More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0704 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  100 
 
 
208 aa  412  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0938  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  96.63 
 
 
208 aa  401  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.283752  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  66.35 
 
 
208 aa  286  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  55.19 
 
 
212 aa  219  1.9999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0122  amino acid transporter LysE  47.8 
 
 
207 aa  175  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  45.85 
 
 
207 aa  170  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00934187 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0113  lysine exporter protein LysE/YggA  45.85 
 
 
207 aa  169  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.894147 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0123  lysine exporter protein LysE/YggA  47.32 
 
 
207 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  47.32 
 
 
207 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0122  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  47.32 
 
 
207 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  45.37 
 
 
207 aa  168  6e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.161757 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4236  lysine exporter protein LysE/YggA  46.83 
 
 
207 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0119  lysine exporter protein LysE/YggA  46.88 
 
 
207 aa  165  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.376681  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4157  lysine exporter protein LysE/YggA  48.74 
 
 
208 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  42.65 
 
 
208 aa  161  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3751  lysine exporter protein LysE/YggA  46.97 
 
 
207 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00540648 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0235  lysine exporter protein LysE/YggA  42.79 
 
 
211 aa  154  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00162299  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0227  lysine exporter protein LysE/YggA  43.27 
 
 
211 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0118628  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4441  lysine exporter protein (LysE/YggA)  46.6 
 
 
208 aa  153  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.568773  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3407  lysine exporter protein LysE/YggA  41.15 
 
 
213 aa  151  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000235018  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0288  lysine exporter protein LysE/YggA  40.58 
 
 
211 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00514446  hitchhiker  0.000000000772842 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  40.1 
 
 
211 aa  149  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003581  probable homoserine/homoserine lactone efflux protein  42.31 
 
 
207 aa  148  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  39.61 
 
 
211 aa  148  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  40.38 
 
 
212 aa  148  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2876  lysine exporter protein LysE/YggA  39.72 
 
 
218 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000054165  unclonable  0.00000000000000325534 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4833  lysine exporter protein LysE/YggA  46.97 
 
 
208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0308  lysine exporter protein LysE/YggA  41.35 
 
 
211 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000182648  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2798  lysine exporter protein LysE/YggA  41.35 
 
 
211 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00531331  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0029  amino acid transporter LysE  40.37 
 
 
222 aa  142  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0393564  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3800  LysE family translocator protein  39.45 
 
 
222 aa  142  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00135005  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3861  LysE family translocator protein  39.45 
 
 
222 aa  142  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0165555  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1323  lysine exporter protein LysE/YggA  37.14 
 
 
211 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.848324 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3121  amino acid transporter LysE  40.47 
 
 
218 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0201026  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3631  amino acid transporter LysE  49.17 
 
 
207 aa  135  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0815  lysine exporter protein LysE/YggA  40.89 
 
 
204 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2660  lysine exporter protein LysE/YggA  38.76 
 
 
217 aa  132  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0329872  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0244  homoserine/homoserine lactone efflux protein  39.23 
 
 
206 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4152  homoserine/homoserine lactone efflux protein  39.23 
 
 
206 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000943916  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0891  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.81 
 
 
209 aa  131  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0048  lysine exporter protein LysE/YggA  36.27 
 
 
208 aa  131  6.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.075881  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3501  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  40.38 
 
 
207 aa  131  7.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.648819  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0976  lysine exporter protein LysE/YggA  38.81 
 
 
209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1739  lysine exporter protein LysE/YggA  36.54 
 
 
208 aa  129  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0365796  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0199  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.54 
 
 
213 aa  129  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00495295 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2480  lysine exporter protein LysE/YggA  39.02 
 
 
203 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3290  lysine exporter protein LysE/YggA  38.03 
 
 
206 aa  127  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.76234  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  37.85 
 
 
206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.476612  normal  0.152884 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4576  lysine exporter protein LysE/YggA  38.92 
 
