276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0872 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A0809  ornithine decarboxylase  68.85 
 
 
732 aa  1039  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1157  ornithine decarboxylase  61.87 
 
 
753 aa  912  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00332446  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5195  ornithine decarboxylase  54.07 
 
 
787 aa  712  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208108  normal  0.398466 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3975  ornithine decarboxylase  69.58 
 
 
720 aa  1068  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4358  ornithine decarboxylase  62.24 
 
 
739 aa  937  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3289  ornithine decarboxylase  72.28 
 
 
711 aa  1088  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00321092 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4053  ornithine decarboxylase  69.72 
 
 
720 aa  1069  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0811  ornithine decarboxylase  73.61 
 
 
720 aa  1122  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04833  ornithine decarboxylase  63.48 
 
 
726 aa  917  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3126  ornithine decarboxylase  71.93 
 
 
711 aa  1102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0718  ornithine decarboxylase  68.57 
 
 
735 aa  1040  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.76053e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3311  ornithine decarboxylase  71.79 
 
 
711 aa  1100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0509  ornithine decarboxylase  73.06 
 
 
723 aa  1114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4047  ornithine decarboxylase  73.47 
 
 
720 aa  1106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.388924  normal  0.452479 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4171  ornithine decarboxylase  69.58 
 
 
720 aa  1068  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1573  ornithine decarboxylase  65.88 
 
 
719 aa  1009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3667  ornithine decarboxylase  69.72 
 
 
720 aa  1068  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0278  ornithine decarboxylase  69.72 
 
 
720 aa  1067  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3458  ornithine decarboxylase  72.01 
 
 
711 aa  1084  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.829522  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4084  ornithine decarboxylase  69.58 
 
 
720 aa  1069  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3278  ornithine decarboxylase  72.01 
 
 
711 aa  1085  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0748  ornithine decarboxylase  68.85 
 
 
732 aa  1039  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1066  ornithine decarboxylase  61.37 
 
 
730 aa  949  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.585058  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3871  ornithine decarboxylase  69.58 
 
 
720 aa  1067  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0955234 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1205  ornithine decarboxylase  68.6 
 
 
742 aa  1042  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  5.4905e-05 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4008  ornithine decarboxylase  62.24 
 
 
739 aa  937  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0858  ornithine decarboxylase  68.85 
 
 
732 aa  1039  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3380  ornithine decarboxylase  73.26 
 
 
711 aa  1110  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.961325  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0785  ornithine decarboxylase  68.14 
 
 
735 aa  1040  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3679  ornithine decarboxylase  69.86 
 
 
720 aa  1071  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0179  ornithine decarboxylase  68.75 
 
 
720 aa  1044  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4269  ornithine decarboxylase  71.93 
 
 
711 aa  1104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.783257  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3355  ornithine decarboxylase  71.73 
 
 
711 aa  1081  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.86478 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3033  ornithine decarboxylase  82.12 
 
 
717 aa  1225  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00649  ornithine decarboxylase isozyme, inducible  68.43 
 
 
732 aa  1035  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889551  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0715  ornithine decarboxylase  68.43 
 
 
732 aa  1035  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139092  normal  0.847041 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3210  ornithine decarboxylase  82.82 
 
 
717 aa  1233  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148119  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0761  ornithine decarboxylase  68.85 
 
 
732 aa  1039  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.905284 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0872  ornithine decarboxylase  100 
 
 
717 aa  1493  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.507937  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3418  ornithine decarboxylase  97.91 
 
 
717 aa  1420  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.18204  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3515  ornithine decarboxylase  62.26 
 
 
726 aa  940  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.207065 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0314  ornithine decarboxylase  70 
 
 
720 aa  1069  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001092  ornithine decarboxylase  62.8 
 
 
715 aa  925  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3334  ornithine decarboxylase  70.04 
 
 
720 aa  1062  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6445  ornithine decarboxylase  53 
 
 
787 aa  694  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.621476  normal  0.414615 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2944  Ornithine decarboxylase  68.43 
 
 
732 aa  1036  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0730  Ornithine decarboxylase  71.79 
 
 
711 aa  1100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02795  ornithine decarboxylase, constitutive  71.93 
 
 
711 aa  1102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0111619  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02758  hypothetical protein  71.93 
 
 
711 aa  1102  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00836669  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0811  ornithine decarboxylase  73.61 
 
