More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0723 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  78.59 
 
 
399 aa  664    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0723  integrase family protein  100 
 
 
402 aa  823    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  89.49 
 
 
403 aa  706    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  74.81 
 
 
397 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  74.36 
 
 
398 aa  624  1e-177  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  74.1 
 
 
395 aa  613  9.999999999999999e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.241472 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  59.74 
 
 
413 aa  499  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  62.02 
 
 
416 aa  499  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  61.2 
 
 
416 aa  488  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3223  integrase  58.97 
 
 
413 aa  480  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  53.38 
 
 
409 aa  457  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  54.99 
 
 
413 aa  451  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  53.08 
 
 
415 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  52.56 
 
 
414 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  52.74 
 
 
422 aa  431  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1601  phage integrase family protein  51.28 
 
 
416 aa  431  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.634793  normal  0.83663 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2743  phage integrase  51.01 
 
 
417 aa  425  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0469991  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  49.88 
 
 
413 aa  427  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1471  phage integrase family site specific recombinase  50.25 
 
 
415 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2855  phage integrase family protein  52.67 
 
 
412 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.866183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  48.87 
 
 
408 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1188  phage integrase family protein  47.81 
 
 
419 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  49.37 
 
 
418 aa  401  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01122  integrase  46.97 
 
 
410 aa  404  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4740  integrase family protein  48.69 
 
 
418 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1267  phage integrase family protein  46.55 
 
 
409 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0699075 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02509  Fels-2 prophage protein  49.14 
 
 
409 aa  396  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02473  hypothetical protein  49.14 
 
 
409 aa  396  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.36664  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2917  phage integrase family site specific recombinase  47.47 
 
 
415 aa  395  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2905  phage integrase family protein  49.14 
 
 
436 aa  396  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  47.78 
 
 
418 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  47.67 
 
 
423 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  46.02 
 
 
410 aa  378  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  47.1 
 
 
411 aa  376  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1425  integrase  46.04 
 
 
413 aa  374  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.468676  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1721  phage integrase  45.52 
 
 
413 aa  360  2e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.749059  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1686  phage integrase family protein  44.22 
 
 
411 aa  349  6e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.034435  normal  0.0441759 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1791  phage integrase family protein  44.22 
 
 
411 aa  348  7e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.275952  normal  0.224939 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1761  phage integrase family protein  43.97 
 
 
411 aa  348  1e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0148676  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2463  phage integrase family protein  44.94 
 
 
414 aa  347  2e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.384114  normal  0.0605266 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2496  phage integrase family protein  44.33 
 
 
408 aa  333  2e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0214559 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1337  integrase  42.66 
 
 
418 aa  323  4e-87  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0234  phage integrase family protein  41.33 
 
 
416 aa  322  8e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  40.31 
 
 
410 aa  299  5e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  39.21 
 
 
404 aa  299  7e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  38.02 
 
 
404 aa  295  7e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  37.34 
 
 
404 aa  295  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  38.74 
 
 
396 aa  294  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  38.28 
 
 
404 aa  294  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  40.36 
 
 
394 aa  293  5e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  39.53 
 
 
394 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  39.53 
 
 
394 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  39.27 
 
 
387 aa  291  1e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  38.02 
 
 
404 aa  290  3e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.1 
 
 
402 aa  290  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  38.12 
 
 
402 aa  288  8e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  38.74 
 
 
409 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  38.7 
 
 
396 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  38.74 
 
 
417 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  39.48 
 
 
396 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  38.48 
 
 
391 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  37.17 
 
 
389 aa  282  6.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  39.32 
 
 
397 aa  279  5e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  39.5 
 
 
404 aa  279  6e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  38.74 
 
 
387 aa  276  5e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  37.79 
 
 
401 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  36.91 
 
 
404 aa  274  2.0000000000000002e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  37.6 
 
 
394 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  36.91 
 
 
404 aa  274  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  36.91 
 
 
404 aa  274  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  37.7 
 
 
396 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  37.34 
 
 
394 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  36.91 
 
 
395 aa  272  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  38.8 
 
 
391 aa  271  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  37.25 
 
 
412 aa  266  5e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  35.32 
 
 
420 aa  264  3e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.5 
 
 
422 aa  263  4e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  38.05 
 
 
404 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  37.97 
 
 
421 aa  260  3e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  37.24 
 
 
401 aa  260  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4773  integrase  35.47 
 
 
449 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.368119  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  35.68 
 
 
402 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  36.59 
 
 
419 aa  258  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  36.68 
 
 
419 aa  258  1e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  35.84 
 
 
421 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  37.82 
 
 
367 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  35.77 
 
 
418 aa  255  8e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2981  phage integrase family protein  68.24 
 
 
176 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.551664  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0757  integrase family protein  37.56 
 
 
419 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.731198  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  38.46 
 
 
402 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  35.77 
 
 
418 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2895  phage integrase family protein  68.82 
 
 
176 aa  253  3e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195449  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003253  phage integrase  35.15 
 
 
448 aa  253  6e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  36.95 
 
 
406 aa  252  8.000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  37.47 
 
 
404 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  37.47 
 
 
404 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  37.56 
 
 
419 aa  251  2e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  35.03 
 
 
390 aa  249  4e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  35.71 
 
 
403 aa  249  6e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  36.9 
 
 
438 aa  249  7e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>