239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1342 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  100 
 
 		 296 aa  612  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  97.97 
 
 		 296 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  85.47 
 
 		 296 aa  530  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1869  AP endonuclease  79.59 
 
 		 350 aa  494  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3040  xylose isomerase domain-containing protein  79.59 
 
 		 368 aa  496  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2968  AP endonuclease  79.59 
 
 		 306 aa  492  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  66.55 
 
 		 310 aa  412  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  58.39 
 
 		 308 aa  345  5e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.04 
 
 		 305 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  55.94 
 
 		 306 aa  338  9e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  55.94 
 
 		 306 aa  338  9e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  55.94 
 
 		 306 aa  338  9e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  55.94 
 
 		 306 aa  338  9e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  55.94 
 
 		 306 aa  338  9e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0043  xylose isomerase domain-containing protein  53.56 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1602  xylose isomerase domain-containing protein  56.6 
 
 		 306 aa  335  5e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  55.59 
 
 		 306 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  55.59 
 
 		 306 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  55.59 
 
 		 306 aa  333  3e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3273  AP endonuclease  52.56 
 
 		 301 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0853475  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3499  iolE protein  52.05 
 
 		 301 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.34 
 
 		 924 aa  308  5e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  51.4 
 
 		 303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  51.34 
 
 		 309 aa  293  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  49.15 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3839  xylose isomerase domain-containing protein  46.58 
 
 		 300 aa  288  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0078  hypothetical protein  46.23 
 
 		 300 aa  286  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0715  hypothetical protein  46.92 
 
 		 300 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  49.65 
 
 		 303 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  48.99 
 
 		 308 aa  280  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  49.66 
 
 		 309 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  50 
 
 		 309 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  49.66 
 
 		 309 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  50 
 
 		 309 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0671  hypothetical protein  46.23 
 
 		 300 aa  280  2e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  49.66 
 
 		 309 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  48.31 
 
 		 298 aa  278  8e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  48.84 
 
 		 309 aa  276  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  45.27 
 
 		 300 aa  275  8e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  48.99 
 
 		 309 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  45.36 
 
 		 298 aa  272  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  45.36 
 
 		 298 aa  272  6e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  48.32 
 
 		 309 aa  271  7e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  46.25 
 
 		 318 aa  270  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.3 
 
 		 340 aa  266  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  44.33 
 
 		 298 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  45.02 
 
 		 298 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  45.52 
 
 		 297 aa  265  7e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7800  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.36 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0486  putative myo-inositol catabolism protein  39.66 
 
 		 297 aa  259  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  42.86 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.96 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.3 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  41.3 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  42.12 
 
 		 298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3285  sugar phosphate isomerase/epimerase, IolE  41.36 
 
 		 302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4017  xylose isomerase domain-containing protein  41.02 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  42.12 
 
 		 298 aa  242  3.9999999999999997e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  39.5 
 
 		 298 aa  235  6e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  39.38 
 
 		 298 aa  232  5e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  40.68 
 
 		 371 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  36.52 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  41.7 
 
 		 237 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  35.91 
 
 		 312 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2981  Myo-inosose-2 dehydratase  33.67 
 
 		 359 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.833328 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3138  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.67 
 
 		 359 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.45 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.93 
 
 		 205 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0821972  normal  0.0636139 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.82 
 
 		 284 aa  126  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  29.9 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2054  xylose isomerase domain-containing protein  29.72 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  29.39 
 
 		 294 aa  119  9e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  29.07 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  30.56 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  29.59 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  29.59 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  29.66 
 
 		 313 aa  112  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  28.47 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  29.25 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4487  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.12 
 
 		 289 aa  109  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.411638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  29.33 
 
 		 299 aa  109  6e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  29.86 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  28.08 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  25.67 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4573  xylose isomerase-like TIM barrel  28.57 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8495  Myo-inosose-2 dehydratase  30.27 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  29.48 
 
 		 297 aa  106  6e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1886  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.206917 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1422  xylose isomerase-like  28.21 
 
 		 297 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0452084  normal  0.457038 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1348  xylose isomerase domain-containing protein  27.85 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1309  xylose isomerase domain-containing protein  27.85 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3079  Myo-inosose-2 dehydratase  29.77 
 
 		 287 aa  102  9e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1271  xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.4 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  28.84 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  29.64 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5562  Myo-inosose-2 dehydratase  29.18 
 
 		 281 aa  97.1  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.36 
 
 		 301 aa  95.9  7e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.73 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7455  hypothetical protein  28.06 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.652021  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1696  Myo-inosose-2 dehydratase  26.05 
 
 		 308 aa  89.4  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>