More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0879 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 363 aa  734    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  78.73 
 
 		 359 aa  568  1e-161  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  34.79 
 
 		 349 aa  175  9e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  33.78 
 
 		 380 aa  172  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  36.42 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  33.24 
 
 		 357 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 390 aa  93.2  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 331 aa  87  5e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 377 aa  86.3  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 385 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  42.28 
 
 		 404 aa  84.3  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 373 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 379 aa  79.3  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  34.13 
 
 		 379 aa  78.6  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  39.42 
 
 		 376 aa  78.2  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 380 aa  77  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 392 aa  76.3  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 390 aa  76.3  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 285 aa  74.7  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 379 aa  74.7  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  37.6 
 
 		 371 aa  73.9  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  41.57 
 
 		 106 aa  73.9  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 385 aa  71.2  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 389 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 392 aa  72  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  33.02 
 
 		 353 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 370 aa  70.5  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  35.87 
 
 		 379 aa  70.5  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  28.91 
 
 		 328 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 381 aa  67.4  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 362 aa  67  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 375 aa  67  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 391 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 368 aa  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 381 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  33.33 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  24.67 
 
 		 438 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  33.33 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30 
 
 		 389 aa  63.9  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 393 aa  64.3  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 406 aa  63.9  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 308 aa  63.9  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 422 aa  63.5  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 329 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 333 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 329 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 329 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 333 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 329 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 329 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 760 aa  62.4  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 329 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 301 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 349 aa  62  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 358 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0743  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.191444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 1201 aa  61.2  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.67 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 364 aa  60.1  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 322 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 385 aa  58.9  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 325 aa  58.9  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 319 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 399 aa  59.3  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 319 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 377 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  44.78 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 325 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  30.4 
 
 		 352 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3580  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 159 aa  58.5  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 373 aa  58.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3907  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 120 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 349 aa  57.4  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 326 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  29.36 
 
 		 287 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  29.36 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 513 aa  57  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 383 aa  57  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0951  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 571 aa  57  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00021324  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 301 aa  57  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.55 
 
 		 398 aa  57  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  30.56 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>