180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0815 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0815  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  100 
 
 		 438 aa  863    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0413  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  74.7 
 
 		 432 aa  648    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3279  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  77.8 
 
 		 431 aa  666    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00201301  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3201  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  79.24 
 
 		 424 aa  657    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1044  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  93.61 
 
 		 438 aa  825    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.955284  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4194  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  69.27 
 
 		 431 aa  615  1e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3584  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  48.62 
 
 		 438 aa  402  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  44.62 
 
 		 441 aa  350  2e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1965  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  43.3 
 
 		 439 aa  344  2e-93  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0426  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  44.1 
 
 		 448 aa  341  2e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.203282  normal  0.440595 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2198  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  41.79 
 
 		 445 aa  333  3e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0171933  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3060  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  42.6 
 
 		 460 aa  332  1e-89  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3367  putative cytosine permease  42.27 
 
 		 439 aa  322  9.000000000000001e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130336  normal  0.0781791 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22900  purine-cytosine permease-like transporter  40.87 
 
 		 455 aa  298  1e-79  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.383587 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0862  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.13 
 
 		 455 aa  138  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000967478  normal  0.747959 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1725  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.36 
 
 		 434 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05320  cytosine permease  29.43 
 
 		 412 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1993  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.6 
 
 		 443 aa  133  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000566  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  28.97 
 
 		 412 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.113273  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1828  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.74 
 
 		 455 aa  130  4.0000000000000003e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3524  cytosine permease  30.89 
 
 		 417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3596  cytosine permease  30.62 
 
 		 417 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3631  cytosine permease  30.62 
 
 		 425 aa  126  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.822935 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00290  cytosine transporter  29.07 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3270  NCS1 nucleoside transporter family  29.07 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2449  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26 
 
 		 453 aa  125  1e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00294  hypothetical protein  29.07 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3289  cytosine permease  29.07 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0367  cytosine permease  29.07 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.506759 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0539  cytosine permease  28.67 
 
 		 416 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0401  cytosine permease  29.07 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0360  cytosine permease  29.07 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0409  cytosine permease  29.07 
 
 		 419 aa  125  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05700  cytosine permease  28.44 
 
 		 416 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0843  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.83 
 
 		 420 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.27545  normal  0.552006 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3778  cytosine permease  26.76 
 
 		 423 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0016  cytosine permease  27.69 
 
 		 417 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2802  cytosine permease  29.26 
 
 		 421 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.018065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3526  cytosine permease  30.89 
 
 		 449 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3693  cytosine permease  30.89 
 
 		 425 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1584  cytosine permease  27.49 
 
 		 417 aa  116  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2188  cytosine permease  29.81 
 
 		 421 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0630  cytosine permease  30.12 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.201877  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00980  purine-cytosine permease-like transporter  26.67 
 
 		 427 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0863  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.81 
 
 		 440 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0650  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.62 
 
 		 472 aa  103  5e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0343903 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1854  cytosine permease  29.69 
 
 		 395 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.382094  hitchhiker  0.0000028856 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2351  cytosine permease  26.76 
 
 		 411 aa  100  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2529  cytosine permease  24.94 
 
 		 421 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0365158  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3187  cytosine permease  24.94 
 
 		 421 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0779  cytosine permease  25.35 
 
 		 421 aa  96.3  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.99673  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3467  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  23.96 
 
 		 439 aa  91.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4598  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  24.52 
 
 		 493 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2654  cytosine permease  24.59 
 
 		 421 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2759  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24 
 
 		 457 aa  87.4  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1591  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.52 
 
 		 456 aa  87.4  5e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0157  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  24 
 
 		 460 aa  87  5e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.489113  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0801  cytosine permease  24.88 
 
 		 431 aa  87  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141599  normal  0.241333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2208  cytosine permease  24.18 
 
 		 421 aa  86.7  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.739585 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2453  cytosine permease  26.29 
 
 		 414 aa  85.9  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2333  cytosine permease  24.55 
 
 		 420 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1641  cytosine permease  24.81 
 
 		 420 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.18791  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1118  cytosine permease  24.55 
 
 		 441 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1032  cytosine permease  23.85 
 
 		 441 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0866  cytosine permease  24.29 
 
 		 441 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1833  cytosine permease  24.29 
 
 		 441 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0184024  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0601  cytosine permease  24.29 
 
 		 420 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0333  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.29 
 
 		 451 aa  79.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0076  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.62 
 
 		 449 aa  76.3  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00450378  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1111  NCS1 nucleoside transporter  25 
 
 		 494 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.502762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0338  NCS1 nucleoside transporter  26.89 
 
 		 496 aa  74.3  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4035  NCS1 nucleoside transporter  24.93 
 
 		 496 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1803  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  24.93 
 
 		 496 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666463  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2771  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  25.93 
 
 		 446 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0255944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2863  NCS1 nucleoside transporter  25.81 
 
 		 497 aa  72.4  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3637  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.93 
 
 		 505 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3440  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.81 
 
 		 494 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.709152  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0405  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.14 
 
 		 452 aa  68.6  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0202053  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03710  putative permease  23.1 
 
 		 407 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03659  hypothetical protein  23.1 
 
 		 407 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0640  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  26.2 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3590  NCS1 nucleoside transporter  24.74 
 
 		 490 aa  67  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.483466 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4197  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  23.1 
 
 		 407 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118639 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4072  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.21 
 
 		 450 aa  66.2  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1837  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.7 
 
 		 500 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.524757  normal  0.0916284 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2841  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.27 
 
 		 444 aa  65.5  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810699  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5352  NCS1 nucleoside transporter  23.8 
 
 		 502 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.157454 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0678  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  23.72 
 
 		 450 aa  65.1  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.232179  normal  0.0587875 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1233  transporter transmembrane protein  24.06 
 
 		 502 aa  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0759006  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4056  NCS1 nucleoside transporter  22.41 
 
 		 515 aa  63.9  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.66 
 
 		 429 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05790  putative transporter  24.69 
 
 		 496 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0610  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin family protein  24.93 
 
 		 568 aa  62.8  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4797  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  24.77 
 
 		 427 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0546  putative transporter  24.69 
 
 		 496 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1594  NCS1 nucleoside transporter  23.24 
 
 		 502 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6237  NCS1 nucleoside transporter  23.24 
 
 		 502 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1533  NCS1 nucleoside transporter  22.82 
 
 		 503 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1430  NCS1 family nucleobase/cation symporter  23.32 
 
 		 503 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2385  NCS1 nucleoside transporter family  25 
 
 		 492 aa  60.1  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>