42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0632 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0846  galactoside permease  96.67 
 
 		 420 aa  775    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0632  galactoside permease  100 
 
 		 420 aa  843    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2657  galactoside permease  72.66 
 
 		 426 aa  586  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1330  galactoside permease  72.64 
 
 		 426 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.800996  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3381  galactoside permease  67.81 
 
 		 430 aa  548  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4076  galactoside permease  69.05 
 
 		 421 aa  546  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3115  galactoside permease  67.57 
 
 		 425 aa  547  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0255021 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1767  galactoside permease  59.47 
 
 		 418 aa  484  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0531388  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2492  galactoside permease  58.57 
 
 		 435 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1680  galactoside permease  58.57 
 
 		 435 aa  486  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000567267  normal  0.141313 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2394  galactoside permease  58.31 
 
 		 435 aa  484  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000789855  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1361  galactoside permease  60.95 
 
 		 420 aa  481  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.32292  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3263  oligosaccharide/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  58.64 
 
 		 417 aa  474  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0568399  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0416  galactoside permease  58.39 
 
 		 417 aa  474  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.64566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0374  galactoside permease  58.64 
 
 		 417 aa  474  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3282  galactoside permease  58.64 
 
 		 417 aa  474  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00177774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0367  galactoside permease  58.64 
 
 		 417 aa  474  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00932691  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0407  galactoside permease  58.39 
 
 		 417 aa  474  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00583816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00297  galactoside permease  58.64 
 
 		 417 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0372048  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3102  major facilitator superfamily oligosaccharide/H+ symporter  57.87 
 
 		 418 aa  438  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.186561 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51430  Proton/sugar symporter  49.38 
 
 		 437 aa  390  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2636  oligosaccharide/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  45.77 
 
 		 410 aa  374  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0232716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2083  galactoside permease  45.19 
 
 		 419 aa  311  1e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3434  major facilitator superfamily oligosaccharide/H+ symporter  38.93 
 
 		 422 aa  294  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51800  galactoside permease  40.64 
 
 		 427 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2646  galactoside permease  34.69 
 
 		 415 aa  265  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28670  galactoside permease  36.26 
 
 		 448 aa  261  2e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0124  galactoside permease  32.51 
 
 		 445 aa  203  5e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00000688669  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1202  major facilitator transporter  21.45 
 
 		 391 aa  62.8  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.207324  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2503  major facilitator transporter  22.16 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527244 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4111  major facilitator transporter  23.29 
 
 		 387 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.778149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1542  major facilitator transporter  23.38 
 
 		 378 aa  52.4  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3262  major facilitator transporter  22.36 
 
 		 385 aa  47.4  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1544  major facilitator transporter  34.25 
 
 		 189 aa  45.8  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1139  major facilitator transporter  19.63 
 
 		 395 aa  44.7  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000165449  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0571  major facilitator superfamily MFS_1  34.78 
 
 		 388 aa  43.9  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0719  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  27.46 
 
 		 388 aa  43.9  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1639  major facilitator transporter  21.7 
 
 		 385 aa  44.3  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0735  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  27.46 
 
 		 388 aa  43.9  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00432  putative nucleoside permease protein  24.2 
 
 		 397 aa  43.5  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2150  major facilitator superfamily MFS_1  24.57 
 
 		 406 aa  43.1  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.357257  normal  0.0705689 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2117  major facilitator superfamily MFS_1  34.15 
 
 		 391 aa  43.1  0.009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000191868  normal  0.363164 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>