More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1132 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1132  DNA replication initiation factor  100 
 
 		 235 aa  481  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3184  DNA replication initiation factor  98.3 
 
 		 235 aa  473  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.338412  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2989  DNA replication initiation factor  92.77 
 
 		 235 aa  445  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.94989  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1067  DNA replication initiation factor  88.94 
 
 		 235 aa  434  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1237  DNA replication initiation factor  89.79 
 
 		 239 aa  434  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000322124  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1354  DNA replication initiation factor  90.21 
 
 		 235 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000249163  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3125  DNA replication initiation factor  89.79 
 
 		 239 aa  434  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000265071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2755  DNA replication initiation factor  84.12 
 
 		 241 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2643  DNA replication initiation factor  84.12 
 
 		 241 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000240374  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2691  DNA replication initiation factor  84.12 
 
 		 241 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.994439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2864  DNA replication initiation factor  84.12 
 
 		 241 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2733  DNA replication initiation factor  84.12 
 
 		 241 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.176133  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02388  DNA replication initiation factor  83.69 
 
 		 248 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00844744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1173  DnaA regulatory inactivator Hda  83.69 
 
 		 248 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00363629  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2643  DNA replication initiation factor  83.69 
 
 		 248 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.029874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1180  DNA replication initiation factor  83.69 
 
 		 248 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0260346 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2631  DNA replication initiation factor  83.69 
 
 		 248 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.127472  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2870  DNA replication initiation factor  83.69 
 
 		 248 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02350  hypothetical protein  83.69 
 
 		 248 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0140211  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2779  DNA replication initiation factor  83.69 
 
 		 248 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00316092  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3718  DNA replication initiation factor  83.69 
 
 		 248 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.287428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3519  DNA replication initiation factor  88.18 
 
 		 203 aa  371  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000222662  normal  0.661006 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2984  DNA replication initiation factor  82.65 
 
 		 197 aa  336  1.9999999999999998e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.130001  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1751  DNA replication initiation factor  51.27 
 
 		 236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.712768  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2877  DNA replication initiation factor  52.12 
 
 		 236 aa  242  3e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1071  chromosomal replication initiator, DnaA  52.61 
 
 		 242 aa  241  5e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.163045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1823  DNA replication initiation factor  51.27 
 
 		 236 aa  241  6e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000711754  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2499  DNA replication initiation factor  51.27 
 
 		 236 aa  241  6e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0169271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1779  DNA replication initiation factor  51.27 
 
 		 236 aa  241  6e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000277265  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1786  DNA replication initiation factor  51.27 
 
 		 236 aa  241  6e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000114863  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1691  DNA replication initiation factor  51.27 
 
 		 236 aa  241  7e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.482582  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1576  DNA replication initiation factor  51.27 
 
 		 236 aa  241  9e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.840172  normal  0.181958 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1651  DNA replication initiation factor  51.27 
 
 		 236 aa  241  9e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0364353  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1643  DNA replication initiation factor  51.27 
 
 		 236 aa  241  9e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135541  normal  0.709105 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1916  DNA replication initiation factor  50.64 
 
 		 241 aa  240  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.139395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1967  DNA replication initiation factor  49.58 
 
 		 236 aa  238  8e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0187389  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2441  DNA replication initiation factor  50 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.689375  normal  0.0202229 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1838  DNA replication initiation factor  49.58 
 
 		 236 aa  236  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0197732  normal  0.185347 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1643  DNA replication initiation factor  49.58 
 
 		 236 aa  236  3e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.112989  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2164  DNA replication initiation factor  49.15 
 
 		 236 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1343  DNA replication initiation factor  47.81 
 
 		 231 aa  218  8.999999999999998e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000127246  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36850  DNA replication initiation factor  49.14 
 
 		 234 aa  215  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52010  DNA replication initiation factor  47.41 
 
 		 234 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4562  DNA replication initiation factor  46.98 
 
 		 234 aa  211  9e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2993  DNA replication initiation factor  46.55 
 
 		 234 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.553291  hitchhiker  0.00574523 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2110  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  46.78 
 
 		 232 aa  204  6e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.519557  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0267  DnaA-related protein  44.74 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1926  DnaA-homolog protein Hda  44.74 
 
