49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1371 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1371  Pectate lyase/Amb allergen  100 
 
 		 314 aa  639    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00120054  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1777  Pectate lyase/Amb allergen  95.86 
 
 		 314 aa  623  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3378  Pectate lyase/Amb allergen  57.96 
 
 		 314 aa  363  2e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4101  type III helper protein HopAK1  43.69 
 
 		 555 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3839  type III helper protein HopAK1  42.53 
 
 		 543 aa  242  5e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3306  Pectate lyase/Amb allergen  51.79 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07646  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AVN4]  30.91 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.91565  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00741  Pectate lyase Precursor (EC 4.2.2.2) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00645]  30.7 
 
 		 326 aa  87  4e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1848  Pectate lyase/Amb allergen  31.33 
 
 		 317 aa  86.7  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.233654  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1091  Pectate lyase/Amb allergen  26.51 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6915  Pectate lyase-like protein  27.61 
 
 		 482 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0430  Pectate lyase/Amb allergen  29.82 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202776  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2763  Pectate lyase/Amb allergen  26.59 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.329046  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0496  Pectinesterase  27.16 
 
 		 686 aa  74.7  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164542 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3448  Pectate lyase-like  27.44 
 
 		 594 aa  73.9  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.372442  hitchhiker  0.00149155 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2764  Pectate lyase/Amb allergen  26.71 
 
 		 402 aa  73.9  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.429805  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1090  Pectate lyase/Amb allergen  26.8 
 
 		 405 aa  73.6  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0511  Pectate lyase/Amb allergen  28.3 
 
 		 365 aa  71.6  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000797817  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1089  Pectate lyase/Amb allergen  28.01 
 
 		 385 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2436  Pectate lyase/Amb allergen  29.86 
 
 		 327 aa  70.5  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00169439  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0435  Pectate lyase/Amb allergen  28.17 
 
 		 375 aa  67.4  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.017738  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  28.51 
 
 		 554 aa  67  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6139  Pectate lyase  25.97 
 
 		 380 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0537  Pectate lyase/Amb allergen  29.6 
 
 		 351 aa  66.2  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1178  Pectate lyase/Amb allergen  28.8 
 
 		 498 aa  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000219225 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  34.04 
 
 		 1316 aa  64.7  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2863  Pectate lyase/Amb allergen  27.59 
 
 		 522 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.707547  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  33.81 
 
 		 769 aa  64.3  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0132  Pectate lyase/Amb allergen  31.93 
 
 		 505 aa  60.8  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3821  Pectate lyase/Amb allergen  27.35 
 
 		 456 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2168  pectate lyase  32.72 
 
 		 512 aa  58.9  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.108445  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2941  Pectate lyase/Amb allergen  31.06 
 
 		 501 aa  58.5  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.12002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3958  Pectate lyase/Amb allergen  28.3 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02650  pectate lyase  26.67 
 
 		 346 aa  56.2  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256465  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5013  Pectate lyase/Amb allergen  26.21 
 
 		 427 aa  55.8  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2243  Pectate lyase/Amb allergen  28.84 
 
 		 462 aa  55.5  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0247929  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1493  pectate lyase  26.36 
 
 		 435 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2566  Pectate lyase/Amb allergen  24.58 
 
 		 368 aa  53.5  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1162  pectate lyase  24.7 
 
 		 991 aa  53.1  0.000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.211021 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3434  Pectate lyase/Amb allergen  22.86 
 
 		 504 aa  50.4  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.405383 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1843  Pectate lyase/Amb allergen  27.53 
 
 		 730 aa  49.3  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5236  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0495  Pectate lyase/Amb allergen  30.77 
 
 		 427 aa  49.3  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.016328 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0153  pectate lyase/Amb allergen  26.97 
 
 		 449 aa  48.5  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  29 
 
 		 794 aa  46.2  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02331  Pectin lyase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU6]  27.5 
 
 		 392 aa  45.8  0.0009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.37768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0271  Pectate lyase/Amb allergen  28.48 
 
 		 375 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3362  hypothetical protein  29.82 
 
 		 770 aa  45.4  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.142309  normal  0.0931446 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  25.13 
 
 		 486 aa  45.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0431  Pectate lyase/Amb allergen  25 
 
 		 527 aa  44.3  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.471187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>