More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1200 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00631  asparagine synthetase B  92.6 
 
 
554 aa  1083    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000278776  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2963  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  92.42 
 
 
554 aa  1082    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235931  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2749  asparagine synthetase B  70.38 
 
 
557 aa  828    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0661444  normal  0.0184808 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0096  asparagine synthetase B  60.43 
 
 
563 aa  671    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3131  asparagine synthetase B  98.92 
 
 
554 aa  1141    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.043065  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1189  asparagine synthetase B  92.6 
 
 
554 aa  1079    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000801379  hitchhiker  0.000247502 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0699  asparagine synthetase B  92.24 
 
 
554 aa  1080    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000194525  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2794  asparagine synthetase B  67.87 
 
 
554 aa  815    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2767  asparagine synthetase B  71.66 
 
 
554 aa  839    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1731  asparagine synthetase B  71.66 
 
 
554 aa  840    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0791037  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01146  asparagine synthetase B  59.36 
 
 
564 aa  659    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.157729  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0334  asparagine synthetase B  92.24 
 
 
554 aa  1081    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000222759  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0512  asparagine synthetase B  75.81 
 
 
554 aa  904    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00622  hypothetical protein  92.6 
 
 
554 aa  1083    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000498597  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1222  asparagine synthetase B  92.24 
 
 
554 aa  1077    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000823611  normal  0.0246251 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0764  asparagine synthetase B  92.6 
 
 
554 aa  1083    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000795791  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06815  asparagine synthetase B, glutamine-hydrolyzing protein  65.41 
 
 
562 aa  784    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2251  asparagine synthetase B  66.31 
 
 
558 aa  788    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.17923  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1592  asparagine synthetase B  71.3 
 
 
554 aa  840    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134057  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0799  asparagine synthetase B  91.52 
 
 
554 aa  1074    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0390741  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1726  asparagine synthetase B  71.66 
 
 
554 aa  841    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000976904  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2982  asparagine synthetase B  92.6 
 
 
554 aa  1083    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.000000271293  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0739  asparagine synthetase B  91.88 
 
 
554 aa  1078    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000246086  normal  0.581631 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2558  asparagine synthetase B  71.66 
 
 
554 aa  841    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139903  hitchhiker  0.000000000344711 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0835  asparagine synthetase B  91.7 
 
 
554 aa  1078    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897937  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2583  asparagine synthetase B  70.76 
 
 
554 aa  837    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2075  asparagine synthetase B  69.19 
 
 
555 aa  816    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0082  asparagine synthetase B  60.61 
 
 
563 aa  672    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.645286  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1111  asparagine synthetase B  94.58 
 
 
554 aa  1101    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.199496  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1509  asparagine synthetase B  70.76 
 
 
552 aa  828    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.894912  normal  0.973884 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2945  asparagine synthetase B  94.58 
 
 
554 aa  1086    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0152593  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0727  asparagine synthetase B  91.7 
 
 
554 aa  1079    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000172917  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1838  asparagine synthetase B  70.22 
 
 
553 aa  832    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2955  asparagine synthetase B  71.71 
 
 
556 aa  856    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0286169  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1769  asparagine synthetase B  71.66 
 
 
554 aa  841    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.275863  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02722  asparagine synthetase B  71.17 
 
 
556 aa  843    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004132  asparagine synthetase (glutamine-hydrolyzing)  76.35 
 
 
554 aa  911    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2384  asparagine synthetase B  71.66 
 
 
554 aa  838    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.142024  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2456  asparagine synthetase B  71.48 
 
 
554 aa  838    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1602  asparagine synthetase B  70.04 
 
 
554 aa  816    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.50362  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3001  asparagine synthetase B  92.42 
 
 
554 aa  1082    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000338929  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0827  asparagine synthetase B  75.27 
 
 
555 aa  907    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0717  asparagine synthetase B  92.6 
 
 
554 aa  1083    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000680527  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2549  asparagine synthetase B  71.84 
 
 
554 aa  841    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.267327  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0693  asparagine synthetase B  92.42 
 
 
554 aa  1082    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000880701  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2101  asparagine synthetase B  69.49 
 
