265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0861 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  47.14 
 
 
1039 aa  924    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  53.53 
 
 
1055 aa  1120    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  56.58 
 
 
1028 aa  1195    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  42.15 
 
 
1030 aa  809    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  48.16 
 
 
1041 aa  981    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  68.38 
 
 
1027 aa  1495    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  100 
 
 
1031 aa  2137    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  64.04 
 
 
1054 aa  1415    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  70.06 
 
 
1063 aa  1551    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.83 
 
 
1038 aa  826    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  58.5 
 
 
1027 aa  1241    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.56 
 
 
1023 aa  449  1.0000000000000001e-124  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.85 
 
 
1024 aa  434  1e-120  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.53 
 
 
1030 aa  434  1e-120  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  30.22 
 
 
1069 aa  384  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.44 
 
 
1045 aa  382  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.23 
 
 
1034 aa  354  4e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.42 
 
 
1070 aa  348  4e-94  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.95 
 
 
1012 aa  329  2.0000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.72 
 
 
1092 aa  317  6e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.45 
 
 
1107 aa  301  4e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.09 
 
 
1096 aa  298  3e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  32.12 
 
 
1077 aa  288  5e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.09 
 
 
1010 aa  282  2e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.79 
 
 
1065 aa  276  2.0000000000000002e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  31.11 
 
 
1076 aa  275  3e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.85 
 
 
1046 aa  270  7e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.12 
 
 
1046 aa  270  1e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.8 
 
 
1068 aa  268  4e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  33.07 
 
 
967 aa  264  6e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  33.07 
 
 
967 aa  264  6.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.68 
 
 
1068 aa  256  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  28.77 
 
 
1059 aa  254  6e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.99 
 
 
1053 aa  251  5e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.59 
 
 
1042 aa  251  6e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.92 
 
 
1067 aa  251  7e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.45 
 
 
1075 aa  250  8e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.65 
 
 
1079 aa  249  1e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.65 
 
 
1053 aa  249  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.59 
 
 
1089 aa  247  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  27.08 
 
 
1033 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.88 
 
 
1084 aa  243  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.85 
 
 
1067 aa  243  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.34 
 
 
1042 aa  241  4e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.89 
 
 
1087 aa  241  5.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  28.91 
 
 
1022 aa  240  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.91 
 
 
1022 aa  240  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.12 
 
 
1003 aa  240  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  30.65 
 
 
1051 aa  238  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.62 
 
 
1034 aa  238  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.1 
 
 
993 aa  238  4e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.28 
 
 
1111 aa  238  4e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.92 
 
 
1044 aa  238  6e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  26.74 
 
 
1061 aa  238  6e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.32 
 
 
1028 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.97 
 
 
1044 aa  235  3e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.08 
 
 
1084 aa  234  6e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.44 
 
 
1032 aa  234  8.000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.46 
 
 
1000 aa  232  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  26.65 
 
 
1072 aa  232  3e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  27.06 
 
 
1040 aa  231  4e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.87 
 
 
1110 aa  231  4e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.31 
 
 
1032 aa  230  8e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.63 
 
 
920 aa  230  9e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.23 
 
 
1074 aa  230  9e-59  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  28.3 
 
 
1042 aa  230  9e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.69 
 
 
995 aa  230  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.6 
 
 
1108 aa  229  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.5 
 
 
1045 aa  229  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.6 
 
 
1108 aa  229  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.01 
 
 
1070 aa  229  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.97 
 
 
1028 aa  228  4e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.85 
 
 
1000 aa  228  5.0000000000000005e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.72 
 
 
1029 aa  228  5.0000000000000005e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.48 
 
 
1003 aa  226  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.13 
 
 
1067 aa  226  1e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.82 
 
 
1035 aa  226  2e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06807  type I restriction enzyme restriction subunit  30.52 
 
 
654 aa  225  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.72 
 
 
1029 aa  224  9e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.3 
 
 
1026 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.27 
 
 
1044 aa  222  1.9999999999999999e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.9 
 
 
1079 aa  220  8.999999999999998e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  25.45 
 
 
1061 aa  219  1e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  27.78 
 
 
1210 aa  219  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.61 
 
 
1041 aa  219  2.9999999999999998e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.05 
 
 
1044 aa  218  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.42 
 
 
1046 aa  218  5e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  29.17 
 
 
1179 aa  218  5e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.62 
 
 
855 aa  218  5.9999999999999996e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.45 
 
 
1060 aa  218  5.9999999999999996e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  25.82 
 
 
984 aa  216  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.79 
 
 
1006 aa  217  9.999999999999999e-55  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.38 
 
 
1046 aa  216  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.45 
 
 
1040 aa  214  7e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  27.75 
 
 
1031 aa  213  1e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.08 
 
 
984 aa  213  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.7 
 
 
1066 aa  212  3e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.71 
 
 
1042 aa  211  6e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.85 
 
 
1020 aa  209  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.81 
 
 
1020 aa  208  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>