More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0871 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  100 
 
 		 419 aa  869    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  98.09 
 
 		 419 aa  852    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  61.11 
 
 		 420 aa  545  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  61.35 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  60.96 
 
 		 421 aa  538  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  61.88 
 
 		 411 aa  535  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  60.48 
 
 		 422 aa  535  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  60.87 
 
 		 421 aa  535  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  61.11 
 
 		 420 aa  535  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  60.24 
 
 		 419 aa  536  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  60.39 
 
 		 421 aa  529  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  60.67 
 
 		 418 aa  528  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  60.43 
 
 		 418 aa  526  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  59.42 
 
 		 419 aa  525  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  58.21 
 
 		 421 aa  523  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  58.55 
 
 		 421 aa  520  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  59.43 
 
 		 419 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  55.77 
 
 		 424 aa  501  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  55.74 
 
 		 419 aa  500  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  56.28 
 
 		 419 aa  500  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  55.56 
 
 		 419 aa  495  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3419  integrase family protein  55.56 
 
 		 419 aa  492  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.837092  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2887  phage integrase family protein  59.95 
 
 		 416 aa  491  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416458  normal  0.252984 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04136  predicted integrase  57.33 
 
 		 396 aa  488  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3727  integrase family protein  57.58 
 
 		 396 aa  489  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0858  integrase family protein  54.59 
 
 		 419 aa  490  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04100  hypothetical protein  57.33 
 
 		 396 aa  488  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1514  integrase family protein  58.33 
 
 		 423 aa  485  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  55.05 
 
 		 421 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  55.53 
 
 		 419 aa  484  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  53.76 
 
 		 428 aa  478  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2104  phage integrase family site specific recombinase  57.45 
 
 		 420 aa  478  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000885987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0979  site-specific recombinase, phage integrase family protein  56.9 
 
 		 420 aa  475  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000444866  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1586  integrase family protein  54.16 
 
 		 425 aa  475  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.97396  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  54.42 
 
 		 419 aa  478  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1766  integrase family protein  53.92 
 
 		 425 aa  474  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0264741  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2068  integrase  55.95 
 
 		 424 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306631  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1693  integrase family protein  56.67 
 
 		 423 aa  473  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2305  integrase  55.24 
 
 		 424 aa  464  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000673705  hitchhiker  1.06104e-16 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4773  integrase  51.2 
 
 		 449 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.368119  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1727  integrase family protein  50 
 
 		 425 aa  442  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4935  integrase family protein  52.28 
 
 		 439 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.020057  hitchhiker  0.000000122122 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3064  Phage integrase  51.55 
 
 		 438 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0561705 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4662  site-specific recombinase, phage integrase family protein  57.1 
 
 		 334 aa  385  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02760  hypothetical protein  57.82 
 
 		 319 aa  348  1e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000757589  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  44.33 
 
 		 396 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  45.73 
 
 		 404 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  42.47 
 
 		 394 aa  338  7e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  42.47 
 
 		 394 aa  338  7e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  43.63 
 
 		 396 aa  333  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  41.48 
 
 		 402 aa  333  5e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  43.63 
 
 		 394 aa  331  2e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  43.42 
 
 		 391 aa  330  3e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  41.48 
 
 		 417 aa  330  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  43.14 
 
 		 394 aa  329  6e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.46 
 
 		 402 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  42.47 
 
 		 404 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  39.8 
 
 		 404 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  41.77 
 
 		 404 aa  327  4.0000000000000003e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  41.77 
 
 		 404 aa  326  5e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  41.77 
 
 		 404 aa  326  5e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  40.05 
 
 		 404 aa  325  7e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  39.8 
 
 		 404 aa  325  9e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  42 
 
 		 394 aa  324  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  43.1 
 
 		 404 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  43.1 
 
 		 404 aa  322  5e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  43.1 
 
 		 404 aa  322  5e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  44.69 
 
 		 402 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  43.32 
 
 		 406 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  41.94 
 
 		 396 aa  320  3e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  40.15 
 
 		 404 aa  320  3.9999999999999996e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  43.41 
 
 		 413 aa  319  6e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02797  integrase  57.25 
 
 		 294 aa  317  2e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000596142  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  41.79 
 
 		 409 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  43.95 
 
 		 405 aa  316  4e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  43.63 
 
 		 404 aa  315  8e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  41.19 
 
 		 395 aa  315  9e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  42.61 
 
 		 404 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  41.58 
 
 		 404 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  40.05 
 
 		 410 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  39.05 
 
 		 397 aa  309  5.9999999999999995e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  42.47 
 
 		 407 aa  309  6.999999999999999e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  40.49 
 
 		 396 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  41.65 
 
 		 412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  42.75 
 
 		 406 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  41.94 
 
 		 394 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  41.44 
 
 		 400 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  40.83 
 
 		 420 aa  305  7e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  40.25 
 
 		 389 aa  305  8.000000000000001e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  41.83 
 
 		 403 aa  305  8.000000000000001e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  39.05 
 
 		 387 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  41.98 
 
 		 438 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  43 
 
 		 407 aa  301  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  38.82 
 
 		 404 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  38.31 
 
 		 391 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  40.99 
 
 		 421 aa  299  6e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  40.25 
 
 		 387 aa  299  6e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  40.95 
 
 		 411 aa  299  7e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  43.1 
 
 		 404 aa  299  7e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  40.35 
 
 		 401 aa  298  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>