 		 237 aa  204  1e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1636  DNA replication initiation factor  45.69 
 
 		 234 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.118213  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2848  hypothetical protein  43.42 
 
 		 230 aa  194  9e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2717  hypothetical protein  43.42 
 
 		 230 aa  194  9e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1703  DnaA family protein  43.97 
 
 		 234 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822266  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3686  DNA replication initiation factor  42.62 
 
 		 261 aa  192  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.504254  decreased coverage  0.00028544 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1226  DNA replication initiation factor  44.68 
 
 		 235 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.996427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4050  DNA replication initiation factor  43.83 
 
 		 235 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1668  DNA replication initiation factor  43.83 
 
 		 235 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1266  DNA replication initiation factor  43.83 
 
 		 235 aa  188  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3194  hypothetical protein  41.56 
 
 		 235 aa  185  6e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158271  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2487  chromosomal replication initiator, DnaA  40.77 
 
 		 237 aa  182  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0896  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  42.13 
 
 		 239 aa  175  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000881745 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0518  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  41.53 
 
 		 245 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.670919 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2522  DnaA domain-containing protein  40.89 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1187  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.41 
 
 		 232 aa  172  5.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2249  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  40.17 
 
 		 233 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0707  chromosomal replication initiator, DnaA  40.28 
 
 		 241 aa  152  4e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0556  DnaA regulatory inactivator Hda  41.53 
 
 		 243 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.842862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02146  Chromosomal replication initiator, DnaA like protein to DnaA protein Hda  36.21 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0119761  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2616  DnaA regulatory inactivator Hda  34.42 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0729  DnaA regulatory inactivator Hda  34.65 
 
 		 233 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.778074  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0204  regulatory inactivation of DnaA Hda protein  33.04 
 
 		 205 aa  129  6e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.114572 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1048  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.76 
 
 		 237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0972  hypothetical protein  34.65 
 
 		 235 aa  124  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0672625 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2775  DnaA regulatory inactivator Hda  33.19 
 
 		 235 aa  119  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00936325  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0949  chromosomal replication initiator, DnaA  33.62 
 
 		 232 aa  118  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02244  hypothetical protein  34.51 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.523249  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0746  DnaA regulatory inactivator Hda  34.33 
 
 		 256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541004  normal  0.653326 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3953  DnaA regulatory inactivator Hda  33.91 
 
 		 256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082136 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1647  hypothetical protein  33.62 
 
 		 233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.227108  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2454  DnaA regulatory inactivator Hda  35.29 
 
 		 233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1717  hypothetical protein  33.62 
 
 		 233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.308602  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2860  DnaA regulatory inactivator Hda  35.29 
 
 		 233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.347104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2912  DnaA regulatory inactivator Hda  32.62 
 
 		 235 aa  111  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3269  DnaA regulatory inactivator Hda  30.51 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0915676  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3302  DnaA regulatory inactivator Hda  30.51 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.06436  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2318  DnaA regulatory inactivator Hda  30.51 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1090  DnaA regulatory inactivator Hda  30.51 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.379814  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0509  DnaA regulatory inactivator Hda  30.51 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.679706  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3312  DnaA regulatory inactivator Hda  30.51 
 
 		 332 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2197  DnaA regulatory inactivator Hda  30.51 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.369368  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1316  DnaA regulatory inactivator Hda  30.51 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0581271  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2489  DnaA regulatory inactivator Hda  30.9 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2625  DnaA regulatory inactivator Hda  36.7 
 
 		 233 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124613  normal  0.134526 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2993  chromosomal replication initiator, DnaA  30.74 
 
 		 235 aa  102  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  0.45952 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3180  DnaA regulatory inactivator Hda  32.75 
 
 		 230 aa  102  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1971  chromosomal replication initiator, DnaA  31.38 
 
 		 236 aa  102  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0204012 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1763  chromosomal replication initiator, DnaA  32.99 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1771  chromosomal replication initiator, DnaA  32.34 
 
 		 307 aa  99.4  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3564  chromosomal replication initiator, DnaA  31.76 
 
 		 228 aa  98.6  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2625  DnaA regulatory inactivator Hda  30.93 
 
 		 315 aa  97.8  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2420  DnaA regulatory inactivator Hda  31.33 
 
 		 230 aa  97.1  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.227116  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>