More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0959 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 		 425 aa  857    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  88.94 
 
 		 439 aa  717    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  65.72 
 
 		 442 aa  533  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  64.9 
 
 		 448 aa  523  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  57.95 
 
 		 460 aa  488  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  57.95 
 
 		 460 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  57.95 
 
 		 451 aa  488  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  63.79 
 
 		 436 aa  474  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.72 
 
 		 432 aa  412  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.49 
 
 		 430 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.49 
 
 		 430 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.49 
 
 		 430 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.25 
 
 		 430 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.01 
 
 		 430 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.72 
 
 		 432 aa  410  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.48 
 
 		 432 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.48 
 
 		 432 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53 
 
 		 432 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.72 
 
 		 431 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53 
 
 		 432 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.24 
 
 		 432 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  53 
 
 		 432 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.72 
 
 		 426 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.75 
 
 		 486 aa  390  1e-107  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  42.55 
 
 		 443 aa  327  2.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.41 
 
 		 436 aa  319  6e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  42.96 
 
 		 427 aa  314  1.9999999999999998e-84  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.05 
 
 		 440 aa  313  3.9999999999999997e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.29 
 
 		 449 aa  302  6.000000000000001e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  40.29 
 
 		 449 aa  302  9e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  42.62 
 
 		 448 aa  300  4e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.64 
 
 		 462 aa  294  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 476 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.14 
 
 		 496 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.7 
 
 		 491 aa  269  8e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.97 
 
 		 491 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.56 
 
 		 460 aa  265  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.45 
 
 		 439 aa  264  2e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.91 
 
 		 470 aa  262  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.33 
 
 		 474 aa  261  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.5 
 
 		 469 aa  261  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.86 
 
 		 465 aa  259  9e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.62 
 
 		 464 aa  258  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  35.59 
 
 		 431 aa  254  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.79 
 
 		 465 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.34 
 
 		 465 aa  254  3e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  35.59 
 
 		 431 aa  253  6e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.83 
 
 		 419 aa  252  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.08 
 
 		 465 aa  250  3e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.33 
 
 		 488 aa  250  4e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.16 
 
 		 476 aa  249  9e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.89 
 
 		 494 aa  247  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  38.37 
 
 		 464 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  39.02 
 
 		 445 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  39.9 
 
 		 442 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.87 
 
 		 445 aa  237  3e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  39.34 
 
 		 442 aa  233  3e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.82 
 
 		 476 aa  231  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 429 aa  227  2e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  39.02 
 
 		 455 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.97 
 
 		 425 aa  226  7e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  40.1 
 
 		 434 aa  222  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.76 
 
 		 436 aa  218  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.25 
 
 		 427 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  33.92 
 
 		 441 aa  216  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.29 
 
 		 440 aa  216  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.56 
 
 		 426 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.15 
 
 		 427 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  40.19 
 
 		 439 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  41.72 
 
 		 497 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  35.85 
 
 		 430 aa  201  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.59 
 
 		 427 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  38.52 
 
 		 442 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.02 
 
 		 445 aa  194  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  34.3 
 
 		 472 aa  193  4e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1601  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.69 
 
 		 435 aa  193  6e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78438  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1653  cell cycle protein  39.34 
 
 		 435 aa  192  9e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.89 
 
 		 435 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.94 
 
 		 438 aa  187  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  36.25 
 
 		 445 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.56 
 
 		 440 aa  184  3e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.85 
 
 		 442 aa  181  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  36.26 
 
 		 462 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  30.62 
 
 		 420 aa  180  4.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.85 
 
 		 473 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1478  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.21 
 
 		 418 aa  178  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  36.05 
 
 		 487 aa  176  6e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.84 
 
 		 468 aa  176  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.81 
 
 		 489 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  34.8 
 
 		 492 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.8 
 
 		 492 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  34.81 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.81 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.81 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.81 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.7 
 
 		 473 aa  170  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  35.23 
 
 		 484 aa  169  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.37 
 
 		 494 aa  169  9e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6002  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.47 
 
 		 473 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.47 
 
 		 473 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>