More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0662 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0662  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 236 aa  478  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00302199  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0890  two component transcriptional regulator, winged helix family  98.31 
 
 		 242 aa  471  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000284562  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2037  two component transcriptional regulator, winged helix family  77.43 
 
 		 227 aa  364  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0302  two component transcriptional regulator  51.8 
 
 		 221 aa  234  7e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 228 aa  198  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 231 aa  198  6e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  44.89 
 
 		 228 aa  198  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 		 226 aa  195  6e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 238 aa  193  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  45.91 
 
 		 226 aa  191  7e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 248 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 248 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  44.05 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 		 249 aa  187  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 226 aa  187  9e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 235 aa  185  4e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 235 aa  185  4e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.3 
 
 		 223 aa  185  5e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 		 224 aa  185  6e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 241 aa  185  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  42.92 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.41 
 
 		 232 aa  184  8e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  44.34 
 
 		 238 aa  184  8e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  44.59 
 
 		 252 aa  184  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 225 aa  184  9e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.95 
 
 		 241 aa  184  9e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.48 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  44.89 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 230 aa  182  3e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.99 
 
 		 225 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 		 241 aa  181  7e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 		 262 aa  181  7e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 230 aa  181  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 234 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 		 240 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 223 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  43.56 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  40.62 
 
 		 225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  43.3 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3379  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.84 
 
 		 223 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.67 
 
 		 225 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0767  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 229 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.870104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.67 
 
 		 225 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.67 
 
 		 225 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.99 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.41 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  42.53 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1658  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 230 aa  176  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.450735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  41.18 
 
 		 229 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  41.63 
 
 		 229 aa  175  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.34 
 
 		 225 aa  175  5e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  41.44 
 
 		 224 aa  175  6e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 224 aa  174  7e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.53 
 
 		 225 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  43.05 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.05 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  40.36 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.99 
 
 		 258 aa  173  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  42.29 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.89 
 
 		 223 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.27 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.63 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.72 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.08 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3971  hypothetical protein  43.3 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.139394 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  41.59 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.27 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.82 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 226 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5978  regulatory protein CzcR  41.18 
 
 		 225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000269255  normal  0.0723212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.18 
 
 		 224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.82 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.82 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.44 
 
 		 227 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.72 
 
 		 224 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 225 aa  171  7.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0752  hypothetical protein  42.6 
 
 		 223 aa  171  7.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.72 
 
 		 225 aa  171  7.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.6 
 
 		 224 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2388  heavy metal response regulator  42.15 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000142984  normal  0.119734 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  41.44 
 
 		 227 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2101  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  42.15 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 224 aa  170  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3624  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.15 
 
 		 224 aa  170  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0528  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.79 
 
 		 223 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.84 
 
 		 227 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  40.72 
 
 		 229 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748a  hypothetical protein  40.54 
 
 		 223 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697031  normal  0.305387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>