130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0755 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0991  tryptophan permease  93.63 
 
 		 424 aa  798    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0755  tryptophan permease  100 
 
 		 424 aa  846    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3535  tryptophan permease  76.28 
 
 		 414 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3572  tryptophan permease  76.28 
 
 		 414 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0544  aromatic amino acid transporter  76.04 
 
 		 414 aa  601  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3634  tryptophan permease  76.04 
 
 		 414 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3466  tryptophan permease  75.55 
 
 		 414 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3598  tryptophan permease  76.28 
 
 		 414 aa  601  1.0000000000000001e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0157208 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3611  tryptophan permease  75.79 
 
 		 414 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03028  tryptophan transporter of high affinity  75.79 
 
 		 414 aa  600  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3466  tryptophan permease  75.06 
 
 		 414 aa  598  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02979  hypothetical protein  75.79 
 
 		 414 aa  600  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3353  tryptophan permease  75.55 
 
 		 414 aa  599  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3643  tryptophan permease  75.55 
 
 		 414 aa  600  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0537  tryptophan permease  75.55 
 
 		 414 aa  599  1e-170  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0411186 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3457  tryptophan permease  75.79 
 
 		 414 aa  601  1e-170  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.813995 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4480  tryptophan permease  75.31 
 
 		 414 aa  597  1e-169  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71710  tryptophan permease  63.17 
 
 		 417 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.268423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6222  tryptophan permease  63.41 
 
 		 467 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1031  aromatic amino acid transporter  54.81 
 
 		 425 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3236  aromatic amino acid transporter  54.18 
 
 		 414 aa  442  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3513  aromatic amino acid transport protein  56.19 
 
 		 417 aa  437  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0262  aromatic amino acid transporter  55.88 
 
 		 418 aa  436  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0182  aromatic amino acid transporter  53.85 
 
 		 418 aa  436  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0158  aromatic amino acid transporter  55.16 
 
 		 418 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4108  aromatic amino acid transporter  55.16 
 
 		 418 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3787  aromatic amino acid transporter  53.72 
 
 		 418 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3860  aromatic amino acid transporter  53.72 
 
 		 418 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3987  aromatic amino acid transporter  53.92 
 
 		 418 aa  428  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3778  aromatic amino acid transporter  54.27 
 
 		 418 aa  429  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4176  aromatic amino acid transporter  54.92 
 
 		 418 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2697  tryptophan-specific transport protein  53.22 
 
 		 414 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4307  aromatic amino acid transporter  55.16 
 
 		 418 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2776  aromatic amino acid transporter  53.22 
 
 		 414 aa  430  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4601  tryptophan-specific transport protein  54.2 
 
 		 414 aa  427  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3995  aromatic amino acid transporter  55.29 
 
 		 418 aa  423  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1511  tryptophan-specific transport protein  52.97 
 
 		 412 aa  423  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1562  tryptophan-specific transport protein  51.09 
 
 		 416 aa  419  1e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000304843  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3531  aromatic amino acid transporter  53.61 
 
 		 418 aa  415  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03593  tryptophan transporter of low affinity  53.16 
 
 		 415 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4258  aromatic amino acid transporter  53.16 
 
 		 415 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03537  hypothetical protein  53.16 
 
 		 415 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3923  tryptophan permease TnaB  53.16 
 
 		 415 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4218  tryptophan permease TnaB  53.16 
 
 		 415 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0202  aromatic amino acid transporter  53.88 
 
 		 418 aa  409  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4285  tryptophan permease TnaB  53.16 
 
 		 415 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5140  tryptophan permease TnaB  53.16 
 
 		 415 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.406172 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4213  tryptophan permease TnaB  52.67 
 
 		 413 aa  401  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3479  aromatic amino acid transport protein  51.8 
 
 		 418 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0097  aromatic amino acid transporter  46.9 
 
 		 419 aa  371  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.103921  normal  0.507347 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1135  aromatic amino acid transporter  41.77 
 
 		 409 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.55679  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0800  tryptophan permease  42.54 
 
 		 409 aa  303  3.0000000000000004e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.121788  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1118  tryptophan-specific transport protein  43.38 
 