 
203 aa  125  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0303  lysine exporter protein LysE/YggA  39.42 
 
 
205 aa  125  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.85144e-16  normal  0.0852573 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0193  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.56 
 
 
213 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0236  lysine exporter protein LysE/YggA  38.35 
 
 
214 aa  125  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2356  lysine exporter protein LysE/YggA  38.24 
 
 
203 aa  124  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139066  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4345  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.36 
 
 
206 aa  122  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2512  LysE family efflux protein  36.06 
 
 
209 aa  122  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77155  normal  0.629376 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4191  homoserine/homoserine lactone efflux protein  37.02 
 
 
206 aa  122  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349541 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4240  homoserine/homoserine lactone efflux protein  34.45 
 
 
206 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119305  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03703  neutral amino-acid efflux system  36.84 
 
 
206 aa  122  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4155  homoserine/threonine efflux pump  36.84 
 
 
206 aa  122  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2384  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.97 
 
 
205 aa  122  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4048  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.84 
 
 
206 aa  122  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4291  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.84 
 
 
206 aa  122  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5265  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.84 
 
 
206 aa  122  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.624144 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4184  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.84 
 
 
206 aa  122  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.340963 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002123  putative threonine efflux protein  33.98 
 
 
205 aa  122  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1451  lysine exporter protein LysE/YggA  34.15 
 
 
209 aa  122  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000194499  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3972  homoserine/homoserine lactone efflux protein  35.07 
 
 
206 aa  122  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.422052  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03652  hypothetical protein  36.84 
 
 
206 aa  122  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0266  lysine exporter protein LysE/YggA  37.32 
 
 
210 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4347  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.97 
 
 
206 aa  121  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.499409  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1667  lysine exporter protein LysE/YggA  36.89 
 
 
209 aa  121  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.931902  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4287  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.97 
 
 
206 aa  121  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.414866 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4189  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.97 
 
 
206 aa  121  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4168  homoserine/homoserine lactone efflux protein  34.3 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3915  lysine exporter protein LysE/YggA  36.45 
 
 
212 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.652927 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3565  amino acid transporter LysE  36.95 
 
 
203 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  36.97 
 
 
206 aa  118  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0042632  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2136  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.07 
 
 
212 aa  118  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0287  lysine exporter protein LysE/YggA  37.32 
 
 
214 aa  118  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167258  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3544  lysine exporter protein LysE/YggA  34.98 
 
 
212 aa  117  9e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0116705  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0222  lysine exporter protein LysE/YggA  37.32 
 
 
210 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0679  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.24 
 
 
207 aa  117  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000948495 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2867  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.98 
 
 
212 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3909  lysine exporter protein LysE/YggA  35.55 
 
 
210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806528  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2770  lysine exporter protein LysE/YggA  41.04 
 
 
233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00299  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.01 
 
 
204 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2209  lysine exporter protein LysE/YggA  37.44 
 
 
203 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0557  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.96 
 
 
206 aa  116  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0220  homoserine/homoserine lactone efflux protein  34.11 
 
 
206 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3996  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.96 
 
 
206 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3589  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  41.14 
 
 
211 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0368885 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3288  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  41.14 
 
 
211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3462  lysine exporter protein LysE/YggA  32.86 
 
 
209 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3962  homoserine/homoserine lactone efflux protein  39.23 
 
 
206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.149154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4165  amino acid transporter LysE  34.31 
 
 
203 aa  115  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.785807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2663  lysine exporter protein LysE/YggA  35.44 
 
 
211 aa  115  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0497346  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4402  lysine exporter protein LysE/YggA  34.62 
 
 
212 aa  114  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.649358  normal  0.816137 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1710  lysine exporter protein LysE/YggA  40.31 
 
 
209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5476  lysine exporter protein LysE/YggA  35.12 
 
 
210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.741245 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0403  lysine exporter protein LysE/YggA  42.77 
 
 
211 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>