical protein  38.05 
 
 
391 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127582  hitchhiker  0.00383681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2871  hypothetical protein  38.05 
 
 
391 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.65 
 
 
390 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.337788  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  38.24 
 
 
414 aa  238  1e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  41.38 
 
 
445 aa  235  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.14 
 
 
398 aa  233  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.72 
 
 
399 aa  228  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  36.68 
 
 
391 aa  224  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  35.34 
 
 
405 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  37.92 
 
 
397 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1423  RND family efflux transporter MFP subunit  38.37 
 
 
401 aa  214  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  37.92 
 
 
397 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  37.92 
 
 
397 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2754  RND efflux transporter  38.37 
 
 
401 aa  213  3.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226253  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1312  RND efflux transporter  38.37 
 
 
401 aa  212  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130358  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  37.47 
 
 
397 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  38.37 
 
 
383 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  37.36 
 
 
385 aa  209  9e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  36.84 
 
 
420 aa  207  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2236  secretion protein HlyD  35.63 
 
 
404 aa  206  7e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  35.95 
 
 
435 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  35.95 
 
 
428 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6201  putative accessory protein to ABC-type macrolide transport protein MacB  33.98 
 
 
430 aa  205  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  35.38 
 
 
399 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.12 
 
 
410 aa  203  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 
428 aa  199  7.999999999999999e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3197  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.04 
 
 
387 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.822347  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  35.22 
 
 
370 aa  195  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  35.22 
 
 
370 aa  195  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  36.96 
 
 
405 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  34.96 
 
 
370 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1295  efflux protein  33.62 
 
 
405 aa  193  5e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  31.17 
 
 
390 aa  193  6e-48  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  33.69 
 
 
399 aa  192  1e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  37.32 
 
 
406 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2220  RND family efflux transporter MFP subunit  33.99 
 
 
399 aa  191  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  34.48 
 
 
393 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  37.03 
 
 
406 aa  190  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2214  secretion protein HlyD  37.24 
 
 
382 aa  189  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000155205  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  36.68 
 
 
409 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  32.13 
 
 
390 aa  189  5.999999999999999e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  35.38 
 
 
371 aa  189  8e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  35.38 
 
 
371 aa  189  8e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.38 
 
 
371 aa  189  9e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  32.13 
 
 
390 aa  189  1e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  35.38 
 
 
371 aa  188  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  35.38 
 
 
371 aa  188  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  35.38 
 
 
371 aa  188  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  35.38 
 
 
371 aa  188  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  36.94 
 
 
401 aa  187  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  37.32 
 
 
444 aa  187  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.59 
 
 
410 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  35.59 
 
 
416 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  35.38 
 
 
371 aa  187  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  35.09 
 
 
371 aa  186  8e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2317  RND family efflux transporter MFP subunit  33.06 
 
 
393 aa  186  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.788366  normal  0.425659 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  34.58 
 
 
416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  35.31 
 
 
416 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  35.01 
 
 
416 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  31.83 
 
 
402 aa  182  1e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  32.58 
 
 
372 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.2 
 
 
397 aa  179  7e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  32.15 
 
 
372 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  32.15 
 
 
372 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  32.15 
 
 
372 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  32.15 
 
 
372 aa  177  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  30.21 
 
 
394 aa  177  4e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2603  secretion protein HlyD  35.06 
 
 
389 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22725  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  30.62 
 
 
397 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  34.73 
 
 
371 aa  173  5.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2116  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.38 
 
 
393 aa  173  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.419105  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2466  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.65 
 
 
396 aa  172  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  28.91 
 
 
377 aa  170  5e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  33.43 
 
 
348 aa  169  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 
464 aa  169  7e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  33.14 
 
 
394 aa  169  8e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  30.42 
 
 
455 aa  164  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  28.51 
 
 
456 aa  162  9e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  30.71 
 
 
396 aa  158  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  32.73 
 
 
394 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  35.35 
 
 
413 aa  147  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  31.69 
 
 
402 aa  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  33.89 
 
 
403 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.11 
 
 
409 aa  141  1.9999999999999998e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  34.97 
 
 
405 aa  139  7e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>