65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1361 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00297  galactoside permease  80.05 
 
 		 417 aa  646    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0372048  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3263  oligosaccharide/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  80.05 
 
 		 417 aa  646    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0568399  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0416  galactoside permease  80.3 
 
 		 417 aa  646    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.64566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0407  galactoside permease  80.3 
 
 		 417 aa  646    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00583816  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0374  galactoside permease  80.05 
 
 		 417 aa  646    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3282  galactoside permease  80.05 
 
 		 417 aa  646    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00177774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0367  galactoside permease  80.05 
 
 		 417 aa  646    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00932691  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1767  galactoside permease  95.69 
 
 		 418 aa  766    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0531388  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1361  galactoside permease  100 
 
 		 420 aa  840    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.32292  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2492  galactoside permease  67.23 
 
 		 435 aa  566  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2394  galactoside permease  66.99 
 
 		 435 aa  564  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000789855  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1680  galactoside permease  67.23 
 
 		 435 aa  566  1e-160  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000567267  normal  0.141313 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3102  major facilitator superfamily oligosaccharide/H+ symporter  69.23 
 
 		 418 aa  530  1e-149  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.186561 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0632  galactoside permease  60.95 
 
 		 420 aa  485  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0846  galactoside permease  61.5 
 
 		 420 aa  482  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2657  galactoside permease  61.35 
 
 		 426 aa  479  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1330  galactoside permease  61.56 
 
 		 426 aa  478  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.800996  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3115  galactoside permease  54.85 
 
 		 425 aa  462  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0255021 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3381  galactoside permease  55.1 
 
 		 430 aa  463  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4076  galactoside permease  58.35 
 
 		 421 aa  457  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51430  Proton/sugar symporter  47.69 
 
 		 437 aa  359  5e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2636  oligosaccharide/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  46.21 
 
 		 410 aa  348  1e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0232716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2083  galactoside permease  43.26 
 
 		 419 aa  298  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3434  major facilitator superfamily oligosaccharide/H+ symporter  38.44 
 
 		 422 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51800  galactoside permease  40.28 
 
 		 427 aa  259  6e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28670  galactoside permease  35.03 
 
 		 448 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2646  galactoside permease  31.96 
 
 		 415 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0124  galactoside permease  27.76 
 
 		 445 aa  166  9e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00000688669  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2503  major facilitator transporter  22.07 
 
 		 397 aa  70.1  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527244 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1202  major facilitator transporter  23.02 
 
 		 391 aa  58.2  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.207324  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3262  major facilitator transporter  20.62 
 
 		 385 aa  57  0.0000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344996 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3034  putative 3-phenylpropionic acid transporter  20.55 
 
 		 379 aa  54.7  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.308801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0735  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  25 
 
 		 388 aa  54.3  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0719  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  25 
 
 		 388 aa  54.3  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1243  major facilitator superfamily MFS_1  20.57 
 
 		 385 aa  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1923  putative transporter  20.7 
 
 		 386 aa  49.3  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.598404 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0860  MFS family nucleoside/H(+) symporter  25.13 
 
 		 395 aa  49.3  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000354031  hitchhiker  0.0000116391 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  22.22 
 
 		 387 aa  48.5  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000358317  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0571  major facilitator superfamily MFS_1  28.48 
 
 		 388 aa  48.5  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0353  quinolone resistance protein NorA  24.75 
 
 		 387 aa  47.4  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.390077  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1139  major facilitator transporter  22.37 
 
 		 395 aa  45.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000165449  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1971  transporter, putative  19.55 
 
 		 387 aa  45.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1639  major facilitator superfamily MFS_1  19.55 
 
 		 387 aa  45.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000052995 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0588  major facilitator transporter  42.22 
 
 		 464 aa  44.7  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3767  putative 3-phenylpropionic acid transporter  21.12 
 
 		 379 aa  45.1  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2415  major facilitator transporter  22.22 
 
 		 402 aa  44.7  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2820  putative 3-phenylpropionic acid transporter  21.12 
 
 		 379 aa  43.9  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0314248  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1132  phenyl proprionate permease family protein  21.12 
 
 		 379 aa  43.9  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2709  putative 3-phenylpropionic acid transporter  20.05 
 
 		 379 aa  43.9  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2795  putative 3-phenylpropionic acid transporter  20.05 
 
 		 379 aa  43.9  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2754  putative 3-phenylpropionic acid transporter  20.05 
 
 		 379 aa  43.9  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0840  major facilitator transporter  24.76 
 
 		 380 aa  43.9  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0402328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1141  putative 3-phenylpropionic acid transporter  21.12 
 
 		 379 aa  43.9  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2688  nucleoside:H+ symporter  23.95 
 
 		 406 aa  43.9  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00432  putative nucleoside permease protein  23.15 
 
 		 397 aa  43.9  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3073  major facilitator superfamily MFS_1  29.23 
 
 		 389 aa  43.9  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1111  major facilitator transporter  27.23 
 
 		 444 aa  43.9  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02428  predicted 3-phenylpropionic transporter  20.19 
 
 		 379 aa  43.5  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02392  hypothetical protein  20.19 
 
 		 379 aa  43.5  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2816  putative 3-phenylpropionic acid transporter  20.05 
 
 		 379 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2688  putative 3-phenylpropionic acid transporter  20.19 
 
 		 379 aa  43.5  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0117825  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1284  putative 3-phenylpropionic acid transporter  24.31 
 
 		 399 aa  43.5  0.007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3022  major facilitator transporter  22.87 
 
 		 472 aa  43.1  0.009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.358015  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  23.32 
 
 		 391 aa  43.1  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1556  major facilitator transporter  25.76 
 
 		 407 aa  43.1  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.897116  normal  0.129024 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>