228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1036 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1036  putative nucleotide-binding protein  100 
 
 
163 aa  331  3e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.448426  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3275  putative nucleotide-binding protein  93.25 
 
 
163 aa  315  2e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3079  putative nucleotide-binding protein  89.57 
 
 
163 aa  303  9e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.421568  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2888  putative nucleotide-binding protein  85.28 
 
 
163 aa  293  6e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1084  putative nucleotide-binding protein  84.66 
 
 
163 aa  289  1e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.235952  hitchhiker  3.04548e-06 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3247  putative nucleotide-binding protein  82.21 
 
 
163 aa  283  6e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3104  putative nucleotide-binding protein  82.21 
 
 
163 aa  283  6e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3067  putative nucleotide-binding protein  82.21 
 
 
163 aa  283  6e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0893  putative nucleotide-binding protein  77.3 
 
 
163 aa  264  4e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0458  putative nucleotide-binding protein  74.85 
 
 
163 aa  259  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0348  putative nucleotide-binding protein  74.85 
 
 
163 aa  259  1e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0462  putative nucleotide-binding protein  74.85 
 
 
163 aa  259  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3183  protein of unknown function DUF520  74.85 
 
 
163 aa  259  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.387868  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00378  hypothetical protein  74.85 
 
 
163 aa  259  1e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0510  putative nucleotide-binding protein  74.85 
 
 
163 aa  259  1e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781965  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3207  putative nucleotide-binding protein  74.85 
 
 
163 aa  259  1e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  5.36011e-05 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0498  putative nucleotide-binding protein  74.85 
 
 
163 aa  259  1e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00374  nucleotide-binding protein  74.85 
 
 
163 aa  259  1e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0474  putative nucleotide-binding protein  74.23 
 
 
163 aa  254  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0476  putative nucleotide-binding protein  74.23 
 
 
163 aa  254  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0482  putative nucleotide-binding protein  74.23 
 
 
163 aa  254  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.101201 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0495  putative nucleotide-binding protein  74.23 
 
 
163 aa  254  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0537  putative nucleotide-binding protein  73.62 
 
 
163 aa  252  2e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.323651  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0688  putative nucleotide-binding protein  66.87 
 
 
163 aa  230  7e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.067831  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0782  putative nucleotide-binding protein  61.96 
 
 
161 aa  208  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499744  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0811  putative nucleotide-binding protein  61.96 
 
 
161 aa  208  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3156  putative nucleotide-binding protein  61.96 
 
 
161 aa  208  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3815  putative nucleotide-binding protein  61.35 
 
 
161 aa  206  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0818  putative nucleotide-binding protein  61.35 
 
 
161 aa  205  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0533  putative nucleotide-binding protein  63.19 
 
 
160 aa  202  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3532  putative nucleotide-binding protein  61.35 
 
 
161 aa  199  1e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.07458e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3601  putative nucleotide-binding protein  61.35 
 
 
161 aa  199  1e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0710  putative nucleotide-binding protein  61.35 
 
 
161 aa  199  1e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3724  putative nucleotide-binding protein  61.35 
 
 
161 aa  199  1e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1115  putative nucleotide-binding protein  60.12 
 
 
160 aa  198  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3443  putative nucleotide-binding protein  58.9 
 
 
161 aa  197  6e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.33798e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1728  putative nucleotide-binding protein  58.9 
 
 
160 aa  195  2e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.499513  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4311  putative nucleotide-binding protein  59.51 
 
 
160 aa  194  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.57751  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2893  putative nucleotide-binding protein  56.44 
 
 
161 aa  194  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003420  protein yajQ  60.12 
 
 
160 aa  192  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2557  putative nucleotide-binding protein  57.06 
 
 
161 aa  191  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.317915 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3646  putative nucleotide-binding protein  56.44 
 
 
161 aa  190  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.507653  normal  0.0694826 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3114  putative nucleotide-binding protein  58.28 
 
 
161 aa  190  9e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02358  putative nucleotide-binding protein  58.28 
 
 
160 aa  189  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04099  nucleotide-binding protein  57.06 
 
 
160 aa  187  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0770  putative nucleotide-binding protein  58.28 
 
 
161 aa  186  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.79998e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2261  putative nucleotide-binding protein  54.6 
 
