More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0974 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0974  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  100 
 
 
304 aa  624  1e-178  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.37813  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04156  iron-dicitrate transporter subunit  72 
 
 
300 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0742  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  73 
 
 
300 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04119  hypothetical protein  72 
 
 
300 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3710  periplasmic binding protein  72.67 
 
 
300 aa  444  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.508283  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4867  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  72.33 
 
 
302 aa  443  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0693  periplasmic binding protein  52.22 
 
 
306 aa  300  2e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0667  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  45.76 
 
 
306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.968152 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0763  iron(III) dicitrate transport system, periplasmic iron-binding protein FecB  47.46 
 
 
306 aa  273  3e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06007  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  47.52 
 
 
298 aa  266  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001069  iron(III) dicitrate transport system iron-binding protein fecB  48.7 
 
 
307 aa  264  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4780  periplasmic binding protein  40.07 
 
 
305 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2208  periplasmic binding protein  38.41 
 
 
327 aa  196  3e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.970371  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2246  periplasmic binding protein  38.41 
 
 
327 aa  196  3e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.13483  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1282  periplasmic binding protein  41.22 
 
 
357 aa  194  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1777  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  36.49 
 
 
331 aa  193  3e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1097  periplasmic binding protein  33.97 
 
 
319 aa  181  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000153945  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1119  periplasmic binding protein  33.97 
 
 
319 aa  181  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000565066  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2416  periplasmic binding protein  36.7 
 
 
311 aa  152  5e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2757  periplasmic binding protein  30.07 
 
 
309 aa  135  7.000000000000001e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0550  periplasmic binding protein  29.09 
 
 
313 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7985  substrate-binding family protein, putative  30.24 
 
 
336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0463  periplasmic binding protein  30.19 
 
 
308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3087  putative iron compound-binding protein  26.43 
 
 
320 aa  106  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.32473  hitchhiker  9.18537e-17 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2237  putative iron compound-binding protein  27.11 
 
 
305 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0793747  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2280  putative iron compound-binding protein  26.67 
 
 
320 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1737099999999999e-45 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2099  substrate-binding family protein  26.67 
 
 
320 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000270129  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2255  substrate-binding family protein  26.67 
 
 
320 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00818777  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2038  iron(III) dicitrate-binding protein  26.67 
 
 
320 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000324878  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2036  iron(III) dicitrate-binding protein  26.67 
 
 
320 aa  103  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000010516  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1523  periplasmic binding protein  28.11 
 
 
313 aa  102  7e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2078  periplasmic binding protein  25.48 
 
 
320 aa  102  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0923581  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  24.91 
 
 
324 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2365  putative iron compound-binding protein  25.96 
 
 
320 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00267184  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2283  substrate-binding family protein, putative  25.96 
 
 
321 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00918063  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2940  periplasmic binding protein  28.17 
 
 
316 aa  99.8  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  26.06 
 
 
322 aa  98.2  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.7 
 
 
322 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0778  lipoprotein  26.71 
 
 
316 aa  96.7  5e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.662712  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2422  periplasmic binding protein  27.24 
 
 
300 aa  96.3  6e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0683  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.35 
 
 
321 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.84 
 
 
321 aa  95.5  9e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  24.84 
 
 
321 aa  95.5  9e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0743  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.35 
 
 
321 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000897265  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  29.89 
 
 
662 aa  95.5  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  23.21 
 
 
324 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.35 
 
 
322 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0670  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.35 
 
 
321 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.07774e-37 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  25.35 
 
 
321 aa  93.2  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.3382899999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0413  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
319 aa  92.4  7e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30510  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.44 
 
 
326 aa  92.4  9e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.163783  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  26.42 
 
 
321 aa  92  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2670  periplasmic binding protein  27.51 
 
 
272 aa  90.9  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1158  periplasmic binding protein  28.24 
 
 
341 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.360135  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3654  periplasmic binding protein  28.87 
 
 
329 aa  90.9  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.841476  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1638  periplasmic binding protein  28.24 
 
 
341 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.120815  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4041  periplasmic binding protein  27.48 
 
 
341 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1535  periplasmic binding protein  27.11 
 
 
345 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118681  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1556  periplasmic binding protein  27.34 
 
 
345 aa  89  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243327  normal  0.668658 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4069  periplasmic binding protein  26.71 
 
 
342 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.423894 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0133  periplasmic binding protein  25.45 
 
 
306 aa  88.2  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4784  ABC Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  28.14 
 
 
345 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.119601  normal  0.931379 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4356  periplasmic binding protein  34.67 
 
 
324 aa  87.8  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.200584  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1600  periplasmic binding protein  28.41 
 
 
344 aa  87  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00243459 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0599  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  36.5 
 
 
324 aa  87  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.717603  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4424  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  36.76 
 
 
324 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000518711  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4264  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  36.76 
 
 
324 aa  87  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4766  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  36.76 
 
 
324 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00286539  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4641  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  36.76 
 
 
324 aa  87  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4636  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  36.76 
 
 
324 aa  87  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.471711  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1613  periplasmic binding protein  27.86 
 
 
341 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109769  normal  0.0743729 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1784  hypothetical protein  26.79 
 
 
309 aa  85.5  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.933909 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3865  periplasmic binding protein  25.62 
 
 
329 aa  85.1  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.900175  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1185  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.55 
 
 
342 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145194  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1937  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.55 
 
 
398 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.189462  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2083  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.59 
 
 
429 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.108843  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1628  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.59 
 
 
398 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.400123  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0291  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.59 
 
 
398 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0133819  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0870  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.59 
 
 
398 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322201  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2413  periplasmic binding protein  27.42 
 
 
351 aa  82.4  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.456703 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2590  periplasmic binding protein  27.68 
 
 
301 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.37556  normal  0.0169021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2122  periplasmic binding protein  24.67 
 
 
298 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10692  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1923  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.17 
 
 
398 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.1683  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3139  periplasmic binding protein  25.87 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000355327  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2421  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  39.86 
 
 
419 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231407  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3525  periplasmic binding protein  25.18 
 
 
310 aa  79.3  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.476755  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1739  periplasmic binding protein  26.53 
 
 
352 aa  79.3  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2582  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  27.44 
 
 
319 aa  79.3  0.00000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00742029  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0523  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  25.63 
 
 
276 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4155  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.17 
 
 
314 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000676883  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001282  ferrichrome-binding periplasmic protein precursor  28.16 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0287347  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0632  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein  28.32 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4269  periplasmic binding protein  26.17 
 
 
314 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0364817  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1001  vibriobactin and enterobactin ABC transporter, periplasmic vibriobactin/enterobactin-binding protein  26.62 
 
 
333 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000270207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1043  periplasmic binding protein  24.57 
 
 
340 aa  76.3  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4317  substrate-binding family protein  25.78 
 
 
314 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000712566  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4166  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25.78 
 
 
314 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000245758  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4652  substrate-binding family protein  25.78 
 
 
314 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0152488  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2035  periplasmic binding protein  23.75 
 
 
316 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0694  putative iron compound-binding protein  25.9 
 
 
314 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00869259  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>