 
720 aa  1122  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.901366  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2963  ornithine decarboxylase  68.57 
 
 
732 aa  1037  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.988103  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3109  ornithine decarboxylase  72.07 
 
 
711 aa  1102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.015732 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0749  ornithine decarboxylase  71.79 
 
 
711 aa  1100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0757526 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3363  ornithine decarboxylase  71.59 
 
 
711 aa  1076  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.134652  normal  0.661844 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0822  ornithine decarboxylase  68.85 
 
 
732 aa  1039  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2075  ornithine decarboxylase  62.12 
 
 
726 aa  947  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.29642  normal  0.752518 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0159  ornithine decarboxylase  73.75 
 
 
720 aa  1125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  1.71989e-05 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00641  hypothetical protein  68.43 
 
 
732 aa  1035  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.94656  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0956  Ornithine decarboxylase  43.47 
 
 
781 aa  592  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.790787 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0934  Ornithine decarboxylase  42.63 
 
 
785 aa  589  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.839278 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0993  ornithine decarboxylase  43.47 
 
 
781 aa  591  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.683317 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0286  Orn/Lys/Arg decarboxylase major region  42.4 
 
 
786 aa  589  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134594  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2341  Ornithine decarboxylase  46.13 
 
 
785 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.788512  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0745  ornithine decarboxylase  48.14 
 
 
778 aa  587  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.184647 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1881  arginine/lysine/ornithine decarboxylase  44.69 
 
 
699 aa  584  1e-165  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  7.41442e-11 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0640  ornithine decarboxylase  43.58 
 
 
785 aa  585  1e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3377  ornithine decarboxylase protein  43.85 
 
 
785 aa  583  1e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4404  ornithine decarboxylase  46.27 
 
 
781 aa  581  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.155721 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3132  ornithine decarboxylase  43 
 
 
785 aa  572  1e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297887  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0928  ornithine decarboxylase  43.79 
 
 
785 aa  575  1e-162  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.335055  normal  0.352812 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0224  Ornithine decarboxylase  41.83 
 
 
779 aa  571  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.514878 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2393  Lysine decarboxylase  38.29 
 
 
762 aa  401  1e-110  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.736843  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0144  lysine decarboxylase  36.28 
 
 
769 aa  394  1e-108  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.263338  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1269  lysine decarboxylase  35.69 
 
 
767 aa  392  1e-107  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41020  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  38.06 
 
 
751 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3478  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  38.16 
 
 
751 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1009  lysine decarboxylase  36.51 
 
 
626 aa  374  1e-102  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.187258 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0651  lysine decarboxylase  33.97 
 
 
755 aa  371  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1204  Lysine decarboxylase  33.81 
 
 
755 aa  368  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  3.45453e-10  normal  0.552697 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0578  ornithine decarboxylase  35.94 
 
 
742 aa  369  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.986824  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2754  ornithine decarboxylase  35.08 
 
 
754 aa  369  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.135744  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1725  lysine decarboxylase  36.79 
 
 
749 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879882  normal  0.772169 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1064  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.61 
 
 
759 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1611  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.61 
 
 
759 aa  365  1e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175445  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1058  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.61 
 
 
759 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2988  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.61 
 
 
759 aa  365  1e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.541355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2298  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.61 
 
 
759 aa  365  1e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0715  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.61 
 
 
759 aa  365  1e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.395264  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0861  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.45 
 
 
759 aa  366  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.206797  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1216  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.61 
 
 
759 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0689  ornithine decarboxylase  34.81 
 
 
756 aa  365  2e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.9866  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3465  lysine decarboxylase  36.36 
 
 
749 aa  365  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583785  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0779  arginine decarboxylase  34.71 
 
 
779 aa  364  3e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0975108  normal  0.0520497 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3712  lysine decarboxylase  36.63 
 
 
757 aa  362  1e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709841  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2174  Lysine decarboxylase  34.76 
 
 
759 aa  362  1e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0762291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2188  ornithine decarboxylase  35.46 
 
 
751 aa  362  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2967  ornithine decarboxylase  33.24 
 
 
757 aa  362  2e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.482503  normal  0.818361 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2578  Lysine decarboxylase  34.44 
 
 
759 aa  361  2e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.181221 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2491  lysine decarboxylase  36.5 
 
 
712 aa  361  3e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2068  lysine decarboxylase  35.75 
 
 
747 aa  359  9e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.014755  normal  0.104573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>