49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1211 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1211  replication initiation regulator SeqA  100 
 
 		 178 aa  370  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000726719  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3120  replication initiation regulator SeqA  95.51 
 
 		 178 aa  357  7e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000215829  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1240  replication initiation regulator SeqA  82.12 
 
 		 179 aa  307  5.9999999999999995e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000083221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1122  SeqA family protein  81.77 
 
 		 176 aa  303  1.0000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.43168  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3573  replication initiation regulator SeqA  80.9 
 
 		 175 aa  302  2.0000000000000002e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000151085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1098  replication initiation regulator SeqA  81.56 
 
 		 175 aa  302  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.2385e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1151  replication initiation regulator SeqA  81.01 
 
 		 175 aa  300  7.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000155499  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2934  SeqA family protein  78.21 
 
 		 179 aa  291  3e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2950  SeqA family protein  71.82 
 
 		 181 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.58236e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0715  replication initiation regulator SeqA  71.82 
 
 		 181 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000619377  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0734  replication initiation regulator SeqA  71.82 
 
 		 181 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.42631e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2969  replication initiation regulator SeqA  71.82 
 
 		 181 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000142813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0709  replication initiation regulator SeqA  71.82 
 
 		 181 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101923  normal  0.345137 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0563  replication initiation regulator SeqA  71.82 
 
 		 181 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000098349  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00635  hypothetical protein  71.82 
 
 		 181 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000205585  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00644  regulatory protein for replication initiation  71.82 
 
 		 181 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000370073  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0782  replication initiation regulator SeqA  71.82 
 
 		 181 aa  271  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000736728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0757  replication initiation regulator SeqA  71.43 
 
 		 180 aa  270  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000179202  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0818  replication initiation regulator SeqA  71.43 
 
 		 180 aa  270  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000543337  normal  0.225006 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0854  replication initiation regulator SeqA  71.43 
 
 		 180 aa  270  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000027023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0744  replication initiation regulator SeqA  71.43 
 
 		 180 aa  270  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000288551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0805  replication initiation regulator SeqA  71.43 
 
 		 180 aa  270  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000154437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1202  replication initiation regulator SeqA  71.82 
 
 		 228 aa  268  4e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000402071  hitchhiker  0.000209881 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0838  replication initiation regulator SeqA  57.46 
 
 		 180 aa  206  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01344  replication initiation regulator SeqA  56.91 
 
 		 180 aa  204  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004121  SeqA protein  56.35 
 
 		 180 aa  198  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000487396  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1682  replication initiation regulator SeqA  54.49 
 
 		 177 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000781212  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1208  replication initiation regulator SeqA  48.74 
 
 		 204 aa  174  7e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1580  replication initiation regulator SeqA  37.37 
 
 		 200 aa  129  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4512  replication initiation regulator SeqA  39.89 
 
 		 180 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2226  replication initiation regulator SeqA  39.89 
 
 		 180 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000294643  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2195  replication initiation regulator SeqA  40.45 
 
 		 180 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000519176  unclonable  0.00000365361 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2239  replication initiation regulator SeqA  39.89 
 
 		 180 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000611816  hitchhiker  0.000000000629682 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2145  replication initiation regulator SeqA  40.45 
 
 		 180 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000724209  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2055  replication initiation regulator SeqA  39.53 
 
 		 202 aa  121  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.241153  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2335  replication initiation regulator SeqA  38.59 
 
 		 183 aa  121  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2032  replication initiation regulator SeqA  42.11 
 
 		 183 aa  121  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000189513  hitchhiker  0.000121556 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1943  replication initiation regulator SeqA  38.04 
 
 		 183 aa  120  7e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000703292  hitchhiker  0.00169881 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2199  negative regulator of replication initiation  40 
 
 		 174 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2135  replication initiation regulator SeqA  41.52 
 
 		 183 aa  119  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00104581  decreased coverage  0.00000741326 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2333  replication initiation regulator SeqA  37.57 
 
 		 180 aa  118  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0410571  hitchhiker  0.000239725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2274  replication initiation regulator SeqA  40.24 
 
 		 179 aa  117  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00129565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1921  replication initiation regulator SeqA  35.14 
 
 		 176 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.585982  unclonable  0.00000206071 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0878  regulatory protein for replication initiation in SeqA family protein  32.85 
 
 		 207 aa  111  7.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1705  replication initiation regulator SeqA  35.71 
 
 		 191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0028436  normal  0.0239338 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1881  replication initiation regulator SeqA  37.57 
 
 		 185 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000742914  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1914  replication initiation regulator SeqA  30.46 
 
 		 208 aa  102  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000265727  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02554  SeqA protein  33.64 
 
 		 272 aa  89.4  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0871258  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1986  replication initiation regulator SeqA  29.6 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.117321  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>