More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0770 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 399 aa  809    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  92.48 
 
 		 398 aa  723    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3197  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.36 
 
 		 387 aa  478  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.822347  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2754  RND efflux transporter  65.51 
 
 		 401 aa  462  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1423  RND family efflux transporter MFP subunit  65.51 
 
 		 401 aa  462  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1312  RND efflux transporter  65.24 
 
 		 401 aa  459  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130358  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6201  putative accessory protein to ABC-type macrolide transport protein MacB  50.54 
 
 		 430 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  45.38 
 
 		 428 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  47.38 
 
 		 420 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  45.38 
 
 		 435 aa  326  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  46.91 
 
 		 393 aa  325  7e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  45.65 
 
 		 399 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  46.51 
 
 		 405 aa  322  7e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  49.08 
 
 		 428 aa  320  3e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  46.13 
 
 		 409 aa  319  6e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  44.1 
 
 		 397 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  44.1 
 
 		 397 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  44.1 
 
 		 397 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  42.56 
 
 		 397 aa  317  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.26 
 
 		 410 aa  312  4.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  45.86 
 
 		 405 aa  312  7.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  45.82 
 
 		 416 aa  310  2e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2236  secretion protein HlyD  46.88 
 
 		 404 aa  310  4e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  45.01 
 
 		 416 aa  309  5e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.01 
 
 		 410 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  45.01 
 
 		 416 aa  308  8e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  44.94 
 
 		 416 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  44.82 
 
 		 385 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.25 
 
 		 397 aa  300  4e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1295  efflux protein  48.34 
 
 		 405 aa  298  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  43.7 
 
 		 383 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2220  RND family efflux transporter MFP subunit  45.79 
 
 		 399 aa  294  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2466  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.46 
 
 		 396 aa  293  3e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2317  RND family efflux transporter MFP subunit  43.11 
 
 		 393 aa  289  6e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.788366  normal  0.425659 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2214  secretion protein HlyD  42.93 
 
 		 382 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000155205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  41.97 
 
 		 396 aa  275  9e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2116  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.82 
 
 		 393 aa  273  4.0000000000000004e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.419105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  40.47 
 
 		 406 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  40.21 
 
 		 406 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2603  secretion protein HlyD  40.17 
 
 		 389 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22725  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  39.78 
 
 		 348 aa  261  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  42.01 
 
 		 370 aa  261  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  42.01 
 
 		 370 aa  261  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  41.73 
 
 		 370 aa  259  5.0000000000000005e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  36.24 
 
 		 464 aa  257  2e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  42.89 
 
 		 401 aa  256  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  42.66 
 
 		 397 aa  254  2.0000000000000002e-66  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  38.64 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  38.64 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  38.64 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  38.64 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  38.64 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  38.64 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  38.8 
 
 		 399 aa  251  2e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  36.73 
 
 		 455 aa  250  3e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  38.24 
 
 		 371 aa  250  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.38 
 
 		 371 aa  249  4e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  42.74 
 
 		 444 aa  249  6e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  38.83 
 
 		 407 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  35.6 
 
 		 456 aa  248  9e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.24 
 
 		 392 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  38.38 
 
 		 371 aa  248  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  41.07 
 
 		 390 aa  243  3e-63  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  40.78 
 
 		 390 aa  243  3.9999999999999997e-63  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  41.16 
 
 		 390 aa  241  1e-62  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  40.77 
 
 		 402 aa  241  2e-62  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  40.17 
 
 		 409 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  38.38 
 
 		 408 aa  237  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  35.11 
 
 		 394 aa  238  2e-61  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  39.13 
 
 		 371 aa  236  5.0000000000000005e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  36.75 
 
 		 390 aa  236  6e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  38.38 
 
 		 408 aa  236  6e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  36.2 
 
 		 372 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  36.46 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  36.46 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  40.97 
 
 		 394 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  36.46 
 
 		 372 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  36.46 
 
 		 372 aa  232  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  36.57 
 
 		 414 aa  232  1e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  36.87 
 
 		 387 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.63 
 
 		 401 aa  227  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  36.6 
 
 		 377 aa  228  2e-58  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  39.66 
 
 		 415 aa  227  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  40.88 
 
 		 394 aa  225  1e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  35.83 
 
 		 390 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  35.54 
 
 		 384 aa  218  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  34.69 
 
 		 391 aa  215  9e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.92 
 
 		 390 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.337788  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  36.92 
 
 		 445 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  36.04 
 
 		 414 aa  209  9e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.01 
 
 		 438 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2871  hypothetical protein  35.77 
 
 		 391 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33770  hypothetical protein  35.51 
 
 		 391 aa  203  5e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127582  hitchhiker  0.00383681 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  34.12 
 
 		 410 aa  190  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  36.13 
 
 		 569 aa  180  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.86 
 
 		 409 aa  152  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  29.81 
 
 		 390 aa  137  5e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  32.01 
 
 		 412 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  28.86 
 
 		 402 aa  126  7e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.21 
 
 		 416 aa  125  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>