123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0488 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0488  outer membrane autotransporter barrel domain protein  100 
 
 
774 aa  1504  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.510592  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4267  outer membrane autotransporter  42.23 
 
 
939 aa  492  1e-138  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3162  putative hemagglutinin-related protein  42.05 
 
 
1012 aa  441  1e-122  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3385  outer membrane autotransporter  37.42 
 
 
972 aa  389  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.308218 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1857  outer membrane autotransporter  31.45 
 
 
2848 aa  217  7e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150379  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2238  putative Outer membrane autotransporter protein  31.83 
 
 
1025 aa  122  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.669565  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5637  Outer membrane autotransporter barrel  28.89 
 
 
985 aa  108  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.217038  normal  0.176654 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2683  Outer membrane autotransporter barrel  27.24 
 
 
983 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.525643  hitchhiker  0.000404465 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2458  outer membrane autotransporter  28.01 
 
 
1369 aa  99  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00908706  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1981  outer membrane autotransporter barrel domain protein  28.63 
 
 
1242 aa  97.4  9e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4364  outer membrane autotransporter  31.12 
 
 
2371 aa  96.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00430062 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4881  outer membrane autotransporter  31.12 
 
 
2366 aa  96.3  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312195  decreased coverage  1.66918e-09 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4997  Outer membrane autotransporter barrel  26.48 
 
 
998 aa  95.9  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1511  outer membrane autotransporter  27 
 
 
1886 aa  95.1  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188015  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4933  outer membrane autotransporter  30.42 
 
 
2346 aa  94.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348524  unclonable  0.000124828 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5354  outer membrane autotransporter  30.42 
 
 
2365 aa  94.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0199943  normal  0.02642 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2277  outer membrane autotransporter  28.07 
 
 
980 aa  93.2  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1649  autotransporter, putative  27.3 
 
 
1001 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5838  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.82 
 
 
1227 aa  92.4  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1263  serine protease  31.45 
 
 
1129 aa  92  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1063  serine protease  31.45 
 
 
1131 aa  92  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0506  serine protease  31.45 
 
 
1131 aa  92  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0234  serine protease  31.45 
 
 
1131 aa  92  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.411978  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1327  serine protease  31.45 
 
 
1131 aa  92  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2572  serine protease  31.45 
 
 
1129 aa  92  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1774  serine protease  29.27 
 
 
1508 aa  90.5  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.903556  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1408  serine protease  31.1 
 
 
1131 aa  90.1  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0123331  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0758  outer membrane autotransporter barrel  29.37 
 
 
2396 aa  89.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291921 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3734  Outer membrane autotransporter barrel  26.07 
 
 
1001 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29394 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0336  Outer membrane autotransporter barrel  27.36 
 
 
995 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.988518 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1429  serine protease  31.34 
 
 
1130 aa  87.8  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18630  putative serine protease  26.63 
 
 
995 aa  87.4  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.169589 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6767  outer membrane autotransporter  29.86 
 
 
4238 aa  87  1e-15  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0137  outer membrane autotransporter  27.99 
 
 
1519 aa  87.4  1e-15  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0714  autotransporter, putative  24.34 
 
 
763 aa  87  1e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6355  outer membrane autotransporter  29.86 
 
 
4238 aa  87  1e-15  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.51084 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1775  outer membrane autotransporter  26.71 
 
 
831 aa  85.9  2e-15  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00532654 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5200  autotransporter, putative  26.95 
 
 
986 aa  86.7  2e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2865  outer membrane autotransporter  27.14 
 
 
994 aa  86.3  2e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6533  Outer membrane autotransporter barrel  29.86 
 
 
3822 aa  86.7  2e-15  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4115  outer membrane autotransporter  28.67 
 
 
3954 aa  86.7  2e-15  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1611  putative serine protease  28.41 
 
 
991 aa  86.3  2e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4738  outer membrane autotransporter  27.32 
 
 
1004 aa  85.1  4e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0892  autotransporter, putative  26.62 
 
 
1016 aa  85.5  4e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2147  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.7 
 
 
1134 aa  84.7  5e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2455  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.37 
 
 
919 aa  84.7  7e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.739869  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0620  Outer membrane autotransporter barrel  25.89 
 
 
759 aa  84.3  7e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.553237 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3587  outer membrane autotransporter  27.46 
 
 
1011 aa  84  1e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.334084  normal  0.0742158 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4652  Outer membrane autotransporter barrel  31.55 
 
 
664 aa  83.6  1e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3756  Outer membrane autotransporter barrel  24.03 
 
 
3506 aa  83.6  1e-14  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4737  outer membrane autotransporter  27.32 
 
 
1033 aa  84  1e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1650  autotransporter, putative  26.49 
 
 
1055 aa  82  4e-14  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5186  outer membrane autotransporter  26.88 
 
 
1056 aa  82  4e-14  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1566  Outer membrane autotransporter barrel  26.55 
 
 
1119 aa  81.3  7e-14  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2586  Outer membrane autotransporter barrel  28.62 
 