 		 411 aa  299  5e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1034  tyrosine-specific transport protein  34.59 
 
 		 403 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311327  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0511  putative tyrosine-specific transport protein  33.17 
 
 		 400 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0526  aromatic amino acid transporter  31.83 
 
 		 400 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.560578  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1736  aromatic amino acid transporter  34.59 
 
 		 403 aa  221  3e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000018039  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1276  tyrosine-specific transport protein  34.59 
 
 		 403 aa  221  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00001928  hitchhiker  0.0000367731 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01875  tyrosine transporter  34.34 
 
 		 403 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0104717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01864  hypothetical protein  34.34 
 
 		 403 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00693993  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2005  tyrosine-specific transport protein  34.34 
 
 		 403 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000529329  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2140  tyrosine-specific transport protein  34.34 
 
 		 403 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000592969  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2647  tyrosine-specific transport protein  34.34 
 
 		 403 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.588852  hitchhiker  0.0000000318595 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1729  aromatic amino acid transporter  34.34 
 
 		 403 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000563721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1184  tyrosine-specific transport protein  34.26 
 
 		 422 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.135204  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1307  tyrosine-specific transport protein  34.26 
 
 		 422 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000107929 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1118  aromatic amino acid transporter  35.2 
 
 		 402 aa  216  5e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2099  tyrosine-specific transport protein  34.26 
 
 		 422 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.23753e-19 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2152  tyrosine-specific transport protein  34.26 
 
 		 422 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000242218 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2092  tyrosine-specific transport protein  34.26 
 
 		 422 aa  216  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0842051  hitchhiker  0.0000739999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4434  aromatic amino acid transporter  33.08 
 
 		 400 aa  209  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3197  aromatic amino acid transporter  33.67 
 
 		 402 aa  208  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2065  tyrosine-specific transport protein  33.51 
 
 		 395 aa  207  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2185  aromatic amino acid transporter  32.99 
 
 		 395 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2426  aromatic amino acid transporter  32.82 
 
 		 395 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392601  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2774  tyrosine-specific transport protein  34.53 
 
 		 402 aa  206  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1318  tyrosine-specific transport protein  34.53 
 
 		 402 aa  206  6e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2853  aromatic amino acid transporter  34.53 
 
 		 402 aa  206  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1792  aromatic amino acid transporter  32.73 
 
 		 395 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1846  aromatic amino acid transporter  32.73 
 
 		 395 aa  203  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.510263 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1925  aromatic amino acid transporter  32.82 
 
 		 395 aa  203  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00166231  normal  0.036415 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2433  aromatic amino acid transporter  32.82 
 
 		 395 aa  202  8e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.485869  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2186  aromatic amino acid transporter  33.08 
 
 		 395 aa  202  8e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.338137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2544  aromatic amino acid transporter  32.82 
 
 		 395 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.487399  decreased coverage  0.00912111 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3276  aromatic amino acid transporter  34.67 
 
 		 402 aa  198  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2489  aromatic amino acid transporter  34.94 
 
 		 425 aa  195  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3298  tyrosine-specific transport protein  33.51 
 
 		 388 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0712  tyrosine-specific transport protein  30.4 
 
 		 400 aa  178  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1774  tyrosine-specific transport protein (tyrosine permease)  29.72 
 
 		 390 aa  170  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3938  aromatic amino acid permease  29.79 
 
 		 392 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  0.472237 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003573  tyrosine-specific transport protein  30.23 
 
 		 380 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0641  aromatic amino acid permease  30.65 
 
 		 399 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3188  aromatic amino acid permease  29.87 
 
 		 395 aa  164  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.497864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3878  aromatic amino acid permease  28.39 
 
 		 391 aa  162  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00957771  hitchhiker  0.00000285867 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0574  aromatic amino acid permease  29.4 
 
 		 400 aa  159  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3465  aromatic amino acid permease  30.08 
 
 		 391 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.230898  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0897  aromatic amino acid permease  30.08 
 
 		 391 aa  156  7e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3389  aromatic amino acid permease  30 
 
 		 395 aa  156  8e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3588  aromatic amino acid permease  30.08 
 
 		 391 aa  156  8e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.281237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02530  hypothetical protein  29.28 
 
 		 361 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>