More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1127 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  100 
 
 		 368 aa  761    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  73.17 
 
 		 370 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  75.34 
 
 		 369 aa  557  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  67.42 
 
 		 371 aa  518  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  58.36 
 
 		 366 aa  429  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  58.36 
 
 		 366 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  58.36 
 
 		 366 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  41.19 
 
 		 381 aa  295  7e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  41.19 
 
 		 389 aa  295  8e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  41.19 
 
 		 389 aa  295  8e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  39.48 
 
 		 383 aa  273  4.0000000000000004e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  37.57 
 
 		 377 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  37.43 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  38.71 
 
 		 365 aa  244  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  35.69 
 
 		 375 aa  243  3e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  35.16 
 
 		 373 aa  242  6e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  35.16 
 
 		 373 aa  242  7.999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  36.19 
 
 		 370 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  33.62 
 
 		 406 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.28 
 
 		 401 aa  232  6e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  31.97 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  31.78 
 
 		 375 aa  230  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  33.06 
 
 		 377 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  32.87 
 
 		 378 aa  227  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  38.57 
 
 		 367 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  32.59 
 
 		 378 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  34.96 
 
 		 382 aa  223  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  33.91 
 
 		 377 aa  216  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  31.79 
 
 		 383 aa  216  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  32.01 
 
 		 386 aa  211  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  31.52 
 
 		 383 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  31.78 
 
 		 380 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  32.07 
 
 		 371 aa  199  7.999999999999999e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  34.08 
 
 		 372 aa  197  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  34.2 
 
 		 365 aa  192  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  33.43 
 
 		 372 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  31.91 
 
 		 374 aa  189  8e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  32.17 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  32.43 
 
 		 374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  29.36 
 
 		 427 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  29.31 
 
 		 394 aa  180  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  29.25 
 
 		 384 aa  176  5e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  27.5 
 
 		 360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  29.58 
 
 		 364 aa  140  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  29.49 
 
 		 363 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  29.49 
 
 		 363 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  25.9 
 
 		 363 aa  130  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.57 
 
 		 429 aa  128  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  28.25 
 
 		 365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  24.8 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  23.16 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  25 
 
 		 349 aa  97.1  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  23.5 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  27.3 
 
 		 478 aa  94.4  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  28.3 
 
 		 354 aa  93.2  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  24.28 
 
 		 381 aa  92.4  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  25.93 
 
 		 354 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  25.78 
 
 		 354 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  26.45 
 
 		 483 aa  91.7  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  26.45 
 
 		 402 aa  91.3  3e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 374 aa  90.9  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0327  hypothetical protein  25.15 
 
 		 381 aa  90.5  4e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  26.51 
 
 		 358 aa  88.2  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 350 aa  88.2  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  27.19 
 
 		 377 aa  88.6  2e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  26.16 
 
 		 344 aa  88.2  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 350 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  23.7 
 
 		 375 aa  87  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  25.73 
 
 		 350 aa  87  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  24.44 
 
 		 370 aa  86.7  5e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  25.46 
 
 		 350 aa  86.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  25.44 
 
 		 380 aa  84.7  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0735  periplasmic binding protein  24.02 
 
 		 358 aa  84.7  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243949  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  26.5 
 
 		 409 aa  84.3  0.000000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 333 aa  82.4  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5706  periplasmic binding protein  25.85 
 
 		 351 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  24.25 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 429 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  22.91 
 
 		 348 aa  81.6  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0343  periplasmic binding protein  24.46 
 
 		 373 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  25.34 
 
 		 517 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  24.35 
 
 		 363 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  23.63 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1869  iron(III) dicitrate-binding protein  24.23 
 
 		 401 aa  79.7  0.00000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.444655  normal  0.203849 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1870  iron(III) dicitrate-binding protein  23.68 
 
 		 403 aa  79.7  0.00000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.874813  normal  0.198975 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2147  periplasmic binding protein  25.8 
 
 		 387 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.985671  normal  0.111935 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  22.31 
 
 		 360 aa  79  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1868  iron(III) dicitrate-binding protein  24.3 
 
 		 401 aa  79  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.311818 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  23.56 
 
 		 354 aa  79.3  0.0000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  22.03 
 
 		 370 aa  78.6  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  21.19 
 
 		 370 aa  77.4  0.0000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  24.73 
 
 		 349 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  21.83 
 
 		 360 aa  76.6  0.0000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2328  periplasmic binding protein  24.3 
 
 		 384 aa  76.3  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  23.62 
 
 		 346 aa  75.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0759  periplasmic binding protein  22.56 
 
 		 358 aa  75.5  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00294843  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  25.55 
 
 		 353 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>