More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0935 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 266 aa  553  1e-156  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  95.77 
 
 		 261 aa  518  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  80.47 
 
 		 260 aa  443  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  79.3 
 
 		 256 aa  425  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  76.65 
 
 		 257 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  76.65 
 
 		 257 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  76.65 
 
 		 257 aa  426  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  77.73 
 
 		 261 aa  425  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  71.6 
 
 		 260 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  71.6 
 
 		 260 aa  390  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  71.6 
 
 		 260 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  70.93 
 
 		 260 aa  387  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  71.6 
 
 		 260 aa  390  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  71.6 
 
 		 260 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  71.6 
 
 		 260 aa  390  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  70.93 
 
 		 260 aa  387  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  71.6 
 
 		 260 aa  390  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  71.6 
 
 		 260 aa  390  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  71.21 
 
 		 260 aa  388  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  70.54 
 
 		 260 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  70.54 
 
 		 260 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  70.54 
 
 		 260 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  69.14 
 
 		 261 aa  378  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  63.33 
 
 		 244 aa  327  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  60.34 
 
 		 255 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  60.85 
 
 		 256 aa  312  3.9999999999999997e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  55.51 
 
 		 263 aa  292  4e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  58.05 
 
 		 256 aa  291  1e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  56.36 
 
 		 256 aa  283  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  55.74 
 
 		 258 aa  280  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  55.74 
 
 		 284 aa  278  9e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 284 aa  275  4e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 284 aa  275  5e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  54.04 
 
 		 293 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  53.56 
 
 		 287 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  53.56 
 
 		 287 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  52.59 
 
 		 252 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  53.56 
 
 		 287 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  52.92 
 
 		 287 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  54.89 
 
 		 234 aa  269  4e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  52.5 
 
 		 241 aa  268  7e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  50.64 
 
 		 284 aa  264  8.999999999999999e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  53.19 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  51.05 
 
 		 275 aa  263  3e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  52.77 
 
 		 273 aa  259  3e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  52.77 
 
 		 250 aa  258  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  52.89 
 
 		 270 aa  257  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  51.49 
 
 		 278 aa  257  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  49.36 
 
 		 285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  53.18 
 
 		 265 aa  251  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  48.52 
 
 		 242 aa  237  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  47.08 
 
 		 648 aa  229  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  46.89 
 
 		 252 aa  229  4e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  40.43 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  51.95 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  46.96 
 
 		 244 aa  214  9e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  47.92 
 
 		 261 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  49.15 
 
 		 235 aa  208  7e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  44.07 
 
 		 228 aa  204  9e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  47.06 
 
 		 242 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 225 aa  203  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  42.8 
 
 		 245 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  47.23 
 
 		 249 aa  201  9.999999999999999e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  44.35 
 
 		 319 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  48.4 
 
 		 277 aa  194  9e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  43.44 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  42.53 
 
 		 258 aa  186  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  46.15 
 
 		 268 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  46.15 
 
 		 268 aa  175  8e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  40.25 
 
 		 238 aa  169  6e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  39.19 
 
 		 560 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.04 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.78 
 
 		 225 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  31.09 
 
 		 226 aa  116  5e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  29.66 
 
 		 216 aa  115  6.9999999999999995e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  35.43 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  32 
 
 		 238 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 341 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  32.9 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  35.34 
 
 		 225 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  29.64 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  35.4 
 
 		 225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.05 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  35.34 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.4 
 
 		 225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  35.4 
 
 		 225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.63 
 
 		 477 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  33.04 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.62 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  32.74 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  32.91 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  29.24 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  34.51 
 
 		 225 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  33.06 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.08 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  36.07 
 
 		 225 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  34.33 
 
 		 225 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>