 
554 aa  817    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.550051 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1104  asparagine synthetase B  71.3 
 
 
556 aa  845    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.327068  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2913  asparagine synthetase B  92.42 
 
 
554 aa  1082    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221332  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0786  asparagine synthetase B  91.88 
 
 
554 aa  1078    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000506611  normal  0.600271 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01332  asparagine synthetase B  75.99 
 
 
554 aa  908    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0577  asparagine synthetase B  91.88 
 
 
554 aa  1078    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000644319  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1280  asparagine synthetase B  60.78 
 
 
563 aa  650    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.613021 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1200  asparagine synthetase B  100 
 
 
554 aa  1153    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00336153  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_18337  predicted protein  52.31 
 
 
596 aa  600  1e-170  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00920  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing), putative  50.67 
 
 
592 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.442044  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04401  hypothetical asparagine synthetase (Eurofung)  48.11 
 
 
571 aa  547  1e-154  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.911904  normal  0.26704 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83540  asparagine synthetase  47.44 
 
 
573 aa  506  9.999999999999999e-143  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.163199 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45116  predicted protein  46.19 
 
 
638 aa  485  1e-135  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0104065  normal  0.918435 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2252  asparagine synthetase B  43.53 
 
 
537 aa  443  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31639  predicted protein  42.38 
 
 
543 aa  385  1e-105  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0341854  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2106  asparagine synthetase B  39.26 
 
 
503 aa  343  4e-93  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0374  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  41.8 
 
 
528 aa  343  4e-93  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1107  asparagine synthetase B  38.89 
 
 
537 aa  318  2e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2461  asparagine synthetase B  36.91 
 
 
498 aa  305  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.153372  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0398  asparagine synthetase B  38.67 
 
 
530 aa  303  8.000000000000001e-81  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2336  asparagine synthetase B  35.94 
 
 
498 aa  289  8e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.790549  normal  0.549669 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02110  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  35.21 
 
 
512 aa  266  8.999999999999999e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.541499  normal  0.683156 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1868  asparagine synthase  31.19 
 
 
492 aa  227  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000126945  normal  0.0616973 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0234  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.26 
 
 
510 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0587759  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2712  putative asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.26 
 
 
510 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2446  putative asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.26 
 
 
510 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.40738  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0900  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.26 
 
 
510 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0733  putative asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.26 
 
 
510 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2366  putative asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.26 
 
 
510 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0719  putative asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.74 
 
 
510 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0957668  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22410  asparagine synthase (glutamine-hydrolysing)  30.81 
 
 
484 aa  211  4e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0444  asparagine synthase  30.69 
 
 
482 aa  209  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.75019  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0186  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  28.67 
 
 
583 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0489  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.75 
 
 
666 aa  199  7e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2050  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  31.92 
 
 
592 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.434349  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3649  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.08 
 
 
664 aa  198  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1081  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  34.59 
 
 
660 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3180  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  34.59 
 
 
660 aa  196  9e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4315  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  33.65 
 
 
658 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2074  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.93 
 
 
633 aa  191  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000133092  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5791  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.36 
 
 
627 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2108  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.48 
 
 
536 aa  190  5.999999999999999e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0767573  normal  0.053891 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1652  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.43 
 
 
633 aa  190  5.999999999999999e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000197095  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2095  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  31.68 
 
 
633 aa  189  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000747097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2035  asparagine synthase  31.68 
 
 
633 aa  189  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000174005  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2033  asparagine synthase  31.68 
 
 
633 aa  189  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000200713  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3403  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  28.25 
 
 
624 aa  189  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.732095 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1694  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.49 
 
 
635 aa  189  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2251  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  31.68 
 
 
633 aa  189  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000160892  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2361  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  31.68 
 
 
633 aa  189  1e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2276  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  31.68 
 
 
633 aa  189  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.55004e-60 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2233  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  31.68 
 
 
633 aa  189  1e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000376097  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3091  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  31.68 
 
 
633 aa  189  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000126358  unclonable  6.2854299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2541  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  29.8 
 
 
621 aa  187  5e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.800468  normal  0.489677 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2871  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  30.48 
 
 
678 aa  186  7e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>