 
160 aa  183  9e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.299234  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0732  putative nucleotide-binding protein  55.21 
 
 
161 aa  180  7e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2033  hypothetical protein  55.83 
 
 
161 aa  179  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1098  putative nucleotide-binding protein  55.83 
 
 
160 aa  176  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1196  putative nucleotide-binding protein  54.6 
 
 
160 aa  175  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.699154  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2585  putative nucleotide-binding protein  55.83 
 
 
160 aa  171  3e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0358565  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13410  putative nucleotide-binding protein  53.99 
 
 
159 aa  170  7e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4966  putative nucleotide-binding protein  53.37 
 
 
159 aa  170  8e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57130  putative nucleotide-binding protein  52.76 
 
 
159 aa  169  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0959  putative nucleotide-binding protein  53.37 
 
 
161 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4421  putative nucleotide-binding protein  53.37 
 
 
161 aa  167  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425503  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1169  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
161 aa  167  6e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1175  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
161 aa  167  6e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4497  putative nucleotide-binding protein  52.15 
 
 
161 aa  164  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253922  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4372  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
161 aa  164  7e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0514431 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1352  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
161 aa  164  7e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154119  normal  0.12708 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4393  hypothetical protein  50.92 
 
 
159 aa  161  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0939  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
159 aa  161  4e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911761  normal  0.507719 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4087  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
159 aa  158  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.568883  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1091  protein of unknown function DUF520  46.63 
 
 
161 aa  154  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03091  putative nucleotide-binding protein  50 
 
 
172 aa  155  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0977  hypothetical protein  46.63 
 
 
161 aa  154  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2524  putative nucleotide-binding protein  50.6 
 
 
161 aa  154  5e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.983821  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4781  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  152  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0520927  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1902  putative nucleotide-binding protein  49.39 
 
 
161 aa  152  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0203  putative nucleotide-binding protein  49.39 
 
 
160 aa  152  2e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1993  putative nucleotide-binding protein  49.39 
 
 
160 aa  152  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0973999  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1596  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  149  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2240  putative nucleotide-binding protein  49.69 
 
 
161 aa  148  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.065474  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2692  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
161 aa  147  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2750  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
161 aa  147  6e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821102  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3769  putative nucleotide-binding protein  47.85 
 
 
161 aa  146  1e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1927  putative nucleotide-binding protein  50 
 
 
166 aa  146  1e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0682804  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1080  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  146  1e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.240554  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1469  protein of unknown function DUF520  45.62 
 
 
164 aa  145  2e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0438378  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3204  putative nucleotide-binding protein  44.79 
 
 
161 aa  145  2e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.118693  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3127  putative nucleotide-binding protein  49.07 
 
 
163 aa  145  2e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.266318  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1846  putative nucleotide-binding protein  47.85 
 
 
161 aa  145  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3093  putative nucleotide-binding protein  45.4 
 
 
161 aa  145  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  9.35771e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0136  hypothetical protein  45.96 
 
 
164 aa  145  3e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3487  putative nucleotide-binding protein  46.01 
 
 
160 aa  143  8e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.660179  normal  0.50409 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1670  putative nucleotide-binding protein  44.79 
 
 
161 aa  143  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.502764  normal  0.473324 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3206  putative nucleotide-binding protein  45.4 
 
 
161 aa  142  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.32382e-06  hitchhiker  2.62338e-18 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3464  putative nucleotide-binding protein  46.63 
 
 
161 aa  142  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.32342  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1854  putative nucleotide-binding protein  47.85 
 
 
161 aa  142  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2291  putative nucleotide-binding protein  46.3 
 
 
163 aa  142  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  4.70515e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2254  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
160 aa  141  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  9.45037e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4534  protein of unknown function DUF520  48.15 
 
 
163 aa  141  4e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.452055  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3039  hypothetical protein  48.48 
 
 
162 aa  141  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0379  protein of unknown function DUF520  46.95 
 
 
164 aa  140  5e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0120708  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2826  putative nucleotide-binding protein  45.4 
 
 
161 aa  140  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.931729 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0477  putative nucleotide-binding protein  47.53 
 
 
164 aa  140  7e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.132383 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0959  hypothetical protein  46.91 
 
 
164 aa  139  1e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.486251  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2420  putative nucleotide-binding protein  45.4 
 
 
161 aa  140  1e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>