 
1154 aa  81.3  7e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.501537  normal  0.680105 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7274  hypothetical protein  25.63 
 
 
990 aa  80.9  8e-14  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3437  Outer membrane autotransporter  27.72 
 
 
1179 aa  78.2  6e-13  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0360967 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1306  outer membrane autotransporter barrel domain protein  28.57 
 
 
1489 aa  77.8  7e-13  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2325  outer membrane autotransporter  25.94 
 
 
1782 aa  76.6  1e-12  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0522858  hitchhiker  0.00737544 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4377  outer membrane autotransporter barrel domain protein  29.95 
 
 
641 aa  77  1e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667583  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4722  outer membrane autotransporter  26.39 
 
 
2003 aa  75.1  4e-12  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5638  Outer membrane autotransporter barrel  29.33 
 
 
488 aa  75.5  4e-12  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190969  normal  0.144242 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3733  Outer membrane autotransporter barrel  25.83 
 
 
1038 aa  74.7  5e-12  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418268  normal  0.311183 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1194  autotransporter domain-containing protein  23.84 
 
 
1068 aa  74.7  6e-12  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.170523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2017  Outer membrane autotransporter barrel  26.92 
 
 
1156 aa  73.2  2e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.375408 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1203  outer membrane autotransporter  27.48 
 
 
1769 aa  72.4  3e-11  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0132  outer membrane autotransporter barrel domain protein  25.07 
 
 
972 aa  72.4  3e-11  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2684  Outer membrane autotransporter barrel  25.81 
 
 
1028 aa  71.6  5e-11  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.335444  unclonable  3.68637e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0452  outer membrane autotransporter  28.87 
 
 
629 aa  71.2  7e-11  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.459587 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1209  outer membrane autotransporter, putative  31.68 
 
 
3484 aa  69.3  2e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3764  putative esterase/lipase/outer membrane autotransporter  31.82 
 
 
723 aa  68.2  6e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216349  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1095  outer membrane autotransporter  24.46 
 
 
10429 aa  65.9  3e-09  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3532  outer membrane autotransporter  27.14 
 
 
1152 aa  65.1  4e-09  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0449  Outer membrane autotransporter barrel  29.19 
 
 
816 aa  65.1  5e-09  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.761733 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0046  putative serine protease  26.56 
 
 
1066 aa  65.1  5e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.07412e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0480  outer membrane autotransporter barrel domain protein  25.52 
 
 
1029 aa  64.7  6e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876293  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0449  outer membrane autotransporter  27.48 
 
 
626 aa  64.7  6e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.616315  normal  0.432339 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0418  GDSL family lipase  27.62 
 
 
629 aa  64.3  8e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0624363  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1478  Outer membrane autotransporter barrel  26.87 
 
 
650 aa  63.5  1e-08  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2876  outer membrane autotransporter  25.89 
 
 
1550 aa  63.2  2e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3061  outer membrane autotransporter  25.25 
 
 
677 aa  62  4e-08  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.26513 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3549  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.73 
 
 
1125 aa  62.4  4e-08  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0569  autotransporting lipase, GDSL family  26.74 
 
 
640 aa  61.6  5e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03554  hemagglutinin-like protein  25.26 
 
 
1222 aa  61.6  5e-08  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3082  outer membrane autotransporter  26.09 
 
 
1164 aa  60.8  8e-08  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.184876  normal  0.275156 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0206  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.87 
 
 
1285 aa  60.8  1e-07  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0891162 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3607  outer membrane autotransporter  27.08 
 
 
1333 aa  60.5  1e-07  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1266  Outer membrane autotransporter  25.86 
 
 
684 aa  60.5  1e-07  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.384296 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7520  outer membrane autotransporter domain-containing protein  28.32 
 
 
1177 aa  59.3  2e-07  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3849  Outer membrane autotransporter barrel  25.38 
 
 
684 aa  58.9  3e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0448048  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4784  outer membrane autotransporter  25 
 
 
629 aa  59.3  3e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.336852 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2875  outer membrane autotransporter barrel domain protein  27.4 
 
 
1848 aa  58.5  4e-07  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.189813 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3729  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.61 
 
 
913 aa  57.4  9e-07  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01843  lipase; esterase  27.19 
 
 
594 aa  57  1e-06  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3640  outer membrane autotransporter barrel domain protein  28.31 
 
 
1673 aa  56.2  2e-06  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3411  Outer membrane autotransporter barrel  29.37 
 
 
1130 aa  56.2  2e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1123  outer membrane autotransporter  25.17 
 
 
1062 aa  55.8  3e-06  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.948475  normal  0.876639 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1857  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.64 
 
 
1322 aa  55.1  5e-06  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  6.38249e-09 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1975  Outer membrane autotransporter  24.66 
 
 
1111 aa  54.3  8e-06  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1082  outer membrane autotransporter barrel domain protein  26.61 
 
 
915 aa  54.3  9e-06  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>